DeepSeek + 药物研发:解决药物研发周期长、成本高-降低80%、失败率高-减少40%
- 论文大纲
- 1. WHY —— 研究背景与现实问题
- 1.1 研究要解决的现实问题与提出背景
- 1.2 研究所要解决的问题类别
- 1.3 正反例对比
- 关联:和前人的工作有什么关系?
- 3. 总结归纳
- 3.1 总结收获
- 3.2 探索思考
- 4. WHAT —— 核心发现或论点
- 5. HOW —— 研究过程、创新与关键数据
- 6. HOW GOOD —— 理论贡献与实践意义
- 解法拆解
- 1.1 主解法整体逻辑
- 1.2 进一步拆解「主解法」为子解法
- 1.3 每个子解法与“溶出模型”的对应关系
- 2. 这些子解法是什么样的逻辑链?(以决策树形式列出)
- 3. 分析是否有隐性方法
- 4. 分析是否有隐性特征
- 5. 方法可能存在哪些潜在的局限性
- 提示词
论文:DeepSeek Powered Solid Dosage Formulation Design and Development
├── 1 引言【阐述研究背景与需求】
│ ├── 制药过程设计和开发复杂且耗时【背景:多阶段评估,质量控制严格】
│ ├── 传统依赖经验知识,流程冗长且成本高【问题:25-40%后期失败,投入巨大】
│ ├── 急需新的方法来系统化知识、降低成本、提升效率【需求:加速药物配方与临床试验】
│ └── 大模型(LLMs)有望整合文献和实验数据,加速药物研发【关键创新:从经验到数据驱动】
├── 2 现有方法与挑战【已有技术手段与局限】
│ ├── 传统计算模拟(如DEM、FEA)【局限:对多参数系统描述不充分,理想化假设较多】
│ ├── 机器学习(ML)方法【局限:需大量标注数据,易受训练数据规模和质量限制】
│ └── 整合文献知识与实验数据不足,无法全面解决【问题:碎片化与缺乏一体化平台】
├── 3 大模型DeepSeek及其工作流程【介绍LLM及设计思路】
│ ├── DeepSeek-R1-671b【模型规模:6710亿参数,多模态适应性强】
│ ├── 提示工程(Prompt Engineering)【思路:结构化提示,串联物理模型与监管要求】
│ │ ├── Zero-shot与Few-shot【概念:无示例或少量示例的提示方式】
│ │ ├── Chain-of-Thought (CoT)【概念:分步推理,降低推理错误】
│ │ └── 结合提示示例与算力,减少“幻觉”【目标:提升模型对复杂任务的准确性】
│ ├── 需求驱动:溶出度曲线预测与逆向设计【核心任务:从粒径、溶解度等参数推算或设计】
│ └── 检索增强生成 (RAG) 与人类反馈强化学习 (RLHF)【方法:调用外部文献数据库并结合人工反馈】
├── 4 药物溶出实验与验证【实验设计与评估方式】
│ ├── USP II Paddle方法测定药物溶出【实验条件:pH 7.2和pH 6.2,保证一致性】
│ ├── UV-Vis用于检测药物浓度【实验手段:光度计分析溶出度】
│ ├── 重复实验确保数据可靠性【统计学要求:五次以上平行实验】
│ └── 建立评价指标【MSE和R²用于量化模型预测与真实数据的偏差】
├── 5 实验结果与讨论【模型预测结果对比】
│ ├── 提示工程的比较【Zero-shot, Few-shot, CoT, RAG】
