Packagetaxaversion0.4.2Description获取每个分类单元或其他每个分类单元值的节点间索引。节间是一个恰好有一个上级分类群和一个下级分类群的分类群。这些分类群可以在不丢失剩余分类群之间关系信息的情况下被移除。Usageinternodes(x)Argument参数【x】：用来获取中间节点的对象，比如一个taxonomy对象。Examplex1:Carnivora├─2:F

Packagetaxaversion0.4.2Description将其他对象转换为taxon向量。taxon构造器可能将基础向量转换为taxon向量。Usageas_taxon(x,...)Arguments参数【x】：要转换为taxon向量的对象。参数【...】：其余参数。Examplesxa33554|CarnivoraBowdich1821|orderb9681|FelidaeFische

R-gstat进行IDW插值计算和使用ggplot2进行可视化绘制，主要涉及的知识点如下：R-gstat包IDW插值计算R-ggplot2IDW插值结果可视化绘制R-gstat包IDW插值计算得益于优秀且丰富的R语言第三方包

Packagetaxaversion0.4.2Description定义可以被taxon_db对象使用或使用taxon_db对象的有效分类数据库，例如taxon_id和taxon。使用db_ref$get查看数据库的详细信息。用户可以使用db_ref$set创建自定义的数据库，并添加到数据库列表中。每个数据库都必须包含下列信息：数据库对应的网站的URL一段简短的描述定义有效的类群ID的正则表达式数

其实如果仔细看可以发现该图的原点不在（0，0）处，但是所有的论文及参考书目中moran散点图的原点都是（0，0），事实上，这是因为原始数据未进行scale标准化的结果，即如果想得到原点在（0，0）处的图只需要在R语言

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制

mod=viewthread&tid=5162&extra=page%3D1https://blog.csdn.net/piaoyu94/article/details/76416355在R语言的道路上又学到了一个新知识

本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的这个问题是来源于公众号的一位读者的提问Snipaste_2021-01-14_10-32-30.png大家可以关注我的公众号小明的数据分析笔记本留言相关问题

Packagetaxaversion0.4.2Usageclassification(x=NULL,taxonomy=NULL,.names=NULL)Arguments参数【x】：以下之一：一个列表，每个元素表示一组嵌套的类群。列表内容允许是任何能够转换为taxon的格式。一个taxonomy对象中单个taxon对象的索引或名称，taxonomy对象由参数【taxonomy】指定。长度不限，但必

安装R和Rstudio1查看电脑用户名是中文还是英文，确定是英文2，下载R和Rstudio搜狗微信搜索：“果子学生信给自己一个全新的R语言环境”认识R和RstudioR是一种编程语言;RStudio是免费提供的开源集成开发环境

roots(x,subset=NULL)在taxonomy中查找根节点类群的索引值。>xroots(x)[1]1>roots(x,subset=2:8)[1]26stems(x,value=NULL,...)返回每个类群的茎节点的索引值。>xxstems(x)[[1]][1]12[[2]][1]67>stems(x,value=tax_name(x))[[1]][1]"Carnivora""Fel

Packagetaxaversion0.4.2taxa_taxon-classtaxa_taxonomy-classtaxa_taxon_authority-classtaxa_taxon_db-classtaxa_taxon_id-classtaxa_taxon_rank-classtaxon保存类群的基本信息，包括名称，等级和ID。taxon(name=character(0),rank=NA

Packagetaxaversion0.4.2tax_auth(x)在拥有对应信息的对象中设置和获取类群所有权信息。>xtax_auth(x)[1]Linnaeus1758Cohn1872NAJuss.1789>tax_auth(x)tax_auth(x)[1]x[1]9606|HomosapiensBilly|species1386|Bacilluscohn1872|genus[3]4890|A

Packagetaxaversion0.4.2n_subtaxa(x,subset=NULL,max_depth=NULL,include=FALSE)参数【x】：获取子类群的对象，比如taxonomy。参数【subset】：检索的树的子集。索引或名称。参数【max_depth】：挖掘的等级深度。比如，max_depth=1表示值返回直接子类群。默认返回所有子类群。参数【include】：为TRU

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的ExtendedDataF

RStudio是为R语言设计的一种跨平台集成开发环境。其特色包括可客制化的软件套件视觉化界面与同团队开发的一系列数据可视

今天在绘图时，打算绘制vennplot，我的第一反应就是使用软件来绘制，比如是TBtools工具，以及相关的网站。这些都是比较方便的，但是有弊端就是这些只能绘制小于等于6个类的vennplot。TBtools确实是比较好用的，我能使用它的基本不自己找代码，这个主要还是针对Vennplot和圈图等。做出来的图也是可以自动调整，类似的软件还是比较多的。02.png除此以外，就是使用在线网址，也是有很多

