GeneMark

使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）

真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的
xuzhougeng·2024-02-01 17:40

braker2注释流程

一：软件安装由于BRAKER2:依赖AUGUSTUS3.3,GeneMark-EX4.33,BAMTOOLS2.5.1,NCBIBLAST+2.2.31+(可选SAMTOOLS1.74+,GenomeThreader1.70
多啦A梦的时光机_648d·2024-01-17 21:42

MetaGeneMark使用报错：GeneMark.hmm 400-day license.

软件下载MetaGeneMark&gm_key_64下载链接：http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi运行脚本gmhmmp-a-d-fG-m
轻枫柳曳1208·2023-09-22 22:16

基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline

我使用的maker版本为3.01.04第一轮：将已知基因比对到基因组包括两个部分：屏蔽重复序列将已知的转录组/蛋白序列与基因组进行比对1.（可选）构建自定义重复序列数据库安装RepeatModelerRepeatModelerDownloadPage(repeatmasker.org)RepeatModeler的安装（包含RepeatMasker安装）_nnnnnnny-的博客-CSDN博客_re
橙子_orange·2023-03-19 00:23

基因注释：MAKER全记录（参照徐洲更老师）

MAKER目前支持SNAP(效果好、易于训练，但在长内含子的基因组上表现不如其他软件）Augustus(效果好、训练麻烦但提升效果好)GeneMark(自我训练，在碎片化基因组或长内含子上表现不佳）FGENESH
橙子_orange·2022-01-19 10:44

2020.12.19丨根据差异基因ID匹配注释文本脚本

物种是一种酵母菌，参考基因组是组装的，并没有像样的gtf文件，使用genemark-ES生成注释文件后，需要对差异基因进行注释。本来之前有一个脚本能够很流畅地处理这个步骤。
穆易青·2020-12-19 15:31

使用BRAKER2进行基因组注释

使用BRAKER2进行基因组注释BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。在使用软件之前，有几点需要注意下尽量提供高质量的基因组。
xuzhougeng·2020-10-11 22:51

生信 | GeneMark

（参考）基因预测原理：宏基因组分析——基因预测篇宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于已知的基因信息，且不能注释出在数据库中缺少功能相似性序列的基因和新基因，计算资源消耗过大，时间花费过长。而从头预测是根据给定的序列特征来预测，主要依赖于在编码区和非编码区拥有不同特征的信息，并在统计学上进行描述，构建概率模型，用
rojyang·2020-07-10 01:27

使用BRAKER2进行基因组注释(v 2.1.5版)

BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。在使用软件之前，有几点需要注意下尽量提供高质量的基因组。目前随着三代测序价格下降，这一点问题不大。
徐洲更hoptop·2020-07-08 09:35

使用BRAKER2进行基因组注释(v 2.1.5版)

BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。在使用软件之前，有几点需要注意下尽量提供高质量的基因组。目前随着三代测序价格下降，这一点问题不大。
xuzhougeng·2020-06-28 19:59

软件密钥过期怎么办-看这里——宏基因组基因预测软件MetaGeneMark

MeteGeneMark软件的gm_key经常过一段时间就会失效，因此为了以后重新下载秘钥方便，将其过程记录下来，防止各位看众的不知所措软件下载网址（为软件的下载界面）：http://topaz.gatech.edu/GeneMark
Dayueban·2020-03-27 09:07

metagenemark

贴一个下载网址，解压缩后可以直接运行http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi基于单个样本的基因预测gmhmmp-a-d-fG-mMetaGeneMark_v1
赵会成·2019-05-19 18:04
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