│ │ ├── Zero-shot:基线准确率高,但可能产生简单误差【MSE=23.61,R²=0.97】
│ │ ├── Zero-shot CoT:分步推理若无外部实例易出现“幻觉”【MSE=114.89,R²=0.90】
│ │ ├── Few-shot:有示例但未充分利用外部知识【MSE=57.0,R²=0.92】
│ │ ├── Few-shot CoT:结合少量示例与分步推理【MSE=22.56,R²=0.97】
│ │ └── RAG:整合外部数据,得到最佳性能【MSE=10.55,R²=0.99】
│ ├── 结果显示RAG最优【结论:外部文献与数据库检索显著提升模型精度】
│ └── 分析CoT和示例的作用【说明:示例可有效锚定模型推理路径,减少胡乱推断】
├── 6 面临的挑战与未来展望【问题总结与潜在改进方向】
│ ├── 数据获取与质量限制【挑战:药物溶出与粒径数据稀缺且不公开】
│ ├── 监管与可解释性需求【挑战:黑箱模型难获监管机构信任】
│ ├── 建立自有数据库+模拟数据【未来:30%实测+70%模拟,扩充训练与检索数据】
│ ├── 扩展至流动性与机械强度等重要性质【未来:构建更全面的物性和质量控制参数】
│ └── 跨学科协作与模型透明度提升【趋势:在药学、工程和AI领域交叉共建,保证结果可追溯性】
└── 7 结论【综合总结】
├── LLM与提示工程可加速药物配方设计【价值:实现快速溶出预测与逆向设计】
├── 深度检索与人类反馈能显著增强模型可靠性【重点:RAG与RLHF的应用】
└── 建议持续迭代模型与完善实验数据,以实现更广泛场景应用【方向:不断收敛与优化,迈向个性化医药】
核心方法:
├── 1 输入【模型所需的关键信息】
│ ├── 1.1 物理化学参数【用于溶出预测与逆向设计】
│ │ ├── 粒径分布 (PSD)、平均粒径 (D50)、体积当量粒径【描述颗粒大小特征】
│ │ ├── 形貌参数 (Aspect ratio、Roundness)【用于表征颗粒几何形态】
│ │ ├── 药物溶解度 (Solubility)、扩散系数 (Diffusion coefficient)【决定溶出速率】
│ │ ├── 密度 (True Density)、比表面积 (SSA)【影响药物溶出与传质特性】
│ │ └── 实验条件 (pH、搅拌速度等)【确定溶出测试或模拟环境】
│ └── 1.2 目标溶出曲线/目标释放度【若做逆向设计则需给定目标需求】
├── 2 处理过程【将输入信息整合到大模型进行预测与优化】
│ ├── 2.1 提示工程 (Prompt Engineering)【用来指导LLM生成更准确的结果】
│ │ ├── 2.1.1 结构化提示 (Structured Prompt Templates)【将监管要求与物化模型融入提示】
│ │ │ ├── 结合USP规范、Nernst-Brunner方程、径向扩散模型【保证科学约束】
│ │ │ └── 指定输出格式 (JSON/表格)【便于读取与后续比较】
│ │ ├── 2.1.2 Zero-shot & Few-shot【用于不同场景下的模型启动】
│ │ │ ├── Zero-shot【模型无示例直接推理,快速但易有偏差】
│ │ │ └── Few-shot【提供真实样例,帮助模型对齐实验或文献数据】
