植物研究常用的数据库总结

1.基因组综合研究数据库

数据库	植物	网址
TAIR	拟南芥	http://www.arabidopsis.org/
SIGnAL	拟南芥	http://signal.salk.edu/
RARGE	拟南芥	http://rarge.psc.riken.jp/
Rice Genome Annotation Project	水稻	http://rice.plantbiology.msu.edu/
RAP-DB	水稻	http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
SOL genomics network	茄科	http://solgenomics.net/
Gramene	禾本科	http://www.gramene.org/
GrainGenes	麦类作物	http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
SoyBase	大豆	http://www.soybase.org/
MazieGDB	玉米	http://www.maizegdb.org/
CyanoBase	蓝细菌	http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/
GDR (Genome Database for Rosaceae)	蔷薇科	http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
Brassica Genome Gateway	芸苔	http://brassica.bbsrc.ac.uk/
Cucurbit Genomics Database	葫芦科	http://www.icugi.org/
Phytozome	植物 (全基因组信息)	http://www.phytozome.net/
PlantGDB	植物(全基因组或/大规模 EST信息)	http://www.plantgdb.org/
EnsemblPlants	植物(全基因组信息)	http://plants.ensembl.org/index.html
ChloroplastDB	植物(叶绿体基因组)	http://chloroplast.cbio.psu.edu/
KEGG PLANT	植物(全基因组或/大规模 EST信息)	http://www.genome.jp/kegg/plant/

2.转录因子数据库

Database	URL	Species
RARTF	http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/	拟南芥
AGRIS, AtTFDB	http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/	拟南芥
DATF	http://datf.cbi.pku.edu.cn/	拟南芥
DRTF	http://drtf.cbi.pku.edu.cn/	水稻
DPTF	http://dptf.cbi.pku.edu.cn/	白杨
TOBFAC	http://compsysbio.achs.virginia.edu/tobfac/	烟草
SoybeanTFDB	http://soybeantfdb.psc.riken.jp/	大豆
PlantTFDB	http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/	22种植物
PlnTFDB	http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/	20种植物
GRASSIUS, GrassTFDB	http://grassius.org/grasstfdb.html	玉米、水稻、高粱、甘蔗
LegumeTFDB	http://legumetfdb.psc.riken.jp/	大豆、百脉根、蒺藜苜蓿
DBD	http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home	多于700物种

转载自https://www.lifeomics.com/?p=24759
在线做GO、KEGG富集分析，查找同源基因工具，（支持ensembl上的物种）