直系同源基因数据库以及网站开发

直系同源基因数据库以及网站开发

项目描述

     近年来, 随着第二代测序技术的快速发展,，测序数据急剧增加. 因此, 需要更多的生物信息学方法对其进行分析研究. 由于直系同源基因之间具有相似的生物学功能, 它的识别对于分析生物的系统进化以及预测新基因与蛋白质的功能至关重要。
     本小组在熊清老师的指导下，旨在建立一部分物种的直系同源基因数据库，并开发相应的网站提供给用户查询和浏览直系同源的基因信息。 

我们的工作

1. 呈现方式

   其实国外直系同源基因数据库也有，并且还不少，比如phylomedb，但是他们在对于系统发育树的表达上采用的方式比较传统的贴图示表达，我们希望用一种类似echarts的方式动态的方式去展示：点击每一个节点可以看到它们的详细信息，发育树能够一种动态的方式呈现在查询者的面前 
   

   
   

2. 数据来源

   Phylomedb它其实是有自己的一套基因数据库，并且将查好的系统发育树用一种数据格式存储起来，以快速响应用户的查询。正式由于这种专业化，使得几乎每个直系同源基因数据库都只包含几个物种或者更多个几十个物种的进化数据。事想下，如果你作为一个生物信息学者，你想要查询某种独特物种的进化史，你可能得着n个直系同源基因数据库，使用他们各自的方法去获得自己想要的数据。而我们希望我们可以以小量的数据去说明这样一种得到指定物种进化数据的方法。
   

   

3. 项目需求

   1、在linux服务器上搭建直系同源基因数据库，由于基因数据库比较复杂，需要对数据库进行优化
   2、开发web程序，生成物种的系统发育树，和树对应的其他基因信息。
   

4. 项目计划