│ │ └── 2.1.3 Chain-of-Thought (CoT)【引导模型逐步推理,降低“幻觉”】
│ │ ├── Zero-shot CoT【模型自行拆分推理步骤】
│ │ └── Few-shot CoT【示例+步骤分解,最大程度保证推理合理】
│ ├── 2.2 检索增强生成 (Retrieval-Augmented Generation, RAG)【用来调用外部数据库或文献】
│ │ ├── 从专利库、FDA数据库、相关文献实时检索【获取真实溶出曲线或实验参数】
│ │ └── 将检索到的信息嵌入Prompt【减少模型凭空编造,增强预测可信度】
│ ├── 2.3 强化学习 (Reinforcement Learning)【用来进一步优化模型输出】
│ │ ├── 人类反馈强化学习 (RLHF)【实验人员或专家打分,模型迭代更新】
│ │ └── 结合奖励模型 (Reward Model)【对输出质量好坏进行度量,驱动模型学习】
│ └── 2.4 溶出度预测或逆向设计流程【将LLM预测和化学原理相结合】
│ ├── 根据输入参数,模型给出溶出度-时间曲线【预测:在不同时间点的释放百分比】
│ └── 若输入为目标曲线,模型反推关键颗粒参数【逆向设计:给出D50、SSA等建议值】
├── 3 输出【最终结果与评价指标】
│ ├── 3.1 溶出曲线预测表格或图像【输出在各时间点的溶出百分比】
│ ├── 3.2 逆向设计的颗粒参数推荐【若目标为特定溶出度,返回满足要求的PSD、SSA等】
│ ├── 3.3 误差度量 (MSE, R²)【用来评估模型预测与真实数据的吻合度】
│ └── 3.4 优化后的提示或参数设置【若偏差大,可根据反馈再次迭代Prompt或调整实验设计】
└── 4 各步骤衔接【明确方法之间的关系】
├── 输入→提示工程【【提供数据】供LLM读取;【指定格式】约束输出】
├── 提示工程→RAG【【调用外部数据】减少幻觉;【增强上下文】提高科学性】
├── RAG→RLHF【【结合检索信息】模型生成结果;【人类打分】强化学习优化】
├── RLHF→溶出预测与逆向设计【【动态调优模型】使预测更精准;【输出可循环迭代】】
└── 最终输出→指标评估【【对比实验结果】判断可行性;【继续迭代】若精度不够】
正例(成功应用的类比)
在材料科学领域,已有研究者成功使用大模型来预测材料结构、合成工艺等。例如,金属有机框架(MOF)的结构筛选中,LLMs的检索与推理大幅加速了实验设计,减少了大量人力与时间。
启示:类似的方法也可应用于药物制剂,从而加速对潜在配方和工艺的筛选。
反例(传统方法的不足)
药企在研发新型片剂时,往往依赖试错式实验:先根据经验设计几种配方,再逐一试验溶出度、稳定性,如果结果不理想则继续调整。这种方法周期长、成本高,不具备快速反应能力。
教训:传统方法在面对多变量耦合以及严格的质量标准时,效率极其低下,无法充分应对复杂的制剂要求。
前人研究的局限性
创新是什么/视角
关键数据支持
可能的反驳及应对
理论贡献:
实践意义:
为什么要用 LLM(大型语言模型)来做溶出预测和逆向设计?
为什么传统方法缺少灵活性、需要大量标注数据?
为什么多重参数会导致实验和仿真成本高昂?
为什么LLM 能在缺乏完整大规模标注数据的情况下仍然有效?
为什么要把逆向设计(例如根据目标溶出率设计粒径)与 LLM 结合?