全称：Anaconda发音：安尼康达含义：蟒蛇Anaconda是一个开源Python和R语言的发行版本，用于计算科学（数据科学、机器学习、大数据处理和预测分析），Anaconda致力于简化

前言在R语言中使用rvest进行网络爬虫时，可以使用代理服务器来隐藏真实IP地址。有一些R包可以帮助爬虫中设置代理，其中一个常用的包是httr。

前情提要在做一些生物信息与医学统计的工作，本来偷懒希望只靠python完成的，结果还是需要用R语言，倒腾了一会儿，调成功了，就记录一下这个过程。

基于PS（倾向评分）的IPTW法首先由Ｒosenbaum作为一种以模型为基础的直接标准化法提出，属于边际结构模型。简单来说，就是把许多协变量和混杂因素打包成一个概率并进行加权，这样的话，我只用计算它的权重就可以了，方便了许多。那么，如何将多个协变量的影响用一个倾向评分值来表示呢?即如何估计倾向评分值呢?根据Rosen-baum和Rubin的定义:倾向评分值为在给定一组协变量(Xi)条件下，研究对象

1.R语言R语言是一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图和数据挖掘。2.R语言特点免费、开源，兼容性好（Windows、MacOS或Linux)。

1.变量命名规则：R语言中变量可以由字母，数字以及点号.或下划线_组成。以字母或点开头。不能以数字开头。一些特殊的符号不能在名称中出现，如%，$等。区分大小写，如name和Name是两个变量。

基于PS（倾向评分）的逆概率加权(IPTW)法首先由Ｒosenbaum作为一种以模型为基础的直接标准化法提出，属于边际结构模型。简单来说，就是把许多协变量和混杂因素打包成一个概率并进行加权，这样的话，我只用计算它的权重就可以了，方便了许多。那么，如何将多个协变量的影响用一个倾向评分值来表示呢?即如何估计倾向评分值呢?根据Rosen-baum和Rubin的定义:倾向评分值为在给定一组协变量(Xi)条

#我们以rms包的lung数据集为例library(rms)data<-lung#这里有两种方法，#第1是知道需要转化的变量在哪几列；#第2知道需要转化的变量名str(data)#假设我们想转化inst/status/sex/三个变量的类型#图1先看看变量类型和处于第几列str(data)#inst/status/sex为数值型，分别在第1列，第3列,第5列#法1：需要转化的变量在哪几列#转因子f

在数据分析过程中离不开表格，通常使用Excel来做数据分析，行和列用来存放不同的数据，表格能清晰直观的展示数据，而且可以将多张表组合联系起来，这种不约而同的规范也同样适用于R语言。

学习和使用R语言的十个理由R语言普癌新声(chenq.site)R语言是一种为统计计算和绘图而生的免费软件环境，几乎可以实现所有的统计分析过程，能做出非常漂亮的图，有一大群人在维护，还免费，没有理由不用

缺失值统计head(airquality)notna<-complete.cases(airquality)head(notna)nrow(airquality)nrow(airquality[which(notna==FALSE),])到这基本就完成了缺失值的查看以及缺失值的相关统计，如下图：缺失值统计缺失值来源length(which(is.na(airquality$Solar.R)==TR

废话ggplot2是R语言绘图神奇，在各种扩展包的加持下无往而不胜。然而使用ggplot2绘制boxplot的时候，生成的图片看着总有一丝丝的别扭。

我实在喜欢上R语言了，对比Python来说，这个挑战难度太大了！！

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p

R语言中包的相关操作以dplyr包为例。

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step1:安装库install.packages("UpSetR")step2:导入包library(UpSetR)step3：读取数据otu_RA0]0:这是一个逻辑条件，它生成一个与otu_RA相同大小的布尔型数据框或矩阵，其中元素为TRUE表示对应位置的元素大于0，而FALSE表示小于等于0。<-1:这是将选中的元素的值赋值为1。换句话说，所有在原始数据框或矩阵中大于0的元素都被设置为1。

Packagecliversion3.6.0Description这是base::strsplit()的彩色版本。它的工作方式与原版几乎一样，只不过保留了子字符串的色彩。Usageansi_strsplit(x,split,...)Argument参数【x】：字符向量，可能是ANSI样式的，或者是强制转换为字符的向量。参数【split】：长度为1的字符向量(或可以强制为1的对象)包含用于分割的正则

