使用HCPpipelines分割皮层

前段时间阅读了一篇文献，文章的做法我比较感兴趣，所以打算学习一下文献的做法。文章的最开始一部分是使用HCPpipelines对T1和T2像进行皮层分割，调用的是freesurfer6。https://github.com/Washington-University/HCPpipelines

一、工作环境准备

1.安装好FSL，版本在6.0.2以上，安装参考既往的笔记
2.安装好Freesurfer，注意是版本6而不是7，安装参考既往的笔记
3.下载HCPpipelines
1）https://github.com/Washington-University/HCPpipelines/releases下载HCPpipelines安装包
2）移动到安装路径

 $ mv HCPpipelines-4.7.0.tar.gz ~/projects

3）解压安装包

 $ cd ~/projects
 $