R语言基础-文档检索与环境配置-2019-06-29

R帮助函数

`help.start()` ,打开帮助文档首页

`help.search("foo")`或`??foo,`以foo为关键词搜索本地帮助文档,`?Startup`查看与R有关的启动文件信息;

`example("foo")` ,函数foo的使用示例(引号可以省略)

`RSiteSearch("foo")`,以 foo 为关键词,查询整个 http://search.r-project.org 网站的包,例如`RSiteSearch("{Bayesian regression}")`

`apropos("foo",mode="function")`, 列出名称中含有 foo 的所有可用函数

`data()`,列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集

`vignette()` ,列出当前已安装包中所有可用的 vignette 文档

`vignette("foo")`,为主题 foo 显示指定的 vignette 文档

`demo()`,演示某些R案例

`browseVignettes()`,查看当前系统里的Vignettes

注:在搜索帮助文档的过程中,可能会遇到R软件无法给出任何搜索项的相关信息的情况,如下所示:



help(adf.test)

## No documentation for 'adf.test' in specified packages and libraries:

## you could try '??adf.test'

若你确定该函数安装在计算机中,则导致这样情况的原因可能是由于包含该函数的R包未载入,你不清楚哪个R包中包含这个函数。要解决这样的问题,需要在所有已安装的R包中搜索该函数。使用错误消息中提示的方法来进行搜索(即用help.search命令),例如:

help.search("adf.test")

## starting httpd help server ...

##  done

vignette()

有些软件包中也会包含vignette,这是一些附加的文档,例如简介、教程或者开发文档等。这些vignette都会在安装软件包时,作为软件包的一部分安装到计算机中。vignette显示在软件包的帮助页面底部。可以通过vignette命令查看计算机中包含的所有软件包的附加文档列表,也可以通过在vignette命令中指定某一软件包的名称,查看特定软件包所附带的vignette?,如下所示:

vignette(package="ggplot2")

每个vignette都对应一特定的名称,因此可以通过以下命令进行查看:vignette(“vignettename”) 。

某看某个函数的文档

用法:help(函数名)或?函数名

help(mean)

或者使用args函数快速获取函数的参数。例如,args(functionname)

或者用example函数查看函数的使用示例。例如example(functionname)

查看某个包的文档

用法:help(package=“包的名称”)

需要与这区别的是,查看一个函数的帮助命令是help(函数名),如果要查看一个包的帮助,操作与函数有所不同,需要加上package=,如下所示:

help(mean) # 查看函数mean的帮助文档

help(package="ggplot2") # 查看包ggplot2的帮助文档

网络资源

Rseek.org

http://rseek.org

Q&A网站

http://stackoverflow.com

针对编程有关问题的Q&A网站,例如数据结构、代码以及图表绘制等。

有关统计的的Q&A网站

http://stats.stackexchange.com

R官网

http://cran.r-project.org/web/views

网站中的任务视图,寻找并阅读与你研究相关的内容,其中能找到链接和相关软件包的简介。

关键词检索软件包

通过关键字检索合适的软件包

http://crantastic.org

sos

提供查询R包的其他方式:

http://cran.r-project.org/web/packages/sos/vignettes/sos.pdf

环境配置

历史命令保留

默认情况下,R会将一次对话中所有的命令都记录下来,方便随时重用,如果要将历史记录保存下来,可以使用savehistory()这个函数。默认情况下,R会当历史记录保存在当前工作目录下一个名为.Rhistory的文件中。

如果要将历史记录保存在其他文件,可以使用file参数,即savehistory(file="TestHistory"),扩展名对此文件并无影响。

如果要再次载入这个历史记录,使用可以loadhistory()命令,即loadhistory("TestHistory")

查看R当前的版本

使用R.version()命令可以返回当前运行R的版本信息,包括运行平台本身的信息,比较丰富,如下所示:

R.Version()

$platform

[1] "x86_64-w64-mingw32"

$arch

[1] "x86_64"

$os

[1] "mingw32"

$system

[1] "x86_64, mingw32"

$status

[1] ""

$major

[1] "3"

$minor

[1] "5.2"

$year

[1] "2018"

$month

[1] "12"

$day

[1] "20"


[1] "75870"

$language

[1] "R"

$version.string

[1] "R version 3.5.2 (2018-12-20)"

$nickname

[1] "Eggshell Igloo"

