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将二代测序短reads比对到参考基因组上,并进行排序和去重复的等处理,用于后续的变异检测。part1软件和数据准备软件:bwasamtoolspicard文件准备:参考基因组:genome.fasta测序数据文件:S1_1.fq.gz和S1_2.fq.gzpart2构建基因组index重测序很多软件不能直接读取基因组,需要对基因组构建index才能使用。```{rsetup,include=FAL
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奶凶小狮子
每次整理相册都很吐血,习惯了拍拍拍,动辄上千张照片,乱七八糟,删又舍不得一些相册整理工具好用是好用,比如我习惯用slide,问题是,每张整理过去也够呛,换个手机又得重新来一遍常用的备份相册的app,ins要fq还慢,一刻吧,一股脑把所有照片都传上去了,整理都是白费劲,强迫症受不了上百G的照片,再要下载下来,还只能一张张下,速度还慢。几千张里面,找那个想要的照片,都得十几分钟,找的眼睛都花了。今天发
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借来的书只看了一本,我看是9.25号过期的。有点讨厌自己的小情绪,过于在意一些东西,是给自己增加烦恼吧……一切都随缘,该断的就断了吧。从此别过,一别两宽。两个人之间既然没有可能,那就不要再给自己犹豫的机会。昨晚,FQ问我开心吗,我不知道他问这句话的时候是什么心情,我说很开心啊!其实现在想想,我连自己开不开心都不知道,懵懵懂懂,有点丧。想把生活推上正规,努力工作,丰富业余生活,做饭看书运动,能做的都
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【财商培养】图片发自App财商:本意是“金融智商”,英文缩写为FQ(FinancialQuotient)财商就是指一个人与金钱(财富)打交道的能力。财商指个人、集体认识、创造和管理财富的能力,包括观念、知识、行为三个方面。财商包括两方面的能力:一是创造财富及认识财富倍增规律的能力(即价值观);二是驾驭财富及应用财富的能力。财商是与智商、情商并列的现代社会能力三大不可缺的素质。金钱是一种思想,金钱也
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2021年4月24日星期六1.硬件Quest2到了,迫不及待的拆箱使用。我戴近视镜,所以加了那层用于戴眼镜的垫片,但是即使加了,眼镜仍然不好放进去,这块设计的不好,所以还是得买镜片。OculusQuest2商家给激活了,预装了很多应用,否则自己得kexue上网激活,Oculus商店的应用也得fq。WiFi提示网络有问题,但是国内网络都是没问题的。商家有路由器卖,回头买了再尝试Oculus商店的应用
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DNS,全称DomainNameSystem计算机网络诞生时候N)$FQ4@)4I%W`)PN$T%{XLD.png通过IP地址访问服务器。IP地址不好记:IP地址.1.1.1.1发展到后来就用hosts,所有的访问服务器的主机hosts都加上解析记录大家都把解析放到hosts,发生问题。每个人都要改HOSTS增加网站记录,如何所有知道呢?发明了DNS上网配置了DNS服务器,只要输入域名地址,就会
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之前介绍了Qt的大致历史,现在我们继续安装QT安装软件首选官方网站Qt下载官⽹:http://download.qt.io/archive/qt/国内清华源:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/qt/archive/qt/建议未来的程序员们就使用QT官网下载,虽然目前有一个不可明说的原因,导致下载速度很慢,专业的程序员必备技能"fq"下载版本建议5.1xxx即
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LYNX7
多个lane的fq文件合并zcatlane1_1.fq.gzlane2_1.fq.gz|gzip->1.fq.gz
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猫耳呀
摘要:背景与挑战技博客GigaOM曾报道:YouTube的视频略缩图采用WebP格式后,网页加载速度提升了10%;谷歌的Chrome网上应用商店采用WebP格式图片后,每天可以节省几TB的带宽,页面平均加载时间大约减少1/3;Google+移动应用采用WebP图片格式后,每天节省了50TB数据存储空间。背景与挑战科技博客GigaOM曾报道:YouTube的视频略缩图采用WebP格式后,网页加载速度
- 05、全文检索 -- Solr -- Solr 全文检索之图形界面的文档管理(文档的添加、删除,如何通过关键字等参数查询文档)
_L_J_H_
