ChIP-seq

ATAC-seq分析练习

ATAC-seq和CHIP-seq的分析非常相似，CHIP-seq检测的是抗体结合的DNA序列；而ATAC-seq检测的是“易接近”的DNA序列。ATAC-seq原理：ATAC-seq的原理及应用。
生信start_site·2020-02-13 15:12

ReMap:人类Chip-seq数据大全

欢迎关注”生信修炼手册”!ReMap收集来自GEO和Encode项目中人的chip_seq数据，对来自不同细胞系，不同类别转录因子的数据进行归类整理，网址如下http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php在该数据库中，提供了两种数据查看的方式，分别以转录因子和细胞类型为中心，以转录因子为中心的结果示意如下点击每个转录因子，可以查看以下信息1.基本信息包括转录因子的分
生信修炼手册·2020-02-13 07:43

2019-09-02R包第二天：差异分析包（二）DEseq2

本文转载自:presentlife的、括囊无誉的建议直接跳转：康君爱上了蕊酱的摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC
一只烟酒僧·2020-02-11 10:37

WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同

转自：https://www.plob.org/article/10918.html1基础概念平均测序深度：指定区域内得到的所有碱基数目与该区域的长度的比值，如果是全基因组，就是整个测序的碱基数目除以基因组的大小。比如人类的基因组大小是3G(30亿个碱基)，我的全基因组测序共8.9亿条150bp的reads，那么全基因组范围的平均测序深度就是8.9亿150/30亿~45X，这个概念很重要！*覆盖度
oddxix·2020-02-07 18:31

高通量测序数据处理学习记录（七）：使用ChIPQC包检查ChIP-seq的质量

参考文章六六这篇文章的作者看来是详细的观看了ChIPQCmanual并且参考了已有文档进行了学习和实践。Manual见Manual。讨论问：为什么有了参考文章还要发文呢？答：因为参考文章只是重现了作者的vignette而已，本人在实战过程中就遇到了无数的问题，花费了一天的时间才完成整个分析(包括重装了R+-+)，还在Biostar&Bioconductorforum上发了两篇post:Questi
面面的徐爷·2020-02-05 19:27

systemPipeR ：一个可以在 R 中做全套ChIP-seq 分析的包

原文英文链接：ChIP-SeqWorkflowTemplate作者：DanielaCassol([email protected])andThomasGirke([email protected])最近更新时间：2019.05.05R包systemPipeR1.19.0内容目录（我自己加在前面的）背景：什么是ChIP-seq1简单介绍2工作环境3Read预处理4比对5coverage数据的实用
二货潜·2020-02-05 17:58

Bowtie2 的安装

上个月通过了二综服务器的考试，前几天拿到服务器账号，开心的我这个小白呀，手抖的慌想要开始ChIP-seq分析的学习，打开服务器账号发现账号里啥也木有，还要自己设置环境吗？
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-02-05 10:41

MACS2文档学习

文档链接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分析中callpeaks的常用软件。
六六_ryx·2020-01-05 16:17

学员分享-Chip-seq 实战分析流程

Chip-seq实战分析流程本次实践是根据Jimmy和洲更两位大神的笔记，还有Y叔的Chipseeker包，第一次跑Chip-seq流程，主要关注了流程能否跑通，怎么解决自己实践中的Bug。
生信技能树·2020-01-01 07:10

几种标准化方法的学习笔记

不管在RNA-seq还是ChIP-seq分析中，都涉及到一个概念，就是标准化。作为一个刚入门的小白，总是听王院长和其他熟悉生信分析的同学们强调标准化的重要性。为什么说它重要呢？
生信start_site·2019-12-31 12:46

ChIP-seq基础入门

理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。
徐洲更hoptop·2019-12-28 00:24

