TCGA数据库学习

2011寒假-数据库学习笔记

第一课:数据库类型1.1平面文件适用于:1，数值小且简单2，数值不经常变化3，希望能够使用简单的文本编辑器来更改数值4，希望保存以前数值的简单历史清单,5，希望使用工具快速比较两个文件例如:INI文件(initialization)1.2关系数据库适用于:l需要在不同的表之间执行复杂的查询和连接.l需要执行数据有效性验证,如在其他表中检验相关行的存在.l需要为特定的数据有效性验证,如在其他表中检验

weixin_33967071·2025-01-17 21:14

数据库学习01——mysql怎么创建数据库和表

第一步：创建数据库使用createdatabase语句，后跟要创建的数据库名称：CREATEDATABASEdbname;例如，要创建名为my_db的数据库，请输入：CREATEDATABASEmy_db;使用showdatabases;语句检查数据库是否已创建：第二步：创建表使用createtable语句，后跟要创建的表名和列定义：CREATETABLEtablename{columnname1

GoppViper·2024-09-13 23:23

纯生信很难发表？只是你没有及时抓住研究热点

当你还做meta分析的时候，你会发现meta分析很难发或者单位已经不承认了，而聪明的人已经开始做常规的生信GEO、TCGA数据挖掘这些（这个时候生信比较好发）。

SCI狂人团队·2024-09-13 20:01

在TCGA上下载数据并且进行处理

浏览器搜索TCGAGDC进入网站在TCGA数据库主页选择“Repository”模式根据所需要的选项在侧边栏选择数据清空购物车！！

Red Red·2024-09-11 09:00

MySQL数据库学习笔记，知识点和案例整理，期末三天复习完【简单且详细】

MySQL数据库近三万字学习笔记，超级详细！文章目录MySQL数据库近三万字学习笔记，超级详细！前言一、day1二、day2三、day3前言MySQL数据库知识点和案例总结，非常详细，将近三万字!分成了三天去消化吸收！一、day1MySQL1、sql、DB、DBMS分别是什么，他们之间的关系？DB:DataBase（数据库，数据库实际上在硬盘上以文件的形式存在）DBMS:DataBaseManag

编程ID·2024-09-07 03:12

从理论到实战的全面解析与技巧汇总

本文旨在分享我在数据库学习过程中的点点滴滴，包括基础知识的梳理、实战技巧的应用，以及那些让我豁然开朗的“啊哈”瞬间。希望通过我的笔触，能为你揭开数据库神秘而迷人的面纱。

H03004·2024-09-05 03:26

[源码和文档分享]基于JAVA和SQL SERVER数据库实现的酒店管理系统

1设计目标就数据库学习应用于生活，以简单数据库应用为例，本小组以制作“酒店管理系统”为目标。

ggdd5151·2024-09-03 06:28

【TCGA】批量下载WSIs(GDC Transfer Tool-UI)

从TCGA中批量下载WSIs1.下载TCGA原生工具TCGA官网链接：https://portal.gdc.cancer.gov/由于目前TCGA改版了，如果不太适应新版本界面的，可以点击红色部分，回到第一版

LansinBlog·2024-08-30 07:08

mysql数据库学习-mysql内存IO性能优化

Mysql内存性能优化1CPU模式优化1.7、安装jemalloc,避免原生内存分配器带来的内存碎片问题.cp$basedir/lib/mysql/libjemalloc.so.1/usr/lib64/libjemalloc.so数据库配置文件添加如下[mysqld_safe]malloc-lib=/usr/lib64/libjemalloc.so1.8、修改cpu模式cat/sys/device

执笔画情ora·2024-08-28 18:56

【数据库】数据库学习（MySQL,Oracle,PostgreSql）

数据库语句学习摘要：文章主要内容是数据库语句的基本操作，以及一些基本的数据库标准库函数重点：SQL语句对大小写不敏感数据库操作语句SELECT-从数据库表中获取数据UPDATE-更新数据库表中的数据DELETE-从数据库表中删除数据INSERTINTO-向数据库表中插入数据字句与附加内容SELECTlist1,list2FROMtable;//输出某几个表SELECT*FROMtable;//输出

诩_·2024-08-22 15:27

java/数据库学习的心得

这是学习java/数据库一年后写下的心得，也一并谈谈他们对我学习前端有哪些影响java其实是一门很容易入门的语言，有点计算机基础的都能很好的上手，虽然已经一年多没写java了，回头再写肯定会生疏。但是让我去看代码逻辑（加了注释）啥的，还是能看懂的。java是一门面向对象的语言，这也是它的核心思想，我们在写java时不必关心内部怎么实现，只需要知道这个对象有哪些方法这些方法都能干什么，通过调用对象的

dst_·2024-02-20 21:41

【R语言】批量读取某路径下文件内容

使用for循环把下载地TCGA数据读入R语言并转换成数据框使用三个for循环来完成，这是第一个for循环。

巩翔宇Ibrahimovic·2024-02-20 12:39

【教程】MySQL数据库学习笔记（三）——数据定义语言DDL（持续更新）

【MySQL数据库学习】系列文章第一章《认识与环境搭建》第二章《数据类型》第三章《数据定义语言DDL》文章目录【MySQL数据库学习】系列文章一、DDL介绍二、DDL数据库操作（一）查看数据库（二）创建数据库

