Shiny Server安装

Shiny Server

#为什么要使用Shiny Server

Shiny Server使用户可以在网络上托管和管理Shiny应用程序。Shiny是一个R包，运用反应式编程模型
简化Web程序开发。Shiny Server可以通过不同的URLs 和端口管理不同的R程序。

使用Shiny Server的好处有：

• 同时托管多个应用程序，每个应用程序都有自己的URL。
• 支持不支持WebSocket的Web浏览器，包括Internet Explorer 8和9。
• 用户能够开发和管理自己的Shiny应用程序。
• R进程崩溃或终止并不影响下一个用户请求该应用程序。

Shiny Server专业版（Shiny Server Professional）有跟多的功能：

• 确保您的应用程序受到保护，并且只能由经过身份验证的用户访问。
• 一个Shiny应用程序可以支持多个用户同时访问。
• 通过使用Web仪表板监视Shiny应用程序的性能和使用情况，可以深入了解它们。
• 使用SSL对发送到应用程序和从应用程序获取的数据进行安全加密。
• 了解和管理当前和历史应用程序资源利用率，以更好地配置和优化应用程序。
• 通过根据并发会话数配置多进程Shiny应用程序，微调专用于应用程序每个用户的资源。
• 使用运行状况检查端点监视Shiny Server的运行状况。

#系统要求

Shiny Server当前仅能在Linux 操作系统运行，并且只支持64位系统：

• RedHat Enterprise Linux（和CentOS）6及更高版本
• Ubuntu 14.04及更高版本
• SUSE Linux Enterprise 12及更高版本
  我们目前仅支持x86-64体系结构。

#安装

Shiny Server安装之前需要先安装 R 和Shiny 包。

• R 安装
  Shiny Server建议安装R版本3.0或更高版本。 安装最新版本的R，应首先按照以下说明将CRAN存储库添加到系统中：
• Debian: https://cran.rstudio.com/bin/linux/debian/
• Ubuntu: http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html

$ sudo apt-get install r-base

注意：如果您没有按如上所述添加CRAN Debian或Ubuntu存储库，则此命令将安装与您当前系统版本相对应的R版本。可能是老版本的R。

• Shiny包安装

$ sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
>library("shiny")

注：不要使用install.packages("shiny")安装；install.packages("shiny")会安装到当前用户下，shiny app就不能启动了。

• 安装gdebi（用于安装Shiny Server及其所有依赖项）和Shiny Server。

$ sudo apt-get install gdebi-core
$ wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
$ sudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb

Shiny Server将会被安装到/opt/shiny-server/，主要的执行程序在/opt/shiny-server/bin/shiny-server。

• shiny-server命令

#启动 
$ sudo systemctl start shiny-server 
#停止 
$ sudo systemctl stop shiny-server 
#重启
$ sudo systemctl restart shiny-server
#查看状态 
$ sudo systemctl status shiny-server 
#服务器重新初始化，但不会中断服务器当前进程或任何连接。
$ sudo systemctl kill -s HUP --kill-who=main shiny-server
$ sudo reload shiny-server
#shiny-server状态
$ sudo systemctl status shiny-server

• 查看shiny-server
  打开浏览器输入： http://IP:端口/
  
  HTTP

IP：使用ip addr查看
端口默认：3838。

shiny

• shiny-server配置
  shiny-server 配置文件

/etc/shiny-server/shiny-server.conf
/opt/shiny-server/config/default.config

$ vi  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
# Define the user we should use when spawning R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {
  # Instruct this server to listen on port 3838
  listen 3838;

  # Define the location available at the base URL
  location / {
    #### PRO ONLY ####
    # Only up tp 20 connections per Shiny process and at most 3 Shiny processes
    # per application. Proactively spawn a new process when our processes reach 
    # 90% capacity.
    utilization_scheduler 20 .9 3;
    #### END PRO ONLY ####

    # Run this location in 'site_dir' mode, which hosts the entire directory
    # tree at '/srv/shiny-server'
    site_dir /srv/shiny-server;
    
    # Define where we should put the log files for this location
    log_dir /var/log/shiny-server;
    
    # Should we list the contents of a (non-Shiny-App) directory when the user 
    # visits the corresponding URL?
    directory_index on;
  }
}

# Setup a flat-file authentication system. {.pro}
auth_passwd_file /etc/shiny-server/passwd;

# Define a default admin interface to be run on port 4151. {.pro}
admin 4151 {
  # Only permit the user named `admin` to access the admin interface.
  required_user admin;
}

##从配置文件内容可以看出:

• shiny app存放在site_dir /srv/shiny-server；
• 运行日志存放在/var/log/shiny-server
• 用户认证信息放置在/etc/shiny-server/passwd

##创建用户

sudo /opt/shiny-server/bin/sspasswd /etc/shiny-server/passwd admin

#Shiny Server不仅可以托管shiny app，也可以托管R Markdown

sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown',repos='http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/')\""

#注：因为设置的是shiny server，还应该给给shiny app开发者一些当前文件操作权限。

#参考

Shiny Server Professional v1.5.14 Administrator's Guide

系列文章：
Shiny 初步了解
一个 Shiny app的基本组成部分