ChIP-seq阴阳-正负对照

关于对照说到实验设计就不得不提到对照。从小老师教育我们，没有对照组的实验是不完整的，或者说就没有任何意义。所有的生化湿实验都很讲究完整的正对照和负对照。当然，下面的实验我都没做过。。。蛋白相关实验真真假假的事情太多。要把蛋白和已知相关的蛋白放在一起,和已知不相关的放在一起,检验实验手段是否能够区分这两种情况。所谓的正负对照，就是告诉别人我这个实验本身做的没问题。如果再往下做还要通过移除一个蛋白,来
生信技能树·2019-12-27 22:38

第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC

1.学习目标讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法用ChIPQC产生质量统计报告鉴定低质量数据的来源概览图AdditionalQualityMetricsforChIP-seqdataENCODE评估数据质量采用多种指标
六六_ryx·2019-12-27 00:27

NGSCheckMate: 验证相同和不同维度 NGS 数据的一致性

NGSCheckMate当一个NGS项目中对同一个样本进行了WGS和RNA-seq测序，或者对同一个肿瘤患者的肿瘤组织和癌旁组织同时进行WGS/WES/RNA-seq/Chip-seq测序，或者由于第一次测序数据量不够而进行加测得到了两批数据
wangpeng905·2019-12-26 17:56

ChIP-seq分析的数据标准

以下罗列了ChIP-seq数据分析中的ENCODE标准，针对不同的免疫共沉淀类型有不同的标准，以下从组蛋白和转录因子2个方向介绍：一、组蛋白生物学重复：至少2个抗体：满足ENCODEConsortium
浩渺予怀·2019-12-25 13:44

第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq简介ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是2013年由斯坦福大学WilliamJ.Greenleaf和HowardY.Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法，原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获
六六_ryx·2019-12-23 23:35

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据

ngs.plotngs.plot主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。#1.ngs.plot优点已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，涉及功能原件有：Gene，Exon，CGIs，Enhancers，DHS能够很好展示某类功能原件或者某部分区域的信号富集程度；运行速度快，内存消耗适中。#2.ngs.plot数据处理流程如下bam文件建立索引根据功能原件的基因组坐标索引bam文件计算
_eason_·2019-12-22 17:21

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 3

AlignandFilteringPart1.Align1.AlignmenttoGenomeAfterwehaveassessedthecleansequencedata,wearereadytoalignthereadstothereferencegenome.Bowtie2isafastandaccuratealignmenttoolsthatindexesthegenomewithanFM
horsefish·2019-12-20 10:11

BETA转录因子与表达关联分析

今天介绍和测试这款关联ChIP-seq、RNA-seq分析软件，BETA（BindingandExpressionTargetAnalysis)。
浩渺予怀·2019-12-15 07:18

表观遗传初识~ChIP-seq

刘小泽开始于19.2.4之前从未涉足这个领域，但确实是未来发展方向还是老规矩，流程学习很快，重点在于为什么做以及做完怎么解读先补充背景知识吧，春节快乐咯！背景知识NGS与转录转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和(哪些序列能够表达，何时何处表达，转录活跃程度)部分基因是能够转录=》染色质多为开放状态；其余基因抑制状态=》染色质状态较为紧密【基因开启、关闭：基因调控】基因表
刘小泽·2019-12-14 05:20

ChIP-seq详细分析流程

参考生信技能树1以及生信技能树2只记录从数据下载，到最终结果展示，具体生物学知识请自行查阅稍后关于ChIP-seq的背景知识我会再发布一篇文章。
Y大宽·2019-12-13 18:37

ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs

HOMER#findMotifsGenome.pl:在基因组区域中寻找富集MotifsHOMER最初设计的目的用于ChIP-Seqpeaks中寻找富集motifs。#命令findMotifsGenome.pl-size#[options]#1.设定寻找motif的区域大小(-size#or-sizegiven,default:200)如果想在提供的peak中寻找motifs，使用参数-sizegi
_eason_·2019-12-13 11:13

给学徒ChIP-seq数据处理流程

本次给学徒讲解的文章是:Brookes,E.etal.Polycombassociatesgenome-widewithaspecificRNApolymeraseIIvariant,andregulatesmetabolicgenesinESCs.CellStemCell10,157–170(2012).查看文章发现数据是：Polycombassociatesgenome-widewithasp
生信技能树·2019-12-13 11:13

