Kobas

sqlite3: 用脚本批量导出sqlite数据库中的表格数据

应用场景：kobas3.0的注释库中，有很多关系对应表。如果你单独把它提取出来，用来做自己的注释也是不错的。假设你需要nta.db中的表格信息如何做？第一步：查看这个文件中有哪些表格。
守望一株麦穗·2024-01-20 04:11

【免费工具】3分钟搞定GO/KEGG富集分析

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS3.0。
南博屹生物医学·2023-04-20 06:42

geo数据差异分析_使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

前言本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在NatureCommunications上发表的文章Regulationofautophagyandtheubiquitin-proteasomesystembytheFoxOtranscriptionalnetworkduringmuscleatrophy.[pubmed:25858807]作者通过将FoxO1-3-4-floxed
一簇金银花·2022-12-04 16:48

非模式物种的一种简单版的go，kegg富集

首先推荐Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/上传你的蛋白序列genelist，背景基因选相似物种就可以做kegg，kegg的结果画图参考https
夹竹桃的下午·2022-03-17 12:41

GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS。
南博屹生物医学·2022-02-10 20:00

生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID

最近在做KEGG富集时遇到一个问题：phytozome上的数据采用的注释为Locustag，但是kobas3.0并不支持这一类型，如此需要进行转换。
xizzy·2021-10-27 20:50

kobas 3.0 做基因功能富集

http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3KOBAS是一种广泛使用的基因富集（GSE）分析工具。它的版本1.0和2.0分别于2005年和2011年发。
生信编程日常·2021-06-07 05:51

Rpy2安装的坑 KOBAS两周安装历程

编译R./configure--enable-R-shlib=yes--with-tcltk--prefix=/opt/soft/R-3.3.1/--with-readline=yeswith-readline千万不要选no，影响RPY2默认为yes否则报错undefinedsymbol:rl_basic_word_break_characters当然首先要安装yuminstallreadline
Lucas9·2020-07-14 17:12

R包clusterProfiler比较不同dataset富集结果

生物信息分析中，接触最多的莫过于基因富集分析，故在此基础上目前已经开发了很多种富集分析工具，如网页版的DAVID、KOBAS、GOEAST，WebGestalt，基迪奥平台等，本地版工具如TBtools
Mr_我爱读文献·2020-07-13 12:11

零代码功能富集分析（DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程）

DAVID数据库简介DAVID（theDatabaseforAnnotation，VisualizationandIntegratedDiscovery）的网址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释
柳叶刀与小鼠标·2019-12-14 13:05
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