EliasChang·2024-02-20 02:04

宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定

最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!require(GDCRNATools))BiocManager::install("GDCRNATools")library(GDCRNATools)这里使用的是作者给的示例数据，RNA-seq是1000行，miRNAseq是2588个。#m

小洁忘了怎么分身·2024-02-15 09:09

【教程】MySQL数据库学习笔记（二）——数据类型（持续更新）

【MySQL数据库学习】系列文章第一章《认识与环境搭建》第二章《数据类型》文章目录【MySQL数据库学习】系列文章一、整数类型二、浮点数类型三、字符串类型四、日期和时间类型五、布尔与二进制类型在SQL语言中

EliasChang·2024-02-14 08:42

【教程】MySQL数据库学习笔记（一）——认识与环境搭建（持续更新）

【MySQL数据库学习】系列文章第一章《认识与环境搭建》第二章《数据类型》文章目录【MySQL数据库学习】系列文章一、认识SQL（一）SQL语言概述（二）SQL语法特点（三）数据库系统介绍二、MySQL

EliasChang·2024-02-14 08:11

mysql基础从头到尾快速梳理

MYSQL数据库学习mysql的启动netstartmysqlnetstopmysqlMYSQL客户端的连接mysql-h127.0.0.1-p3306-uroot-pSQLSQL通用语法SQL语句可以单行或者多行书写

入梦皆星河·2024-02-13 07:08

一个实用的利用TCGA数据的网页工具

里面的数据集不仅仅包括tcga，还有其他许多的数据集。不懂的话可以看视频教学https://www.bilibili.com/v

刘大帅1·2024-02-13 04:41

【数据库学习】pg安装与运维

1，安装与配置#安装yuminstallhttps:....rpm1）安装目录bin目录：二进制可执行文件目录，此目录下有postgres、psql等可执行程序；pg_ctl工具在此目录，可以通过pg_ctl--help查看具体使用。conf目录：emptyinclude：头文件目录lib：动态库目录，如libpq.soshare：存放文档和配置模板文件，一些扩展包的sql文件在子目录extens

兔兔西·2024-02-12 12:06

【数据库学习】PostgreSQL优化

1，数据库减负思路缓存+页面静态化实时性不高的数据；数据库优化=sql优化+表结构优化+数据库分区分表合并数据库操作，将多次操作合并成一条sql执行。热点数据分离主表只保存活跃数据。数据库读写分离2，执行计划1）场景explain只能分析：SELECT、INSERT、DELETE、UPDATE和DECLARE…CURSOR命令。2）使用ANALYZE缺省表示只计划；加上表示查看实际执行成本。#查看

兔兔西·2024-02-12 12:36

【数据库学习】Flyway

1，功能数据库版本管理；实现管理并跟踪数据库变更，支持数据库版本自动升级。2，使用1）java使用添加依赖org.flywaydbflyway-core6.5.7配置：javaspring:flyway:#是否启用enabled:true#可以支持多个location,用','隔开locations:classpath:db/migration#是否创建元数据表validate-on-migrat

兔兔西·2024-02-12 12:36

MySQL数据库学习（进阶篇）

原文链接：MySQL学习（进阶篇）1.存储引擎1.1MySQL体系结构连接层最上层是一些客户端和链接服务，主要完成一些类似于连接处理、授权认证、及相关的安全方案。服务器也会为安全接入的每个客户端验证它所具有的操作权限。服务层第二层家口主要完成大多数的核心服务功能，如SQL接口，并完成缓存的查询，SQL的分析和优化，部分内置函数的执行。所有跨存储引擎的功能也在这一层实现，如过程、函数等。引擎层存储引

麻衣带我去上学·2024-02-11 20:34

TCGA+biomarker——C-index

通常情况下，通过以下几种指标来对模型进行评价。1）区分度：采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度，一般文章都是二选一。C-index即一致性指数（indexofconcordance），通过评估模型预测结果与实际观察结果的符合程度，以评价模型的预测准确性。ROC曲线，展示特异性和敏感性，ROC曲线下的面积被称为AUC，它介于0.5和1之间，作为数值可以直观的评价分类器的好坏，值越大越好。2

Clariom·2024-02-10 20:14

TCGA新版数据库表达矩阵提取

本文首发于公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后，直接是一个SummarizedExperiment对象，这个对象非常重要且好用。因为里面直接包含了表达矩阵、样本信息、基因信息，可以非常方便的通过内置函数直