#全文检索(Solr和Elasticsearch)全文检索solrdjango
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- BWT比对算法
小潤澤
简介BWT算法在多款序列比对软件(BWA,bowtie)中都有涉及,那么对于RNA-seq的2代数据,一般建库长度是单端300bp,双端各150bp左右。序列比对对于两个序列进行比对,即pairwisealignment,我们可以按比对方式分为全局比对(NW算法)和局部比对(SW算法):当然对于两条短序列,可采用上述算法进行比较,但是如果其中一条序列换成了较长的参考基因组序列,而另一条为fq文件的
- 网站源码、模板分享(前端)
3Cloudream
网站源码分享网站模板html5css3前端javascriptjquery
百度网盘地址(一份源码,更多请查看下方连接)链接:https://pan.baidu.com/s/17VyjUAULoGXY9vLupR93fQ提取码:j8eu推荐几个可以免费查找下载网页源码的网站FreeBootstrapThemes&Templates-StartBootstrapFreeHTMLCSSTemplatesbyTooplateColorlib-ProbablyTheBestWor
- go 安装后 VScode 安装go插件失败,只要三条命令搞定
qq254085850
golangvscode开发语言
输入下面三条命令在powershell里敲完再点安装就能成功。这是一个Bug,不是网络问题。即使fq也没用啊。传送门mkdir-p$env:GOPATH/src/golang.org/x/cd$env:GOPATH/src/golang.org/x/gitclonehttps://github.com/golang/tools.git
- LINUX的练习题
七七师姐
LINUX的练习题:最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习http://www.bio-info-trainee.com/3575.h
- Fastp使用方法
WuYankang
fastp是一个速度非常快的测序数据质控软件,以下为软件参数的说明,根据github内容整理。github:https://github.com/OpenGene/fastp简单使用:单端数据fastp-iin.fq-oout.fq双端数据fastp-iin.R1.fq.gz-Iin.R2.fq.gz-oout.R1.fq.gz-Oout.R2.fq.gz结果输出为html和json格式。输出到S
- node处理高并发任务
肥仔_8ab6
constaxios=require("axios");constchalk=require("chalk");const{log}=require("console");asyncfunctionsingleRequest(article_id){//这里我们直接使用axios库进行请求constreply=awaitaxios.post("http://www.fq.vpn/index.php
- JS atob btoa方法处理base64数据后转Blob类型实现文字转语音.mp3文件
星云-
前端javascriptgoogletalk前端html5html
前端js+googleText-to-SpeechAPI实现文字转mp3文件使用由Google的AI技术提供支持的API将文字转换为自然而逼真的语音。地址GoogleText-to-Speech官网Tip:官网可以在线体验文字转语音,切换语言、男女声、语音速度等功能(详情见下图)访问需要fq官网API详情截图查阅google开发者文档发现Text-to-SpeechAPI返回的是base64编码的
- solr通过管理页面查询、删除
就这些吗
wiki地址:http://wiki.apache.org/solr/FrontPage,里面有各个参数详细的介绍。删除删除的话这里只介绍全删的操作。。为什么?因为数据太少了,我也只用过全部删除~~~到Documents里选择XML,之后输入下面这段提交就可以啦*:*image.png查询image.pngq查询的关键字,此参数最为重要,例如,q=id:1,默认为q=:,fq(filterquer
- docker安装及常用命令
aa1215018028
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docker安装最新版最新版docker安装,可能会涉及到FQ,所以加入googlehost地址:https://github.com/racaljk/hostssudoapt-getremovedockerdocker-enginesudoapt-getupdatesudoapt-getinstalllinux-image-extra-$(uname-r)linux-image-extra-vi
- 嵌入式培训机构四个月实训课程笔记(完整版)-Linux ARM平台编程第二天-ARM汇编(物联技术666)
vx349014857
嵌入式培训课程笔记笔记linuxarm开发