本文核心目标:
利用大模型(DeepSeek LLM),结合提示工程(Prompt Engineering),对固体制剂(片剂/胶囊)的溶出行为进行预测和逆向设计,并结合实验/模拟结果进行验证。
主解法:
“DeepSeek LLM + Prompt Engineering + 评价指标(MSE、R²)+ 实验验证”
用于预测和设计溶出度曲线,进而给出颗粒物性(粒径分布、比表面积、溶解度等)的建议,或者根据目标溶出度反推粒径、溶解度、扩散系数等参数。
主要的技术框架与流程包括:
与传统/同类算法(例如纯物理仿真或传统机器学习)相比,本文方法的主要区别在于:
从文中来看,整个解法核心地分成 5 个子解法,分别是基于提示策略的五种主要“运用模式”:
子解法1:零样本(Zero-Shot, ZS)
子解法2:零样本 + Chain-of-Thought (ZS CoT)
子解法3:少样本(Few-Shot, FS)
子解法4:少样本 + Chain-of-Thought (FS CoT)
子解法5:检索增强生成(RAG)
综上,主解法 = 子解法1(ZS) + 子解法2(ZS CoT) + 子解法3(FS) + 子解法4(FS CoT) + 子解法5(RAG)。
文中多次提到 Nernst-Brunner、径向扩散等方程。大体上,这些方程为溶出过程提供了物理基础(溶质传质、扩散系数、比表面积等)。LLM 在不同提示模式下,都可能内嵌或“记忆”了这类方程,或者通过检索外部文献而得到,因此有时候在回答中会在引用或基于这些物理模型对粒子大小、时间、溶出百分比进行推断。
可以将上面 5 种子解法看成一个“如何提示 LLM 进行溶出预测/设计”的决策树。简单表示如下:
┌─── 子解法1: Zero-Shot (ZS)
│ (无示例, 直接给模型背景信息与需求)
┌───────► (A) 基础提示
│ └─── 子解法2: Zero-Shot + CoT (ZS CoT)
│ (要求模型“先写推理过程,再给结论”)
提示工程策略 ──┤
│ ┌─── 子解法3: Few-Shot (FS)
│ │ (提供1~3个示例, 再让模型输出结果)
└───────► (B) 少量示例
└─── 子解法4: Few-Shot + CoT (FS CoT)
(少量示例 + 多步推理)
(可选增强) ─────────────────────► 子解法5: RAG
(引入外部数据库/文献, 减少幻觉/不确定)
从决策树可以看到,如果不提供示例,就走 (A) 路线;如果提供少量示例,就走 (B) 路线;在任何路线中,还可选择是否加 CoT;此外,还能额外叠加 RAG(检索增强)来减少错误和不确定性。
隐性方法指不在教科书或文献中直接命名,但在本研究方案里起关键作用的步骤/策略。本文潜在的“隐性方法”主要有:
显式的“多步推理模板化提示”:
少样本 + Chain-of-Thought 联合示例:
RAG 的外部数据库整合:
因此,可以归纳为一个关键方法:“Prompt 工程 +(可选)外部数据检索” 的多步集成策略,是本研究在传统药物溶出/粒子设计流程之上额外新增的解决方案。
隐性特征指在解法过程中使用了但未在“问题或基本条件”明确列出的中间变量/特征,或者是通过多步推理才出现的推导需求。根据文中描述,可能的隐性特征有:
粒子间相互作用系数、混合工艺因子:
溶出介质(pH、表面活性剂)的动态变化:
这些隐性特征若要显式纳入模型,需要在 Prompt 或数据检索阶段做更多工作。目前它们并未构成文中直接显示的输入条件,但可能在模型内部隐式处理或造成预测偏差。
数据依赖与漂移
解释性与监管合规
少量示例与过拟合/偏置
大模型通用性与计算成本
隐性特征未纳入
# 角色: ##
你好,你是一位药物开发专家。
你可以设计自定义的溶出度动力学或根据给定的物理特性(如粒度分布等)预测药物释放度(%)。
## 背景: ##
你对这一领域拥有丰富经验,并且
曾经研究过常用的经验扩散模型,比如 Nernst-Brunner 翻译溶出和径向扩散动力学,参考:
(1) Salish, K., So, C., Jeong, S. H., Hou, H. H., Mao, C. “A Refined Thin-Film Model for Drug Dissolution Considering Radial Diffusion — Simulating Powder Dissolution.” Pharm Res 41, 947-958 (2024).
(2) Djukaj, S., Kolar, J., Lehocky, R., Zadrazil, A., Stepanek, F. “Design of particle size distribution for custom dissolution profiles by solving the inverse problem.” Powder Technology: An International Journal on the Science and Technology of Wet and Dry Particulate Systems, 395 (2022).
