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ChIP-seq
ChIP-seq
分析全记录
一、背景知识
CHIP-seq
染色体免疫共沉淀技术。是研究==细胞内DNA与蛋白质互作==就是将chip实验得到的dna拿来测序，再进行下游分析。关键在于Chip实验。
Dawn_WangTP
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2020-06-27 23:12
Chip-seq
流程报告
一、摘要实验旨在了解
Chip-seq
的基本原理。
wangyunpeng_bio
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2020-06-25 04:51
分析流程
如何从NCBI下载SRA数据
中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《
Chip-seq
wangyunpeng_bio
·
2020-06-25 04:20
复现Cell附图 |类器官的单细胞分析
类器官的单细胞分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:25
听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:53
新冠患者样本单细胞测序文献汇总
科研工作者的信仰就是将真相大白于天下NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
·
2020-06-24 21:52
一个R包玩转单细胞免疫组库分析，还能与Seurat无缝对接
单细胞免疫组库数据分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
·
2020-06-24 21:52
Nature Metabolism I 衰老的单细胞组学研究进展及展望
单细胞组学和衰老研究的二三事NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
·
2020-06-24 21:21
Science | 单细胞分析人类胸腺发育的细胞图谱
关于人类胸腺细胞的发育及T细胞的发育成熟NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
·
2020-06-24 21:21
一文看懂PCA主成分分析
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
代码分析 | 单细胞转录组clustering详解
聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
生物信息
单细胞
代码分析 | 单细胞转录组质控详解
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
单细胞
生物信息
代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解
标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
生物信息
遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
·
2020-06-24 21:50
生物信息
ChIP-seq
基本分析流程
前年在中科院做培训时，整理了一套
ChIP-seq
分析流程，截选实战部分，略作修改，分享出来，希望大家指正。
生信宝典
·
2020-06-24 21:49
ChIP-seq
数据分析（一）：从raw reads到peaks
开篇致谢：下面内容的整个框架是跟着生信技能树发布在bilibili上的
ChIP-seq
视频学习的，链接：https://www.bilibili.com/video/av29255401，如果有基础的话
presentlife
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2020-06-24 07:44
ChIP-Seq
数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换
UCSCGenomeBrowserliftover是UCSC提供的一个用于不同基因组注释版本间基因组坐标转换的工具。UCSC提供了一个web版本；数据过多时用起来很不方便，也可以下载程序到本地进行批量操作。应用：已经发表的chipseqpeak结果可能基于不同基因组版本，这样就不好直接比较某些peak之间的关系了，重新分析一次数据需要时间成本；因此，使用liftover将peak位置信息转换到同一
_eason_
·
2020-06-24 00:28
【张勇】
ChIP-seq
讲习班
pan.baidu.com/s/1skJAaAx，密码：ga2l视频链接：https://mp.weixin.qq.com/s/JLPQbgQKUpa4ONNhzURQxwimage.png第一部分：
ChIP-seq
caokai001
·
2020-06-23 11:01
ChIP-seq
数据分析实战1
最近开始上手
ChIP-seq
数据分析，按照“刘小泽”的流程，目前已拿到比对后的bam文件并进行了比对信息的统计，豆豆的流程非常赞，运行下来木有问题！
chenxiaoxi
·
2020-06-22 19:30
第10篇：ATAC-Seq、
ChIP-Seq
、RNA-Seq整合分析
从RNA-Seq层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异，上调或下调；从
ChIP-Seq
层面，我们可以研究某个特定转录因子的调控作用；从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化，由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关
六六_ryx
·
2020-06-22 05:17
第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化
ChIPseekerChIPseeker虽然最初是为了
ChIP-seq
六六_ryx
·
2020-06-21 17:46
送书 | 哈佛大学单细胞课程：笔记汇总前篇
经典赏析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:20
复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）
https://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
生信宝典
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2020-06-21 04:49
代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解
两种整合方法详解NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
生物信息
单细胞
哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选！
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、
ChIP-seq
分析（
ChIP-seq
基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:48
ChIP-seq
之检峰
ChIP-seq
的核心是检峰（PeakCalling），当然现成的工具有很多，其中MACS比较常用，本文以MACSv2为例进行检峰的原理和使用。
浩渺予怀
·
2020-06-21 02:31
ChIP-Seq
分析之ChIPQC结果含义
刘小泽写于2020.6.20首先是
ChIP-Seq
分析的前言介绍部分：1：了解
ChIP-seq
的实验流程2：继续了解ChIP-Seq3：关于
ChIP-Seq
的实验对照与偏差来源4：
ChIP-Seq
的实验设计补充
刘小泽
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2020-06-20 20:01
Chip-Seq
分析过程 Multiqc 安装使用过程的问题
Anaconda下载multiqc软件后运行命令报错：multiqc*zip-o./multiqc/image.png报错原因：python版本问题Debug:condacreate--namepython3python=3.6#下载python3.6版本sourceactivatepython3#激活Anaconda的python3环境sourceactivatechipseqcondainst
Htt_1996
·
2020-04-25 20:50
生物信息系列：根据成对bed文件以及多个BigWig文件画出信号图
Materials：两个bed文件，多个ENCODE数据库下载的组蛋白
CHip-seq
数据的bigwig文件。
Minka__
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2020-04-16 22:03
Chip-seq
分析流程
以Targetingsuper-enhancer-associatedoncogenesinoesophagealsquamouscellcarcinoma为例，实现其
Chip-seq
分析。
yangmqglobe
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2020-04-10 18:44
Exome-seq、
ChIP-seq
、RNA-seq之间的差异
本文转自沈梦圆的博客全外显子测序是啥？转录组测序是啥？转录组测序又是啥？他们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来看看！1温基础测序深度：指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。覆盖度：指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序
井底蛙蛙呱呱呱
·
2020-04-10 06:52
「工具」使用BETA整合分析ATAC-seq/
ChIP-seq
和RNA-seq数据
BETA网址:http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html功能介绍数据准备：peakbedfile#chrstrend$headmep_ebDfpeak_deseq2_sig.bedchr81205080812052743chr96649299966494729chr4125632449125634758chr410182030101835
六六_ryx
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2020-04-06 16:06
ChIP-seq
分析------原理
一：背景介绍 之前一直在死磕
ChIP-seq
的实验，接下来要逐步过渡到
ChIP-seq
的上手分析了。在进行
ChIP-seq
在分析之前，明确一下几个问题：1.1：whatisChIP-seq?
