ChIP-seq

DESeq2差异分析

need:表达矩阵分组矩阵，值要是整数DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。
白云梦_7·2018-05-31 10:22

如何使用deeptools处理BAM数据

如何使用deeptools处理BAM数据总体介绍deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq,ChIP-seq,MNase-seq,ATAC-seq等高通量数据。
xuzhougeng·2018-01-18 18:17

测序与平台

学员分享-Chip-seq实战分析流程从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程浅谈Blast&Blat
王诗翔·2017-10-23 18:08

【生物信息笔记】HOMER 找 DNA motif

HOMERisasoftwareformotifdiscoveryandChIP-SeqanalysisHOMER软件是Linuxcommandlinebased，常用来查找DNAmotif，偶尔以及一些ChIP-seq
Runuply·2017-08-22 11:52

ChIP-seq Peak caller MACS index out of range问题解决

使用MACS1.4进行peakcalling的时候发现一个比较奇怪的问题：我的某些文件无法被MACS1.4进行peakcalling，出现如下的信息：Traceback(mostrecentcalllast): File"/usr/local/bin/macs14",line5,in pkg_resources.run_script('MACS==1.4.2','macs14') File"
Forever_YCC·2015-03-12 09:00
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