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- 2023蓝帽杯初赛取证
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取证网络安全
排名:37取证检材容器密码:Hpp^V@FQ6bdWYKMjX=gUPG#hHxw!j@M9案件详情2021年5月,公安机关侦破了一起投资理财诈骗类案件,受害人陈昊民向公安机关报案称其在微信上认识一名昵称为yang88的网友,在其诱导下通过一款名为维斯塔斯的APP,进行投资理财,被诈骗6万余万元。接警后,经过公安机关的分析,锁定了涉案APP后台服务器。后经过公安机关侦查和研判发现杨某有重大犯罪嫌疑
- fastq 转化 fasta
赵会成
awk'NR%4==2{print">E"NR/4+0.5"\n"$0}'example.fq>example.fa
- linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
WDPLA
Linux生物信息学linux运维服务器
#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。以下是两种方法:方法一.使用rename命令:#renamerename's/\.fastq$/.fq/'*.fastq这个命令将把当前目录下所有以.fastq结尾的文件的后缀修改为.fq。方法二.使用mv
- 二分查找排序算法
周凡杨
java二分查找排序算法折半
一:概念 二分查找又称
折半查找(
折半搜索/
二分搜索),优点是比较次数少,查找速度快,平均性能好;其缺点是要求待查表为有序表,且插入删除困难。因此,折半查找方法适用于不经常变动而 查找频繁的有序列表。首先,假设表中元素是按升序排列,将表中间位置记录的关键字与查找关键字比较,如果两者相等,则查找成功;否则利用中间位置记录将表 分成前、后两个子表,如果中间位置记录的关键字大于查找关键字,则进一步
- java中的BigDecimal
bijian1013
javaBigDecimal
在项目开发过程中出现精度丢失问题,查资料用BigDecimal解决,并发现如下这篇BigDecimal的解决问题的思路和方法很值得学习,特转载。
原文地址:http://blog.csdn.net/ugg/article/de
- Shell echo命令详解
daizj
echoshell
Shell echo命令
Shell 的 echo 指令与 PHP 的 echo 指令类似,都是用于字符串的输出。命令格式:
echo string
您可以使用echo实现更复杂的输出格式控制。 1.显示普通字符串:
echo "It is a test"
这里的双引号完全可以省略,以下命令与上面实例效果一致:
echo Itis a test 2.显示转义
- Oracle DBA 简单操作
周凡杨
oracle dba sql
--执行次数多的SQL
select sql_text,executions from (
select sql_text,executions from v$sqlarea order by executions desc
) where rownum<81;
&nb
- 画图重绘
朱辉辉33
游戏
我第一次接触重绘是编写五子棋小游戏的时候,因为游戏里的棋盘是用线绘制的,而这些东西并不在系统自带的重绘里,所以在移动窗体时,棋盘并不会重绘出来。所以我们要重写系统的重绘方法。
在重写系统重绘方法时,我们要注意一定要调用父类的重绘方法,即加上super.paint(g),因为如果不调用父类的重绘方式,重写后会把父类的重绘覆盖掉,而父类的重绘方法是绘制画布,这样就导致我们
- 线程之初体验
西蜀石兰
线程
一直觉得多线程是学Java的一个分水岭,懂多线程才算入门。
之前看《编程思想》的多线程章节,看的云里雾里,知道线程类有哪几个方法,却依旧不知道线程到底是什么?书上都写线程是进程的模块,共享线程的资源,可是这跟多线程编程有毛线的关系,呜呜。。。
线程其实也是用户自定义的任务,不要过多的强调线程的属性,而忽略了线程最基本的属性。
你可以在线程类的run()方法中定义自己的任务,就跟正常的Ja
- linux集群互相免登陆配置
林鹤霄
linux
配置ssh免登陆
1、生成秘钥和公钥 ssh-keygen -t rsa
2、提示让你输入,什么都不输,三次回车之后会在~下面的.ssh文件夹中多出两个文件id_rsa 和 id_rsa.pub
其中id_rsa为秘钥,id_rsa.pub为公钥,使用公钥加密的数据只有私钥才能对这些数据解密 c
- mysql : Lock wait timeout exceeded; try restarting transaction
aigo
mysql
原文:http://www.cnblogs.com/freeliver54/archive/2010/09/30/1839042.html
原因是你使用的InnoDB 表类型的时候,
默认参数:innodb_lock_wait_timeout设置锁等待的时间是50s,
因为有的锁等待超过了这个时间,所以抱错.
