修改bam文件的染色体信息

背景

在运行wes的数据流程的时候，生成marked.bam文件之后的染色体是1 2 这样的，但是下载的gatk的人的基因组的fa文件的染色体是chr1 chr2这样的信息，所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错，这是由于自己之前bwa比对的时候比对的那个基因组文件不是自己生成的，是服务器上别人生成的bwa的index，发现那个染色体是没有chr的，十所以我就那么跑了，但是现在需要给生成的bam文件添加chr信息。

解决方式1-没有成功

首先也是查到了几个别人能解决的方案

samtools view test_marked.bam | awk '$3="chr"$3' | awk -F ' ' '$7=($7=="=" || $7=="*"?$7:sprintf("chr%s",$7))' | tr ' ' '\t' | samtools view -b > output.bam

这里建议大家先提取一个1000行的小的bam文件，因为行数太少的话就只有头文件了，所以这里我用的是1000行，感觉运行速度还行，
但是这个代码我报错了

[E::sam_parse1] missing SAM header
[W::sam_read1] Parse error at line 199
[main_samview] truncated file.

我也是没有找到解决的方法，大家有能用的话可以试试，另外就是不懂不要瞎改人家的代码，我刚开始也以为直接改第三列的染色体信息就行，但是依旧是报错的，说头文件有问题还是啥，逻辑上也不能单独改第三列的，还要有后面的那么多信息。

解决方式2-没有成功

samtools view -H test_marked.bam | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools reheader - test_marked.bam > output.bam

报错了

[E::cram_get_ref] Failed to populate reference for id 0

这个我查到的解决方法是要添加环境

export REF_PATH="$(pwd)/ref/cache/%2s/%2s/%s:http://www.ebi.ac.uk/ena/cram/md5/%s"
export REF_CACHE="$(pwd)/ref/cache/%2s/%2s/%s"

但是我加了也应用了，还是报同样的错误，
后来查到可以用-T

samtools view -T test_marked.bam | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools reheader - test_marked.bam > test.CHR.bam

但是这样也会报错

Segmentation fault (core dumped)  

未解决

解决方式3-成功

samtools view -h test_marked.bam | sed -e '/^@SQ/s/SN\:/SN\:chr/' -e '/^[^@]/s/\t/\tchr/2'|awk -F ' ' '$7=($7=="=" || $7=="*"?$7:sprintf("chr%s",$7))' |tr " " "\t" | samtools view -h -b -@ 10 -S - > test.chr.bam

这个也是把运行前后的bam文件检查了，那一列确实是添加进去了，没有什么错误。