Easyfig线粒体组可视化软件教程

Easyfig线粒体组可视化软件教程

 

参考：https://github.com/mjsull/Easyfig/wiki

 

如果不能打开，下载Easyfig.py   文件放到Python的安装目录下，进入cmd命令窗口，cd到Python安装目录下，输入命令python Easyfig.py，回车运行。。。。

 

数据获取文件构造

从GeneBank上下载第一个序列的fasta文件test1.fasta，放到blast目录下面，

运行makeblastdb -in test1.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out testdb（testdb数据库名字）

下载第二个序列的fasta文件，test2.fasta，也放到blast目录下面

运行

blastn -query test2.fasta -out test.blast（输出文件） -db testdb -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

这就得到了Blast比对结果文件:通过blastn输出的

 

将两个序列的注释信息都提取出来分别保存成test1.txt和test2.txt文件，注释文件就准备好了。。

文件后缀无所谓的。。

 

Example 1. Simple genome region comparison

A: Comparison of two genomic regions.

1.载入ANNOTATION 文件:

1.1 点击Add feature file 按钮选择Newport_Gifsy.gbk文件打开

1.2 点击Add feature file 按钮选择LT2_Gifsy.gbk文件打开

 

 

2. 载入BLAST COMPARISON 文件

3.设置输出路径

4.运行！！！！！

 

 

B: Invert the LT2 region to obtain a clearer comparison

1.选择Image—Subregions，在Subregions对话框中选择LT2_Gifsy1.gbk文件双击，勾选Reverse

2.运行！！！！

 

 

 

 

C: Colour the coding-sequence (CDS) features

1.选择Image—Annotation，在Annotation对话框中勾选CDS，其他不选。然后运行。。

 

 

D: Zoom in on a ~15kb subregion at one end of the sequences（没成功）

1.进入Subregions对话框，双击第一个文件设置自域32599-50099，双击第二个文件设置子域1-15000,。（注意：第二个文件已经被inverted，见B部分）

 

 

2.点击Generate blastn Files，选择工作目录Easyfig_example1_files

3.然后重复A部分。。

 

 

Example 2. whole genome comparison

 

FEATURES             Location/Qualifiers 

     source          1..4639675 

                     /organism="Escherichia coli K12" 

                     /mol_type="genomic DNA" 

                     /strain="K-12" 

                     /sub_strain="MG1655" 

                     /db_xref="taxon:83333" 

     phage           262182..296489 

     phage           1195443..1210646 

 

A. Comparison of three _E. coli _genomes

1.参照Example1中的A部分按顺序载入Annotation 文件和Blast文件。运行

 

B. Display custom features on a whole genome comparison

1.进入Annotation对话框，设置如图，去掉gene的勾选，在底部的文本框中输入phage，type选rect。

2.进入Blast对话框Image—Blast，设置Min.length为10000去掉"Filter small blast hits/annotations"勾选，然后运行。。。。

 

 

C. Change the BLAST identity gradient and show a graph