学习小组Day3笔记--扶苏

Linux如何安装软件？

1.服务器下载conda-精华版--miniconda

2.安装和配置miniconda

3.使用miniconda：查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件

4.定制conda的分身

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preparation

安装bzip2(因为免费阿里云没有)：输入 yum install -y bzip2

安装bzip2 fg from 公众号：生信星球

install Miniconda（an App store）

• download [64-bit (bash installer)] for my computer
  官网下载
  复制下载链接
  登陆服务器，进入wangyanhui1998目录 (可使用tab键自动补全目录名)
  右键黏贴(选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴)

• install

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路Enter，看到"please answer yes or no"输入yes
">>>"按回车
[no] >>> 输入yes
Thank you for installing miniconda3

• activate

source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

不成功就将miniconda这个目录删除，重新安装
不要删除安装包否则得浪费时间在下载上

参考演示视频 无声版
来自公众号：生信星球
密码：iwcd4k

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

USE

1. 查看当前所有软件列表 conda list
2. 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
3. 安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

总结

使用Linux安装软件.png