生信石头
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TBtools的GO（gene ontology）层级解析出问题？

写在前面

一个师妹在分析一套数据，比较了agriGO和TBtools的富集结果...发现了两者有挺大的差异，如下

AgriGO



TBtools


大家都是输入一个背景注释信息【师妹从ArgiGO下载的....】，为什么TBtools和AgriGO会不一样？类似的问题，曾经有人在其他一些网页工具分析之后拿来跟TBtools对比，最后都是TBtools对，其他有问题。

到底是谁的问题？

AgriGO与TBtools都会给出富集集合对应的系列ID，于是我们可以做一个Venn


惊呆了，居然有这么大的差异。这个明显是天南地北。要验证到底是谁出了问题，我们可以挑取双方特有的ID，结合输入的注释信息，进而获得最终结果。

挑取其集合种特有的



得到这些GO号，我们可以逐个查看DAG图







惊呆了...居然没有....【氮复合物代谢过程】？
不科学啊，难道是师妹搞错了？于是我又回到官网
首先，富集结果是有的



但是，背景注释却一个都没有！？....


没错啊，这个基因不可能有注释到对应Term【氮复合物代谢过程】的可能啊，AgriGO是怎么了？

但是故事并没有结束。。。



我居然发现这些甚至没有注释的ID，也在其中，Unbelivable....
不应该啊，难道我做错了


最后发现，师妹下载错了AgriGO的文件...，我更新到对应的背景下之后，两者的Overlap就恢复了。



然而，我们仍然可以看到...双方有uniq，我对双方的UniqID做了同样的检查...
结果仍然是AgriGO似乎确实存在一些解析的问题？

我们可以看到




或者



他们应该被解析到....

写在最后

千锤百炼才是真！
TBtools又一次没让我失望。

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