构建磷脂双份子层(二）

前面的内容由于空间不够了，呵呵，现在只能再换一页，接着上面的写：

5：建立系统的成分：

这个过程与只有膜结构的系统成分的建立过程类似。

因为这个过程中我们产生了孔洞水，页面会提示你优化孔洞水分子，对于那些没有在孔洞中的水分子要删除（用蛋白软件将产生的PDB文件打开，观察体系中是否与暴露在孔洞外面的水分子，如果存在的话将那些水分子移除。

6： 先建立磷脂双分子层，然后产生离子和水分子

 

7：将体系组装起来

在产生了系统的成分之后，体系将会组装成PDB和PSF文件

 8： 对系统进行平衡

 

 

 

                                                                                  三：不均匀膜-蛋白复合物的构建

1： 不均匀体系的构建仍然以2K4T为例子来做。

2：读入PDB文件，具体操作与建立均匀的膜体系的过程类似。

 

3：蛋白方向和位置的选择：

与均匀膜结构的选择过程一样。

 

4：决定体系的大小

我们要建立的是一个不均匀的膜双层结构，由3种不同的脂分子组成，例如DMPC，POPC和胆固醇，比例分别为10：5：1，将相应的比例值填到相应的inputbox中，然后点击

“Show the system"的按钮，继续进行下一步

 

 

5：建立体系的组成部分

与前面建立均匀膜体系的过程类似，同时也要注意如果有孔洞水的话，孔洞水应该在体系内部，需要把孔洞外面的水去除。

 

6：将组装好的体系组装成PDB文件和PSF文件。