分子对接软件大比拼

文献报道过的或者没报道过的分子对接软件有很多，很多最初都是由实验室开发，免费发布。当软件很完善，没有什么缺陷时，可能会被专门的商业软件公司购买，就变成了某个大型软件包中的模块。

其实不止分子对接软件，其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展历程。不过，其中还是有一些实验室，在商品化大潮的影响下屹立不倒，依旧免费给我们提供免费的强大的软件，甚至是源代码（source code）。

很多软件我手中都有，如果那位朋友想要，可以给我发邮件。当然，要在版权要求的范围内使用。

1、这里首先提到的是AutoDock，据官方数据显示，autodock是引用文献最多的软件（Sousa, Fernandes & Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26）。
AutoDock向外提供源代码，只要下载协议单（license agreement），签名后传真发回，就可以获得下载链接和帐号信息。目前最新版本是4.0 beta，不过正在测试中，主要测试群体是商业制药公司。对于这个新版本，大家都拭目以待。
这里有一些精美的小电影可以下载：
http://autodock.scripps.edu/movies
官方主页：
http://autodock.scripps.edu/

2、接着说DOCK。DOCK也是以源代码发布，对学术用户免费。可以向官方发邮件申请，他们会返回一个下载链接和帐号，可以使用5次。我的运气很好，用sohu.com信箱申请，居然申请到了下载机会。当5次用完后，又出了新的版本，我再次用sohu.com信箱发邮件，声明想再多要一些登陆机会申请新版本，又获得5次机会。所以，大家如果对DOCK感兴趣，不妨发邮件，应该差不多，当然，如果用edu.cn的信箱，成功的几率会更大。
官方主页：
http://docking.org/

3、3D-DOCK。免费以源代码发布，分为三个部分：FTDock, RPScore，MultiDock。
官方主页：
http://www.bmm.icnet.uk/docking/

4、FRED，是Openeye软件包中的一个模块。Openeye软件包对学术用户免费1年，普通用户可以申请2个月的试用期。只要在线申请就可以，不需要下载申请表打印签字发传真。不过，我申请了好几次，才给了我一年的免费期。其他时间想用的时候，就只能每2个月申请一次。呵呵。不过FRED速度超快，在各种平台都可运行。
可以从这里申请试用版： http://www.eyesopen.com/forms/eval_request.php
Openeye软件包中除了分子对接软件，还有数据库筛选软件，分子格式转化软件（Babel），图形可视化软件（Vida），溶剂化工具等。
官方主页：
http://www.eyesopen.com/

5、Surflex，Surflex对学术用户免费，最初国内的同行都说这个软件最难申请，没有申请成功的。我也和官方申请了一下，没有得到回应。后来一次，看到一篇用AutoDock做分子对接的文献，很感兴趣，就和作者发邮件探讨了一下。最后，作者告诉我除了AutoDock，还可以尝试Surflex。我告诉他我申请了，不过尚未达到官方回应。他说可以再申请一次，他会帮我说。于是我再申请一次，等了若干天后，收到官方邮件，被告知中国用户在计算机相关技术和知识产权方面受到限制，不能授权。
原信如下：
I'm sorry that I cannot accommodate your request for Surflex. There are some complex issues with a number of countries having to do with computer-related technology and intellectual property. Consequently, Surflex is only available at no cost to academic researchers in countries classified as "Tier 1" by the US State Department, which include the following: Argentina, Australia, Austria, Belgium, Brazil, Czech Republic, Denmark, Finland, France, Germany, Greece, Hungary, Iceland, Ireland, Italy, Japan, Liechtenstein, Luxembourg, Mexico, Monaco, Netherlands, New Zealand, Norway, Poland, Portugal, San Marino, Spain, Sweden, Switzerland, Turkey, the United Kingdom, and Vatican City. Surflex may be licensed directly with a substantial academic discount from Tripos Inc. (www.tripos.com).

官方主页：
http://www.biopharmics.com/products.html

6、HEX。免费软件，但我了解不多，不多做介绍。

7、FlexX是另一个运算速度超快的分子对接软件，收费。不过可以申请6周的试用版，速度很快。有独立运行版本，也有Sybyl软件包(Tripos Co. Ltd.)中的一个模块。
官方主页：
www.biosolveit.de/FlexX/

8、Glide。收费软件，是Maestro软件包中的一个模块。运算速度也很快。

9、GOLD。收费软件，精度很好。以前可以申请2个月的试用版，不知现在是否还可以。

10、ICM。不多说了，ICM-pro是很大型的软件包，收费，功能很强大，据说精度也很高。不过ICM-Browser是免费的，可以下载。下载链接 http://www.molsoft.com/icm_browser.html
官方主页：
http://www.molsoft.com/index.html

11、MVD。是最新出的软件，据官方数据表明是对接精度最好的软件，甚至要超过了Glide、Surflex、FlexX等软件。提供一个月的试用期。我申请后使用了一下，精度确实很高，不过运行速度很慢，按默认设置，对接一个分子需要10分钟。
从这里申请下载（在线申请，不需要下载表格打印签名发传真）：
http://molegro.com/mvd-trial.php
官方主页
http://molegro.com/

以上介绍的大多是进行大分子与小分子配体分子对接的软件。
当然，其中的一些软件也可以做大分子的对接。
目前越来越多的文献报道蛋白质－蛋白质和蛋白质－核酸的分子对接，比如ESCHER、MONTY、HADDOCK、Z-DOCK、HEX等软件，FTDOCK也可以做这方面的工作。如果有机会，这部分我会再做介绍。