期待未来
期待未来

GDSC数据库使用（分析基因表达量与药物敏感性影响）

  1. 数据下载：不要下载raw data

    • 细胞系注释文件： Cell-line-annotation
    • 药物注释文件：Compounds-annotation
      img
    • 药物IC50以及AUC文件：GDSC1-dataset
      img
    • ANOVA统计文件（可选）：GDSC1-ANOVA
      img
    • 基因在各个细胞系表达量的文件：Download from GDSC1000 resourse
    • 或者依此检索后下载

  2. 处理下载后的数据

    • Step 1 - 使用perl程序-整理“expression”和“drug两个数据表格，”将表达数据+药物的IC50数据整理成，横行为细胞COSMIC的ID，列为IC50/基因名字

    • Step 2 - 按基因检索：使用R语言程序提取“某个基因”在不同细胞系的IC50情况,最后会生成一个表：基因与药物IC50的关系，co r>0表示呈现正相关，基因表达越高，IC50越大，表明高表达耐药。（之需要在R脚本中改写文件位置以及基因名称运行R与语言即可。）

      文件位置/Users/xiangyu/Documents/GDSC/GDSC6_geneCor只需要点开R脚本，修改待查找的基因名称就可以查询信息，需要几分钟运行。可以查该基因表达与药物耐药的关系
      /Users/xiangyu/Documents/GDSC/GDSC8_cancer/geneCor可以查该基因表达在特定肿瘤中的与药物耐药的关系只需要更改R脚本中的基因名称

    • Step 3 - 按药物检索：结果会显示一个药物中IC50与哪些基因有关

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