Linux下MPI并行环境与Eclipse配置全过程。Linux + mpich2 + Eclipse

http://hi.baidu.com/evevil/item/578c89ea990324225a2d6438

我是Linux超级新手，文中难免有错误的地方，望指正和多多包容

硬件情况：2台主机
主机1： 主机名:node1  IP:192.168.19.165   操作系统:CentOS 5.2  用户:root 密码:root
主机2： 主机名:node2  IP:192.168.19.169   操作系统:CentOS 5.2  用户:root 密码:root
(这里的两台主机上的用户名和密码设置成一样的，好像不一样的话将会影响之后mpi程序的执行)

为了省事，以下操作都是以root用户进行的
1、===================配置host文件=========================
在node1和node2上
#vi /etc/hosts   打开hosts文件，修改如下：
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost
192.168.19.165 node1
192.168.19.169 node2
(注意127.0.0.1 localhost.localdomain localhost一定不能缺，否则将可能导致之后 mpiexec运行出错)

2、====================设置SSH信任连接====================
在node1上生成SSH秘钥对.
#ssh-keygen -t rsa    yes,一路回车
#cat  /root/.ssh/id_rsa.pub | root@192.168.19.169 "cat - >> root/.ssh/authorized_keys" 将密钥等信息拷贝至node2中，该过程需要输入node2上root用户的密码
#ssh root@node2   登陆node2
#exit
#ssh root@node2   第二次登陆node2，无需再输入密码了
#exit
#ssh root@node1   登陆自身一次

在node2上执行同样的操作，只不过目标换成node1了
#ssh-keygen -t rsa    yes,一路回车
#cat  /root/.ssh/id_rsa.pub | root@192.168.19.165 "cat - >> root/.ssh/authorized_keys"
#ssh root@node1 
#exit
#ssh root@node1  
#exit
#ssh root@node2  
(以上使用的ssh，如果系统安装的ssh2，设置过程将与上有所不同)

3、=====================安装mpich2======================
在node1和node2上：
#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz  解压缩
#cd mpich2-1.0.1
#./configure     --prefix==安装路径，指定安装路径时可以使用#./configure --prefix=???，不带参数时默认安装路径为/usr/loacl，我用的是默认安装路径
#make
#make install  安装完成
(为了避免未知错误，两台机器的mpich2安装位置最好一样)

设置环境变量：
#cd /etc/
#vi profile   编辑profile文件
添加   PATH="$PATH:/usr/local/bin"
#source profile
#which mpd    测试环境变量

创建并修改/etc/mpd.conf文件
#vi /etc/mpd.conf
内容为
secretword=myword
#touch /etc/mpd.conf     
#chmod 600 /etc/mpd.conf     (设置文件读取权限和修改时间，这两步好像不能省)

创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts
#vi /root/mpd.hosts
文件内容如下：
node1
node2

4、=====================简单的测试=========================
在node1上
#mpd &    启动
#mpdboot -n 2 -f mpd.hosts   启动2台机器(启动的机器数不能超过集群中的主机数，这里只有2台)
#mpdtrace 观看启动机器
#mpiexec -n 4 /usr/local/examples/cpi     number为使用的进程数，运行mpi自带的测试程序(不一定存在)
#mpdallexit   退出

mpi程序的编译
#mpicc example.cc -o example          C语言源代码
或#mpic++ example.cc -o example      C++语言源代码
或#mpif77 example.f -o example        Fortran语言源代码

编译后可以执行：
#mpdboot -n 2 -f mpd.hosts
#scp /tmp/example  root@node2:/tmp/example  (/tmp/为刚才编译的程序所在文件夹)
(需要并行运算的程序在两台主机上所存放的路径必须相同，文件名也必须相同我这里都存放在/tmp/文件夹下)
#mpiexec -n 4/tmp/example

5、===================在Eclipse中开发MPI程序=================
在新建的工程上点右键 选择Properties


添加include路径，我的mpich2安装在/usr/local




添加lib库路径，添加mpich,mpichxx,pthread   注:这是在linux下，与windows环境下需添加的库不同


OK，Eclipse加MPI开发环境配置完成

参考资料：
SSH设置:
http://stevenz.blog.hexun.com/15798089_d.html
MPICH2配置：
http://www.xxlinux.com/linux/article/accidence/install/20070514/8413.html
MPI与Eclipse：
http://blog.csdn.net/cleverysm/archive/2007/06/06/1640290.aspx
一些MPI错误解决方法：

http://blog.csdn.net/xiaxiazls/archive/2009/09/08/4530423.aspx

在PBS任务管理系统中使用MPICH

只要将

sort -u $PBS_NODEFILE > mpd.hosts

mpdboot -f mpd.hosts -n $NNODES --rsh=/usr/bin/rsh

mpiexec -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NNODES $RUNJOB -i $WORK_AREA/$PREFILE/$PREFILE.in -dim 2 -n 100000 -d 10000 > $PREFILE.log

mpdallexit

写入pbs的script中就可以了

实际上包含了一个完整使用集群的过程，只不过是提交给了任务管理系统PBS而已。