10-【BPGA】的安装和使用

安装时间：2021.2.17

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1. 简介

    BPGA是一款快速的泛基因组分析软件。似乎好像在windows上安装较为方便。在Linux下没有conda安装版本，只能手动进行安装。

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2. 安装

2.1 下载Usearch

官网下载后，解压缩后将文件重命名为usearch

usearch是一款序列分析工具，其提供的搜索和聚类算法比blast快几个数量级。只提供32位的免费下载和使用

2.2 下载安装gnuplot-4.6.6

解压缩进入目录后进行编译安装

sudo ./configure
sudo make
sudo make install

一个命令行的交互式绘图工具

2.3 安装ghostscript

sudo apt-get install ghostscript

一套建基于Adobe、PostScript及可移植文档格式（PDF）的页面描述语言等而编译成的免费软件

2.4 安装wine(Ubuntu版本)

sudo dpkg --add-architecture i386 #添加32位运行库支持
wget -nc https://dl.winehq.org/wine-builds/winehq.key
sudo apt-key add winehq.key #添加仓库密匙
sudo apt-add-repository 'deb https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ eoan main' #添加软件源
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install --install-recommends winehq-stable #安装wine

一个能够在多种操作系统（诸如 Linux，macOS 及 BSD 等）上运行 Windows 应用的兼容层。

2.5 下载软件BPGA

解压缩后进入目录，将步骤2.1中修改后的文件userach移动到目录bin文件中

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3. 使用

进入解压缩后的BPGA/bin目录，

chmod +x BPGA-Version-1.3
./BPGA-Version-1.3
按照提示进行操作即可

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4. 重要文件解读

• REPSEQ_CORE.txt：提取的单一核心基因组；
• core_seq.txt：每个菌株的核心基因组；
• REPSEQ_UNIQUE.txt：所有的特有基因；
• pan_final_default.txt：随基因组增加泛基因组数量的变化；
• core_default.txt：随基因组增加核心基因组数量的变化；
• DATASET.xls：将基因组文件名进行重新命名；
• stats.xls：总的统计结果

5. 注意事项

    BPGA运行结果会与系统文件混杂在一块，暂时无法另存到其他文件夹，因此将BPGA的原始bin文件保存在~/backup中（已经添加了usearch文件），下次使用时重新拷贝替换即可。