Ubuntu系统下R语言安装包的一些问题 （Rweibo）
我们要到官方网站下载R-3.0.0 .tar.gz
1. 然后解压缩。 tar -zvxf R-3.0.0 .tar.gz
2.进入解压后的文件夹 R-3.0.0 输入命令./configure
3.出现错误
---> > configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
上网查询知：
yum install readline-devel（解决错误“ --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”）
yum install libXt-devel（解决错误“–with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”
但是Ubuntu系统暂时没有安装yum，所以我用的是apt-get 命令，但是问题出来了。
--->> 未发现软件包 readline-devel
于是再找：原因：在在CentOS-5.4系统下面， 开发文件包的后缀名是 -devel，而我们在Ubuntu下应该为 -dev
好吧输入：ldconfig -p|grep readline
显示：libreadline.so.6 (libc6) => /lib/libreadline.so.6
libguilereadline-v-17.so.17 (libc6) => /usr/lib/libguilereadline-v-17.so.17
输入： sudo apt-get install libreadline6-dev
对于问题：yum install libXt-devel--->替换成 sudo apt-get install libXt.dv即可
4.接下来 我们安装R语言开发环境RStudio,我们下载了官方文件rstudio-0.97.449-i386.deb
安装方法是：deb是debian linus的安装格式，跟red hat的rpm非常相似，最基本的安装命令是：dpkg -i file.deb
dpkg 是Debian Package的简写，是为Debian 专门开发的套件管理系统，方便软件的安装、更新及移除。所有源自Debian的Linux发行版都使用dpkg，例如Ubuntu、Knoppix 等
=================其实我也不知到该怎么说了，好不容一安装上里R 3.0但是问题百出，尤其是不知道如何设置自己安装的R的环境变量，导致后面使用RStudio 出问题： 什么unshared library之类的问题。无奈卸载之，还是老老实实的安装里 r-base
安装包碰到的问题：
installation of package ‘/media/study/R-packages/RWeka_0.4-17.zip’had non-zero exit status
无论是使用我自己下载的zip文件，还是直接输入：install.packages("Rweibo",repos="http://R-Forge.R-project.org")，都有had non-zero exit status问题，想想可能是格式问题。一查看，果然无论是下载的还是RStudio自动下载的都是下载的zip格式的。于是：
1.先用Ubuntu系统的归档管理器打开 zip文件（假设为mm.zip）,然后提取到当前目录
2，接着到终端中将该文件打包成tmm.ar.gz文件.命令是：
tar czvf mm.tar.gz mm
3.再到RStudio下点击install packages 即可
================================又是华丽的分割线，还是有问题，自己尝试里下，这个只能解决部分问题，一下是某位大神的方法，粘帖过来的============
向 /etc/apt/sources.list 中加入:
deb http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/linux/Ubuntu maverick/
Secure apt
The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of "Michael Rutter <[email protected]>" with key ID E084DAB9. You can fetch this key with
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
and then feed it to apt-key with
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
安装完整的R system, 使用
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
管理和维护R包
The R packages part of the Ubuntu r-base and r-recommended packages are installed into the directory /usr/lib/R/library.
The other r-cran-* packages shipped with Ubuntu are installed into the directory /usr/lib/R/site-library.
These can be updated using apt-get with
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
整体分为三部分进行管理:
1. R本身 和一些库 用 apt-get 进行更新
2. 官方推荐包 默认存在于 /usr/lib/R/library 可用管理员权限下的 update.packages() 更新
3. 用户安装包 默认存在于 /usr/lib/R/site-library 可用管理员权限下的 update.packages() 更新
如果用非管理员的用户去装包, 会装到另外一个新文件夹中. 因为对以上目录没有写权限.
如果用非管理员权限装包, 会装到另外一个新文件夹中. 因为对以上目录没有写权限. 用管理员权限会默认装到 /usr/local/lib/R/site-library 里. 更新的时候亦然.
sudo gedit /etc/R/Rprofile.site # 修改默认CRAN镜像
手工安装依赖了特别库的包
安装程序包'Cairo'时退出狀態的值不为0
安装程序包'rgl'时退出狀態的值不为0
安装程序包'XML'时退出狀態的值不为0:
安装程序包'RCurl'时退出狀態的值不为0
安装程序包'cairoDevice'时退出狀態的值不为0
安装程序包'fftw'时退出狀態的值不为0
安装程序包'rcdd'时退出狀態的值不为0
安装程序包'rgdal'时退出狀態的值不为0
依赖rgl引起的:
installation of package 'ks' had non-zero exit status
installation of package 'feature' had non-zero exit status
installation of package 'flowCore' had non-zero exit status
installation of package 'flowViz' had non-zero exit status
安装Cairo:
sudo apt-get install libcairo2-dev libxt-dev
然后install.packages("Cairo")即可
安装cairoDevice:
sudo apt-get install r-cran-cairoDevice
安装rgl包:
sudo apt-get install r-cran-rgl
安装fftw包:
sudo apt-get install libfftw3-dev
然后install.packages("fftw")即可
安装rcdd包:
sudo apt-get install libgmp3-dev
然后install.packages("rcdd")即可
安装rgdal包:
sudo apt-get install libgdal-dev libproj-dev
然后install.packages("rgdal")即可
安装XML包:
sudo apt-get install libxml++2.6-dev
然后install.packages("XML")即可
装好以上就能装RCurl了, 初步猜测可能是依赖libxml导致的.
安装rimages包:
sudo apt-get install fftw-dev fftw2
然后install.packages("rimage")即可