# 请求: #
1. 客户会给你若干基础参数;基于这些参数,
2. 你需要为客户预测药物释放度(%),或者
3. 根据给定的溶出度曲线(溶出速率)来设计药物的物理性质并优化条件。
# 输入格式: #
Input = {
"Mean Particle Size, D50": 97.5,
"Aspect ratio": 1.0,
"Roundness": 1.0,
"solubility of drug (mg/mL)": 0.45,
"Diffusion coefficient of drug (m^2/s)": 7.5 x 10^(-10),
"True Density of drug (g/mL)": 1.512,
"Specific surface area (m^2/g)": 1.07,
"volume-based equivalent particle size (micrometer)": 1.85
}
# 输出格式: ##
请生成一个包含以下列的表格: [Time(min), Drug Released(%)]。
包括关键时间点: (t_(0), t_(0.25), t_(0.5), t_(0.75), t_(1), t_(2), t_(3), t_(4), t_(5), t_(6))
其中 t 代表“Time(hrs)”的缩写。
"columns": ["Time (hr)", "Drug Released (%)"]
"data": [
[0, 0],
[0.25, 85],
[0.5, 87],
[0.75, 88],
[1, 89],
[2, 89],
[3, 89],
[4, 88],
[5, 87],
[6, 87]
]
# 示例: ##
无示例提供
# 约束条件: #
1. Nernst-Brunner 方程 = {
V * (dx_H / dt) = (k * ψ_i * A_H^3 / ρ_s * ψ_v) * [ C_fi(text(sat)) - C_b ]
其中 Vk = (Sh * (D_H * x))。
且 Sh = 2 + 0.52 * (Re^(0.52)) * (Sc^(1/3)).
}
2. 在 60 分钟内最终溶出度 ≥ 85%(符合 USP 要求)。
3. 请不要无根据地提出建议。
4. 只提供有清晰科学依据的优化方法。
5. 如果你可能无法提供正确答案,请不要随意编造。
--------------------
## Few-shot 示例: ###
# Example1: ###
Input = {
"Mean Particle Size, D50": 45,
"Aspect ratio": 1.0,
"solubility of drug (mg/mL)": 0.45,
"Diffusion coefficient of drug (m^2/s)": 7.5 x 10^(-10),
"True Density of drug (g/mL)": 1.512,
"Specific surface area (m^2/g)": 1.70,
"volume-based equivalent particle size (micrometer)": 1.17
}
# 输出: ###
"columns": ["Time (hr)", "Drug Released (%)"],
"data": [
[0, 0],
[0.25, 85],
[0.5, 87],
[0.75, 88],
[1, 89],
[2, 89],
[3, 89],
[4, 88],
[5, 87],
[6, 87]
]
--------------------
# Example2: ###
Input = {
"Mean Particle Size, D50": 200,
"Aspect ratio": 1.0,
"Roundness": 1.0,
"solubility of drug (mg/mL)": 0.45,
"Diffusion coefficient of drug (m^2/s)": 7.5 x 10^(-10),
"True Density of drug (g/mL)": 1.512,
"Specific surface area (m^2/g)": 0.24,
"volume-based equivalent particle size (micrometer)": 8.14
}
# 输出: ###
"columns": ["Time (hr)", "Drug Released (%)"],
"data": [
[0, 0],
[0.25, 12],
[0.5, 20],
[0.75, 28],
[1, 35],
[2, 52],
[3, 63],
[4, 71],
[5, 75],
[6, 82]
]
--------------------
# Example3: ###
Input = {
"Mean Particle Size, D50": 97.5,
"Aspect ratio": 1.0,
"Roundness": 1.0,
"solubility of drug (mg/mL)": 0.45,
"Diffusion coefficient of drug (m^2/s)": 7.5 x 10^(-10),
"Specific surface area (m^2/g)": 0.16,
"volume-based equivalent particle size (micrometer)": 11.94
}
# 输出: ###
"columns": ["Time (hr)", "Drug Released (%)"],
"data": [
[0, 0],
[0.25, 32],
[0.5, 40],
[0.75, 56],
[1, 60],
[2, 72],
[3, 76],
[4, 80],
[5, 82]
]