你可以把这个时间加长,或者优化存储
- Socket编程 基本的聊天实现。
alleni123
socket
public class Server
{
//用来存储所有连接上来的客户
private List<ServerThread> clients;
public static void main(String[] args)
{
Server s = new Server();
s.startServer(9988);
}
publi
- 多线程监听器事件模式(一个简单的例子)
百合不是茶
线程监听模式
多线程的事件监听器模式
监听器时间模式经常与多线程使用,在多线程中如何知道我的线程正在执行那什么内容,可以通过时间监听器模式得到
创建多线程的事件监听器模式 思路:
1, 创建线程并启动,在创建线程的位置设置一个标记
2,创建队
- spring InitializingBean接口
bijian1013
javaspring
spring的事务的TransactionTemplate,其源码如下:
public class TransactionTemplate extends DefaultTransactionDefinition implements TransactionOperations, InitializingBean{
...
}
TransactionTemplate继承了DefaultT
- Oracle中询表的权限被授予给了哪些用户
bijian1013
oracle数据库权限
Oracle查询表将权限赋给了哪些用户的SQL,以备查用。
select t.table_name as "表名",
t.grantee as "被授权的属组",
t.owner as "对象所在的属组"
- 【Struts2五】Struts2 参数传值
bit1129
struts2
Struts2中参数传值的3种情况
1.请求参数绑定到Action的实例字段上
2.Action将值传递到转发的视图上
3.Action将值传递到重定向的视图上
一、请求参数绑定到Action的实例字段上以及Action将值传递到转发的视图上
Struts可以自动将请求URL中的请求参数或者表单提交的参数绑定到Action定义的实例字段上,绑定的规则使用ognl表达式语言
- 【Kafka十四】关于auto.offset.reset[Q/A]
bit1129
kafka
I got serveral questions about auto.offset.reset. This configuration parameter governs how consumer read the message from Kafka when there is no initial offset in ZooKeeper or
- nginx gzip压缩配置
ronin47
nginx gzip 压缩范例
nginx gzip压缩配置 更多
0
nginx
gzip
配置
随着nginx的发展,越来越多的网站使用nginx,因此nginx的优化变得越来越重要,今天我们来看看nginx的gzip压缩到底是怎么压缩的呢?
gzip(GNU-ZIP)是一种压缩技术。经过gzip压缩后页面大小可以变为原来的30%甚至更小,这样,用
- java-13.输入一个单向链表,输出该链表中倒数第 k 个节点
bylijinnan
java
two cursors.
Make the first cursor go K steps first.
/*
* 第 13 题:题目:输入一个单向链表,输出该链表中倒数第 k 个节点
*/
public void displayKthItemsBackWard(ListNode head,int k){
ListNode p1=head,p2=head;
- Spring源码学习-JdbcTemplate queryForObject
bylijinnan
javaspring
JdbcTemplate中有两个可能会混淆的queryForObject方法:
1.
Object queryForObject(String sql, Object[] args, Class requiredType)
2.
Object queryForObject(String sql, Object[] args, RowMapper rowMapper)
第1个方法是只查
- [冰川时代]在冰川时代,我们需要什么样的技术?
comsci
技术
看美国那边的气候情况....我有个感觉...是不是要进入小冰期了?
那么在小冰期里面...我们的户外活动肯定会出现很多问题...在室内呆着的情况会非常多...怎么在室内呆着而不发闷...怎么用最低的电力保证室内的温度.....这都需要技术手段...