如果只是想知道R的版本号,则用`getRversion()`函数,如下所示:


getRversion()

[1] ‘3.5.2’

设置R语言默认CRAN镜像

R使用的CRAN镜像信息保存在一个.RProfile为扩展名的文件中,这个文件位于用户的home文件夹或R的启动目录中,如果要想更改CRAN镜像就需要修改这个文件。

查看R语言可选的镜像要用到chooseCRANmirror()命名,如下所示:

chooseCRANmirror()

Secure CRAN mirrors 

 1: 0-Cloud [https]                      2: Algeria [https]                   

 3: Australia (Canberra) [https]         4: Australia (Melbourne 1) [https]   

 5: Australia (Melbourne 2) [https]      6: Australia (Perth) [https]         

 7: Austria [https]                      8: Belgium (Ghent) [https]           

 9: Brazil (PR) [https]                 10: Brazil (RJ) [https]      


Selection:

选择19(上海的镜像)。

输入`options("repos")[[1]][1]`就可以查看选择后的镜像,如下所示:


options("repos")[[1]][1]

                                CRAN 

"https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN"

将上面的镜像添加到.RProfile文件中即可 ,如下所示:

options(repos="https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN")

R代码的运行source()

运行R代码的方式有以下几种:

第一,若要在控制台上执行编辑器中的某一行代码,点击想要运行的那行代码,在RStudio中,按下Ctrl+Enter或按Run即可。

第二,若要运行编辑窗口中的所有代码,那么就需要点击源代码编辑器中的任何位置,按下Ctrl+Shift+Enter即可,或者是按Source按钮。或者是在控制台中直接输入source("R代码的路径+R代码文件")即可,例如在D盘下保存了一个R代码文件test.r,那么就需要输入source("D:/test.r"),按回车。

需要注意的是:Rstudio的编辑窗口中有一个Source on Save复选框,这个是表示自动保存,最好选上。

Worksapce

在一次R任务中,会导入数据,会创建变量,这些所有的内容称为Worksapce,它具体指的是,在所有会话中创建的变量,函数,载入的包。如果要查看当前Worksapce中创建的哪些变量,可以使用ls()命令。

保存Workspace命令save.image()

如果想要保存整个Worksapce,要用到save.image()命令,如下所示:

setwd("D:/")

test1 <- c(1:4)

test2 <- rep(1:3, 4)

save.image(file="test.Rdata")

现在就在D盘下保存了一个名为test.Rdata的文件,现在关闭Rstudio。去D盘下,再打开test文件,发现原来的变量test1test2都还在,跟原来的一样。

Rda文件

Rda的全称是rdata,保存的是变量名与相应的多个变量,看以下代码:

setwd("D:/")

x <- c(1,2,3)

y <- c(4,5,6)

save(x,file="x.rda")

现在就在D盘保存了一个x.rda文件。当要载入这个文件时,要使用load()命令,如下所示:

rm(list=ls())

load("D:/x.rda")

x

save()与save.image()函数使用

在R中如果要保存某个变量或工作环境需要用到save()save.iamge()命令,它们的用法如下所示:

Usage

save(..., list = character(),

     file = stop("'file' must be specified"),

     ascii = FALSE, version = NULL, envir = parent.frame(),

     compress = isTRUE(!ascii), compression_level,

     eval.promises = TRUE, precheck = TRUE)

save.image(file = ".RData", version = NULL, ascii = FALSE,

           compress = !ascii, safe = TRUE)

其中参数含义如下所示:

  • list:一个包含要保存的对象名称的字符向量。
  • file:连接或保存数据的文件的名称。必须是保存的文件名。
  • ascii: ASCII码,默认FALSE。
  • envir: 寻找要保存的对象的环境。
  • compress:逻辑或字符串指定是否保存到指定文件是使用压缩。TRUE对应于gzip压缩,而字符串“gzip”、“bzip2”或“xz”指定压缩的类型。当文件是连接和工作空间格式版本时忽略。
  • save.image()只是“保存我当前工作空间”的捷径。

save()save.image()函数的简单区别就在前者只保存一个变量(也可以保存多个),而后者可以一次保存所有的变量。

参考资料

  1. R语言-默认镜像设置
  2. R语言轻松入门与提高 [法]Andrie de Vries ,[比利时]Joris Mey
  3. R语言_save()函数用法

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