生信星球学习小组Day5笔记-柠萌

Day5 数据结构

思维导图如下

R语言数据结构.png

1重点知识点

• （拷贝自生信星球）

（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框
（7）函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table
（8）数据类型:

• 向量（vector）
• 矩阵（Matrix）
• 数组（Array）
• 数据框（Data frame）
• List

2向量

2.1元素、标量与向量的区分

元素：数字或字符串 如1 2 3 wmh
标量：一个元素组成的变量 如1或2或3或"wmh"(字符串使用时需要加引号)
向量：多个元素组成的变量 如c(1,2,3,"wmh")

• 不同的变量赋值方法如下图代码：

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x

x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x

x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x

x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x

• 运行结果如下：
  变量赋值.png

2.2 从向量中提取元素

• 1.根据元素位置
  代码如下：

x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

运行界面如下：

提取元素1.png

• 2.根据值
  代码如下：

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

运行界面如下：

提取元素2.png

3数据框

3.1 读取本地数据

• 将huahua.txt放入工作目录下，查看：

X<-read.csv('huahua.txt')
print(X)

3.2 设置行名和列名

• 代码如下

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

修改行名

read.table(file = "huahua.txt",sep = "  ",header =T)
X<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "   ",header =T)
print(X)

界面如图

修改行名.png

3.3 数据框的导出

代码如图

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

3.4 变量的保存与重新加载

代码如下

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

界面如图

变量保存与加载.png

3.5 提取元素

代码如下

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

界面如图

提取元素.png

3.6 直接使用数据框中的变量

• iris是R语言的内置数据，可以直接使用。提取某两列作散点图：
  plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)
  界面如图
  散点图.png

学习完成，最后保存脚本。

作业

回答一个问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
答：说明无该对象，注意看前面代码，区分大小写X