&nb
- js 获取浏览器型号
cuityang
js浏览器
根据浏览器获取iphone和apk的下载地址
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" content="text/html"/>
<meta name=
- C# socks5详解 转
dalan_123
socketC#
http://www.cnblogs.com/zhujiechang/archive/2008/10/21/1316308.html 这里主要讲的是用.NET实现基于Socket5下面的代理协议进行客户端的通讯,Socket4的实现是类似的,注意的事,这里不是讲用C#实现一个代理服务器,因为实现一个代理服务器需要实现很多协议,头大,而且现在市面上有很多现成的代理服务器用,性能又好,
- 运维 Centos问题汇总
dcj3sjt126com
云主机
一、sh 脚本不执行的原因
sh脚本不执行的原因 只有2个
1.权限不够
2.sh脚本里路径没写完整。
二、解决You have new mail in /var/spool/mail/root
修改/usr/share/logwatch/default.conf/logwatch.conf配置文件
MailTo =
MailFrom
三、查询连接数
- Yii防注入攻击笔记
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sqlWEB安全yii
网站表单有注入漏洞须对所有用户输入的内容进行个过滤和检查,可以使用正则表达式或者直接输入字符判断,大部分是只允许输入字母和数字的,其它字符度不允许;对于内容复杂表单的内容,应该对html和script的符号进行转义替换:尤其是<,>,',"",&这几个符号 这里有个转义对照表:
http://blog.csdn.net/xinzhu1990/articl
- MongoDB简介[一]
eksliang
mongodbMongoDB简介
MongoDB简介
转载请出自出处:http://eksliang.iteye.com/blog/2173288 1.1易于使用
MongoDB是一个面向文档的数据库,而不是关系型数据库。与关系型数据库相比,面向文档的数据库不再有行的概念,取而代之的是更为灵活的“文档”模型。
另外,不
- zookeeper windows 入门安装和测试
greemranqq
zookeeper安装分布式
一、序言
以下是我对zookeeper 的一些理解: zookeeper 作为一个服务注册信息存储的管理工具,好吧,这样说得很抽象,我们举个“栗子”。
栗子1号:
假设我是一家KTV的老板,我同时拥有5家KTV,我肯定得时刻监视
- Spring之使用事务缘由(2-注解实现)
ihuning
spring
Spring事务注解实现
1. 依赖包:
1.1 spring包:
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spring-context-4.0.0.
- iOS App Launch Option
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option
iOS 程序启动时总会调用application:didFinishLaunchingWithOptions:,其中第二个参数launchOptions为NSDictionary类型的对象,里面存储有此程序启动的原因。
launchOptions中的可能键值见UIApplication Class Reference的Launch Options Keys节 。
1、若用户直接
- jdk与jre的区别(_)
macroli
javajvmjdk
简单的说JDK是面向开发人员使用的SDK,它提供了Java的开发环境和运行环境。SDK是Software Development Kit 一般指软件开发包,可以包括函数库、编译程序等。
JDK就是Java Development Kit JRE是Java Runtime Enviroment是指Java的运行环境,是面向Java程序的使用者,而不是开发者。 如果安装了JDK,会发同你
- Updates were rejected because the tip of your current branch is behind
qiaolevip
学习永无止境每天进步一点点众观千象git
$ git push joe prod-2295-1
To
[email protected]:joe.le/dr-frontend.git
! [rejected] prod-2295-1 -> prod-2295-1 (non-fast-forward)
error: failed to push some refs to '
[email protected]
- [一起学Hive]之十四-Hive的元数据表结构详解
superlxw1234
hivehive元数据结构
关键字:Hive元数据、Hive元数据表结构
之前在 “[一起学Hive]之一–Hive概述,Hive是什么”中介绍过,Hive自己维护了一套元数据,用户通过HQL查询时候,Hive首先需要结合元数据,将HQL翻译成MapReduce去执行。
本文介绍一下Hive元数据中重要的一些表结构及用途,以Hive0.13为例。
文章最后面,会以一个示例来全面了解一下,
- Spring 3.2.14,4.1.7,4.2.RC2发布
wiselyman
Spring 3
Spring 3.2.14、4.1.7及4.2.RC2于6月30日发布。
其中Spring 3.2.1是一个维护版本(维护周期到2016-12-31截止),后续会继续根据需求和bug发布维护版本。此时,Spring官方强烈建议升级Spring框架至4.1.7 或者将要发布的4.2 。
其中Spring 4.1.7主要包含这些更新内容。