老大哔哩哔哩-chip_seq视频

chip-seq参考的资料-三个链接总结目录一不小心就把ChIP-seq数据分析教程给写完了一个系列第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析（本系列完结，内附目录）给学徒ChIP-seq
小梦游仙境·2019-12-13 05:12

第3篇：用MACS2软件call peaks

学习目标：学会用MACS2callpeaks理解MACS2callpeaks的结果PeakCallingPeakcalling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域
六六_ryx·2019-12-12 05:14

ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）

在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。
生信start_site·2019-12-12 04:03

APLS：表观数据简化可视化工具（必备）

产生可用发表的可视化文件，主要针对全基因组表观基因组学数据，例如ChIP-seq，ATAC-seq等。
二货潜·2019-12-06 13:55

【干货盘点】ChIP-seq实验篇，你需要了解这几点

基于我们之前项目遇到的咨询问题，给大家总结分享ChIP-seq过程中几个关键问题点。实验
华联科生物·2019-12-01 23:31

如何通过CHIP-seq分析鉴别基因启动子和增强子

一、表观遗传学的组蛋白修饰染色体一个核小体由两个H2A，两个H2B，两个H3，两个H4组成的组蛋白八聚体和147bp缠绕在外面的DNA组成。组蛋白有很多修饰形式，包括组蛋白末端的乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化、ADP核糖基化等等，这些修饰都会影响基因的转录活性。而组蛋白H3是修饰最多的组蛋白。组蛋白甲基化和乙酰化主要发生在它们的N-末端尾部并且可以影响基因的转录。大量研究表明，组蛋白乙酰化主要与基
Ray钱·2019-11-30 18:28

deepTools 使用指南

deepToolsdeepTools是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq,RNA-seq或MNase-seq。
_eason_·2019-11-29 14:50

ChIP-Seq: DiffBind无control，无重复样本

DiffBind的使用有前辈已经写的很详细了，可以参考下：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247487545&idx=1&sn=6dea2112d5a1c14555a4263d5dcfe42c&chksm=9b485082ac3fd994df4665359d5e71feb39c4188e9aabebe3996ca0744
scdzzdw·2019-10-24 09:48

WES-全外显子分析需知

andDataManagementfortheBioinformaticsAnalysisofWholeExomeSequencing》imageSomethingshouldbetold二代测序应用包括，DNA-seq，RNA-seq、ChIP-seq
Juan_NF·2019-10-21 09:42

2019-10-13-周末班-表观调控技术day1-2

本次线下班涉及内容NGS组学RNA-seq学徒第2周，RNA-seq数据分析实战训练https://mubu.com/doc/38y7pmgzLgChIP-seq学徒第4周，ChIP-seq数据分析实战训练
程凉皮儿·2019-10-13 21:28

生信分析01 名词扫盲

.高通量测序：高通量测序技术的应用转录组测序（RNA-Seq）：研究细胞表现和功能；甲基化测序：表观遗传学标记信息；外显子组测序（Exome-Seq）：研究定向富集的DNA；染色质免疫沉淀-深度测序（ChIP-seq
风远陌·2019-09-29 11:28

植物chip-seq数据的可视化（Y叔的神器chip-seeker包）

近期接手一个chip-seq项目，在call出来peak之后，发现在可视化这一块对植物并不友好。对于动物来说，整套流程都是极其详细的，但是相对于植物，流程的各个部分都是零零散散的。
红烧肥肠·2019-08-23 11:21

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据

ngs.plotngs.plot主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。#1.ngs.plot优点已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，涉及功能原件有：Gene，Exon，CGIs，Enhancers，DHS能够很好展示某类功能原件或者某部分区域的信号富集程度；运行速度快，内存消耗适中。#2.ngs.plot数据处理流程如下bam文件建立索引根据功能原件的基因组坐标索引bam文件计算
JeremyL·2019-05-24 13:20

