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1NN2中的糖侧链

将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑.

将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图：

其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。

NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基，这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.

 

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