liu_ll
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2020-04-04 05:41
每日文献：2018-01-06
ChIP-seq
文章8年前的
ChIP-seq
如何找peak老板前几天丢了2010年的文章给我，让我去看下这篇文章的
ChIP-seq
分析结果中，他要的基因是不是也被调控了。
徐洲更hoptop
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2020-04-02 11:43
ChIP随记
ChIP-seq
文献1.【2018NB】phantompeakqualtools1.MACS-g表示实际可比对的基因组大小。比如说人类是2.7e9，也就是2.7G，而实际人类基因组大概是3.2G左右。
caokai001
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2020-04-02 09:01
ATAC-seq 分析（上）
之前写过
ChIP-seq
的基础分析：
ChIP-seq
数据分析（一）：从rawreads到peaks，和此文有很多相似之处。
presentlife
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2020-03-25 02:23
找个motif嘛，简单
我在生信菜鸟团发布的自学
CHIP-seq
分析第八讲就提到过如何寻找motif，motif是比较有特征的短序列，会多次出现的，一般认为它的生物学意义重大，做完
CHIP-seq
分析之后，一般都会寻找motif
生信技能树
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2020-03-22 10:06
用BWA-MEM比对
ChIP-seq
数据到基因组
20200315诺禾致源给出的测序结果有两个，一个是测序结果原始文件.raw.fq.gz文件，一个是质控过滤rawreads得到的cleanreads的.clean.fq.gz文件。如果质疑公司的质控，可以自己尝试质控。下载安装bwa，注意配置.conda文件$condacreate-nbwapython=3.7$condaactivatebwa$condainstallbwa建立基因组索引→比对
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
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2020-03-18 09:51
2018-03-02
提到染色质生物学，我就会想到
Chip-Seq
。但我今天无意间google到一个剑桥大学2017年生信暑期学校的pdf，上面有一张图让我非常震惊，原来相关实验技术这么多！！
生信family
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2020-03-17 22:30
ChIP-Seq
数据挖掘系列-1: Motif 分析(1) - HOMER 安装
HOMERHOMER是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER中的工具是使用Perl和C++编写的，适用于unix操作系统。基于motif寻找的算法，HOMER适用于在大规模基因组数据中发现8-20bpmotifs。#1.使用基本要求Homer是一个计算密集型的工具，因此对计算机硬件有所要求。Unix-styleoperatingsystem(UNIX/LINUX/Mac/Cygwi
_eason_
·
2020-03-17 02:09
ChIP-Seq
数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤
HOMER主要被用于
ChIP-Seq
和promoter分析，但是核酸序列motif寻找问题都可以尝试使用HOMER。HOMER预测Motif需要的两个序列集感兴趣的目标序列。例如
_eason_
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2020-03-15 20:39
表观调控-果蝇探索PRC复合物之文章复现（一）
这篇文章据说是RNA-seq和
ChIP-seq
数据
小梦游仙境
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2020-03-07 12:58
TFTG:human转录因子靶基因数据库
研究转录因子调控的靶基因有两种常用的手段，第一种就是利用
chip-seq
等方式，研究特定转录因子在基因组的结合位置，从而判断其调控的基因，因为有实验证据的支持，所以这种方式得到的调控基因会更加可信，存在的问题就是
生信修炼手册
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2020-03-04 05:40
deeptools使用过程中出现问题集
1.想要画一个
chip-seq
的热图，首先要通过bamcompare获得针对IP和input样品的处理后的bigwig文件，通过运行命令bamcompare-b1IP.bam-b2input.bam-olog2ratio_IP1
不吃菜的花花
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2020-03-01 09:52
2019-12-26 复习表观调控相关内容（图1-3）
此次表观调控课程是整合RNA-seq数据和表观数据，比如
Chip-seq
和ATAC-seq，主要是依托于文章GlobalchangesofH3K27me3doma
程良平
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2020-02-26 23:49
去东方，最好用的在线GO富集分析工具
微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、
ChIP-seq
还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析
生信宝典
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2020-02-25 09:58
biostar handbook(八)|高通量数据分析初步：序列比对
高通量短读比对工具在过去的十几年里，随着高通量测序(HTS)成本降低，出现了各种测序概念,DNA-Seq,
ChIP-Seq
,RNA-Seq,BS-Seq覆盖了研究领域的方方面面。
徐洲更hoptop
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2020-02-17 12:40
Chip-seq
的22个疑问——【Jimmy】
1、所有的蛋白都能被修饰吗？都能被甲基化，乙基化，磷酸化等等？http://www.biotrainee.com/thread-450-1-1.html2、所有的蛋白都能找到抗体吗？http://www.biotrainee.com/thread-451-1-1.html抗体有效性如何评价？蛋白质有抗体，蛋白质被修饰后修饰位点又有特异性抗体？抗体获取实验环节耗时如何？3、蛋白质的修饰，主要就是甲基
超级无敌大蜗牛
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2020-02-15 23:53
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