Packagecliversion3.6.0Description此函数类似于base::strtrim()，但可以正确处理ANSI样式的字符串。它还增加了……(如果允许Unicode字符，则为对应的Unicode字符)到截断字符串的末尾。Usageansi_strtrim(x,width=console_width(),ellipsis=symbol$ellipsis)Arguments参数【x

Packagecliversion3.6.0Usageansi_toupper(x)ansi_tolower(x)ansi_chartr(old,new,x)Arguments参数【x】：输入字符串。可能有ANSI的颜色和样式。参数【old】：指定要翻译的字符的字符串。如果提供长度为2或更多的字符向量，则使用第一个元素并发出警告。参数【new】：指定翻译的字符串。如果提供长度为2或更多的字符向量，

看书标记——R语言Chapter9文本挖掘——点评数据展示策略9.1项目背景、目标和方案9.1.1项目背景9.1.2项目目标9.1.3项目方案1.建立评论文本质量量化指标2.建立用户相似度模型3.对用户评论进行情感性分析

Packagecliversion3.6.0Description这是base::substr()的颜色感知副本。它的工作原理与原来的完全相同，但保留了子字符串中的颜色。在计算字符串中的位置时，忽略ANSI转义序列。Usageansi_substr(x,start,stop)Arguments参数【x】：字符向量，可能是ANSI样式的，或者是强制转换为字符的向量。参数【start】：起始索引或索引

WGCNA（weightedgeneco-expressionnetworkanalysis），直译过来是权重基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。小编最近在使用R的WGCNA包中的blockwiseModules函数进行模块分析的时候报错了。n

setwd('D:\\Rdata\\Books学R语言\\R语言数据分析美盖尔盖伊')library(hflights)write.csv(hflights,'hflights.csv',row.names

官网：Bibliometrix-Home支持数据库：webofscience;PubMed;Cochrane;Scopus等文件格式：Plaintext;BibTex;CSV;Rdata等WebofScience注意使用核心集合里面检索的结果，否则容易出错。#install.packages("bibliometrix")library(bibliometrix)#help(bibliometri

Packagecliversion3.6.0Description此主题始终处于活动状态，并且位于主题堆栈的底部。Usagebuiltin_theme(dark=getOption("cli.theme_dark","auto"))Argument参数【dark】：是否使用黑暗主题。cli.theme_dark选项可用于显式请求暗主题。如果没有设置，或者设置为“auto”，那么cli会尝试检测暗主

Packagecliversion3.6.0Description这些帮助程序为cat()提供了有用的包装：最重要的是，它们都设置了sep=""，并且cat_line()会自动添加一个换行符。Usagecat_line(...,col=NULL,background_col=NULL,file=stdout())cat_bullet(...,col=NULL,background_col=NULL

Packagecliversion3.6.0Description这个函数类似于base::trimws()，但它适用于ANSI字符串，并保留颜色和其他样式。Usageansi_trimws(x,which=c("both","left","right"))Arguments参数【x】：ANSI字符串向量。参数【which】：是否删除前导或尾随空格或两者都删除。Value去掉空白的ANSI字符串。

Packagecliversion3.6.0Description这个函数类似于base::strwrap()，但它适用于ANSI样式的字符串，并且保持样式不变。Usageansi_strwrap(x,width=console_width(),indent=0,exdent=0,simplify=TRUE)Arguments参数【x】：ANSI字符串。参数【width】：换行到的宽度。参数【in

——RuthBebermeyer语言是自我的最直接表达，言语的艺术之深无需再强调。

Packagecliversion3.6.0Description输入可以是cli_ansi_string类，这也从结果中删除。Usageansi_strip(string,sgr=TRUE,csi=TRUE,link=TRUE)Arguments参数【string】：输入字符串。参数【sgr】：是否移除SGR(样式化)控制序列。参数【csi】：非sgr控制序列是否移除。参数【link】：是否移除

R语言有许多非常优秀的调色板，本文就介绍一个非常流行的，我也经常在用的调色板R包：RColorBrewer。

Packagecliversion3.6.0Usageansi_nzchar(x,...)Arguments参数【x】：Charcater向量。其他对象使用base::as.character()进行转换。参数【...】：传入base::nzchar()。Examples>ansi_nzchar(col_red("dd"))[1]TRUE>ansi_nzchar("")[1]FALSE>ansi_