R可视化之美之科研绘图-01.R可视化基础

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R中的图形设备。图形设备可以分为两种：

屏幕设备：比如电脑屏幕
文件设备：打印和文章用图常用。
对于文件设备主要有向量格式和位图：

向量格式：比如pdf，易用调整尺寸，便携，但是不适于呈现大量的数据点，适合存储线条图。
位图：不易于调整尺寸，但是善于呈现大量的数据点。
在grDevices包中包含了实现各种图形设备的代码，大家可以查看帮助文档具体了解。

R语言可视化基础功能包括以下几种功能

01 R语言基本绘图系统（Base Plotting System）

df<-read.csv("Facet_Data.csv", header = TRUE)

#-------------------------base----------------------------

plot(df$SOD, df$tau)#,pch=21,lty=0.25,col="grey10") 
hist(df$SOD,breaks =30,ylim=c(0,40),main  = "")
boxplot(SOD~Class,data=df,xlab="Class",ylab="SOD")

效果如下：

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02Lattice绘图系统（Lattice Plotting System）

#----------------------------lattice---------------------------
library(lattice)
p1<-xyplot(SOD~tau,df,col="black")

p2<-histogram(~SOD,df,type="count",nint=30,col="white")


p3<-bwplot(SOD~Class,df,xlab="Class", 
           par.settings = canonical.theme(color = FALSE))

library(gridExtra) 
grid.arrange(p1,p2,p3, ncol = 3, nrow = 1)

效果如下：

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03 ggplot2包绘图系统（ggplot2 Plotting System）

ggplot2可以说是用语法来进行绘图，就好像是一句话也有主谓宾一样，ggplot2将数据映射到几何客体（points/lines/bars）的美学属性（颜色/形状/大小）。ggplot2可以说是基础绘图系统和Lattice绘图系统的组合体。总的来说，ggplot2就是由很多层组成的图形.

library(ggplot2)

p1<-ggplot(df, aes(x=SOD,y=tau)) + 
  geom_point() #shape=21,color="black",fill="red",size=3,stroke=0.1

p2<-ggplot(df, aes(SOD)) + 
  geom_histogram(bins=30,colour="black",fill="white")

p3<-ggplot(df, aes(x=Class,y=SOD)) + 
  geom_boxplot() 

library(gridExtra) 
grid.arrange(p1,p2,p3, ncol = 3, nrow = 1)

效果如下：

参考资料

【R-绘图-00】R语言三大绘图系统 - 知乎 (zhihu.com)
《R语言数据可视化之美》

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