Chip-seq 数据分析流程

从GEO下载数据下载地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121424以第一个样本GSM3436194为例，点进链接后最下面有SRA链接（第二张图ARX4901015），再点进链接，看到SRR8073138编号。下载之前我们先写个文件记录要下载的文件与编号的对应关系，后面用的到。文件格式如下(base)[longfei@lo
上校的猫·2019-05-04 16:19

deepTools 使用指南

deepToolsdeepTools是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq,RNA-seq或MNase-seq。
JeremyL·2019-04-24 22:17

BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件

在画chip-seq里最基础的两张图的时候，出现了报错，报错信息各种看不懂呀，去网上各种搜也没有解决。
黄晶_id·2019-04-07 18:42

Chip-seq原理篇

CHIP-seq染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究
soleil要好好学习呀·2019-03-25 18:19

我的ChIP-Seq(5): peaks注释

注释一般有以下几种方法，但是一般经验有：1.比对时下载UCSC格式的参考基因组，后续操作障碍少2.数据准备要严格按照软件的说明，若遇到格式正确就是读不进的情况，试试dos2unixfile1.ChIPseek在线工具特点：在线，使用简单，运算速度非常快，实质是后台调用了HOMER和bedtoolsTSS区域不能自己定义，观察了一下软件的定义应该是+-1000bpTSS。input：只需准备UCSC
NICE_AGIS·2019-03-20 17:59

我的ChIP-Seq(4):MAnorm差异分析

简单地说，这是一款寻找两个ChIP-Seq样本之间差异peak的软件。
NICE_AGIS·2019-03-20 11:32

Chip-Seq

染色质免疫沉淀-测序（英语：ChIP-sequencing，简称为ChIP-seq）被用于分析蛋白质与DNA的交互作用。
yuzaifei11·2019-03-19 13:42

我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 过滤软件选择

过滤软件的比较与选择：cutadapt/fastp/trimmomatic注：还没有完全搞明白，先总结一下特点和使用，之后再慢慢体会、总结经验本次只针对双端PE算法都没好好读，因为看不懂==首先，我们对数据进行过滤，是为了：去掉接头去掉低质量reads去掉污染序列在尽量去掉上述序列的同时，保留尽可能多的有用数据，减少损失CutAdapt，2010基于Python，作者是个德国人，长得还挺帅气(✧◡
NICE_AGIS·2019-03-14 17:03

我的ChIP-Seq(1): FastQC报告解读

新手，刚做完一个ChIP-Seq项目的分析，来记录一下，会分好几篇。首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告，根据报告可以看出自己数据的特点，便于之后clean的参数设置。
NICE_AGIS·2019-03-11 20:34

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 2

QualityControlofSequenceReadsUnderstandingtheIlluminasequencingtechnologyUnmappedreaddata(FASTQ)FastqformatevolvedfromFastainthatitcontainssequencedataandqualityinformation.Therearetwomainkindsofquali
horsefish·2018-12-20 20:31

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 1

IntroductiontoChIP-SeqdefinitionChIP-Seq,aimingtoidentifygenome-widetranscriptionfactorbindingsitesandhistone-modificatinenrichedregions,comprisestwoparts:ChIPexperimentsandsequencing.MainstepsofChIPc
horsefish·2018-12-20 15:55

Bioconductor:DESeq2

摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）产生的数据类似。
康君爱上了蕊酱·2018-10-12 14:38

MACS2 Call Peak 参数详细学习

macs可以直接应用于ChIP-Seq数据，也可以将ChIP-Seq数据与control结合起来提高特异性。
_eason_·2018-09-06 23:19

chip-seq实验方法及数据分析

chip-seq是用来分析蛋白和DNA互作的方法。chip-seq结合染色质免疫共沉淀和高通量测序技术来找到DNA和蛋白的结合位点。它可用于精确定位任何感兴趣的蛋白质在全基因组上的结合位点。
灵动的小猪·2018-08-09 17:51
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