Ubuntu11.04 下安装R
方法1
在Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装
或者
添加源，然后通过apt-get安装：
sudo apt-get install r-base
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方法2
下载R的源码包（http://www.r-project.org/），比如：R-2.13.0.tar.gz
解压：
tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz配置：
cd R-2.13.0 ./configure --prefix=/home/xxx/R --enable-R-shlib
prefix设置R的安装路径，enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享
如果提示G77错误
sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install gfortran
如果提示错误：configure:error:--with-readline=yes(default)...
sudo apt-get install libreadline6-dev
如果提示错误：configure:error:--with-x=yes(default) and X11...
sudo apt-get install libxt-dev
安装：
make make install
link到bin目录下：
cd /bin sudo ln -sv /home/xxx/R /bin/R
至此安装完毕。
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安装pkg：
终端下输入：R
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
默认将安装一下几个包
affy affydata affyPLM
annaffy annotate Biobase
Biostrings DynDoc gcrma
genefilter geneplotter hgu95av2
limma marray matchprobes
multtest ROC vsn
xtable affyQCReport
如果需要Bioconductor上别的包的话，可以使用
biocLite(c("pkg1", "pkg2"))
如：
biocLite(c("copula", "pspline"))安装CRAN上的包
install.packages(c("pkg1", "pkg2"))来安装（pkg1和pkg2为需要安装的包）。
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编辑器：
1.直接shell。终端输入R，就进入R命令行了。
2.安装GUI：Rcmdr
sudo apt-get install r-cran-rodbc sudo apt-get install r-cran-rcmdr运行R后，library(Rcmdr)就可以打开图形界面。
3.用emacs
通过软件中心搜索emacs ess直接安装。打开emacs
M-x R输入R的路径，就进入R编辑模式了。
emacs中可以用下面三条指令把正在编辑的程序文本送给R运行：
C-c C-n 当前行C-c C-c 当前段
C-c C-b 当前整个文件
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参考：
http://jliblog.com/archives/368
http://www.hackvip.com/article/sort0136/sort0186/Hackvip_157556.html