医学和生信笔记·2024-02-10 00:22

TCGA数据下载系列之二：RTCGA

library(RTCGA)library(RTCGA.clinical)library(RTCGA.rnaseq)library(RTCGA.mRNA)library(RTCGA.mutations)all_TCGA_cancers

白云梦_7·2024-02-08 22:03

arcgis地理空间数据库学习记录02-地理数据库迁移

二、地理数据库迁移2.1数据量不是很多的情况下直接通过ArcMap导出到本地，之后再导入到新库2.2数据量较多的情况下对于Oracle数据库，可以使用oracle的数据泵工具进行地理数据库的迁移。以oracle11g迁移至12c为例1.sde用户登录，执行语句①sqlplussde/[email protected]/orcl②createorreplacedirectorysde_dumpas‘

炒菜不加盐·2024-02-08 13:40

arcgis地理空间数据库学习记录01-复制地理数据库

最近梳理了一下arcgis的地理数据库，个人一直觉得arcgis的地理空间数据库是一个非常厉害的技术，但是除非大一些的企事业单位，用的人不多，一方面是数据量可能不是很多，另一方面是熟悉的人很少，需要相应的技术人员进行维护。准备花几篇博客记录一下。一、复制地理数据库目前一共提供了四种复制地理数据库的方式，分别是使用“复制”工具、使用地理数据库XML工作空间复制、使用“提取数据向导”和“导出”工具1.

炒菜不加盐·2024-02-08 13:09

数据库学习笔记

数据库学习笔记数据库系统概述基本概念关系型数据库和非关系型数据库redis数据库引擎MyISAM与InnoDB的区别OLTP联机事务处理onlinetransactionprocessingOLAP联机分析处理数据仓库

三流淼货·2024-02-08 08:10

基因名称的转换

从TCGA获得的数据名称为ensembleID,这对于后续分析是不方便的，我们需要把ensembleID转换成genesymbol和geneID。可以使用以下几种方法进行转换。

生信小鹏·2024-02-07 17:45

数据库学习案例20240206-ORACLE NEW RAC agent and resource关系汇总。

1集群架构图整体集群架构图如下：1数据库启动顺序OHASD层面操作系统进程init.ohasdrun启动ohasd.bininit.ohasdrun集群自动启动是否被禁用crsctlenablehas/crsGIHOME所在文件系统是否被正常挂载。管道文件npohasd是否能够被访问，cd/var/tmp/.oracle/(管道文件目录)手动执行run脚本nohup/etc/init.d/init

执笔画情ora·2024-02-07 06:46

数据库学习（二）—— Navicat使用&数据库数据类型

目录一、navicat连接服务端总体步骤1.1客户端与服务端连接1.1.1连接1.2数据库操作1.3数据表操作1.4数据操作-增删改查二、数据类型与约束2.1概念2.2常用数据类型2.2.1整型2.2.2小数2.2.3字符串2.2.4日期时间2.2.5其他类型2.2.6小技巧：2.3约束2.3.1主键2.3.2非空2.3.3惟一2.3.4默认值2.3.5外键三、数据库的备份与约束3.1备份3.2恢

噗噗bug·2024-02-06 16:59

数据库学习（三）—— SQL数据操作（增删改查）

目录前言SQL语言SQL语言编写和运行一、数据表操作1.1创建表1.2删除表1️⃣方法一：droptablestudents2️⃣方法二：droptableifexistsstudents方法二的使用：二、数据操作--增删改查2.1简单查询（后面会详细介绍，此处略写）2.2添加数据2.2.1添加一行数据格式一;所有字段设置值,值的顺序与表中字段的顺序对应格式二:部分字段设置值。值的顺序与给出的字段

噗噗bug·2024-02-06 16:28

数据库学习笔记2024/2/5

2.SQL全称StructuredQueryLanguage，结构化查询语言。操作关系型数据库的编程语言，定义了一套操作关系型数据库统一标准2.1SQL通用语法在学习具体的SQL语句之前，先来了解一下SQL语言的通用语法。1).SQL语句可以单行或多行书写，以分号结尾。2).SQL语句可以使用空格/缩进来增强语句的可读性。3).MySQL数据库的SQL语句不区分大小写，关键字建议使用大写。4).注

Angus1648·2024-02-06 04:06

小白篇(四)：Mysql数据库学习-Sql语句之DML语法

获取原文简短介绍大家好，明天就是中秋和国庆节了。先祝大家双节快乐。前一篇文章给分享了下什么是DDL，给大家复习下。DDL就是对数据库或表结构的操作，如：创建、修改、删除结构。好学者都懂得温故而知新，保持良好的习惯，可以快速的提升自己。01-什么是DMLDML是DataManipulationLanguage的缩写。是指对数据进行操作的语言。我们通常操作数据使用的指令集合就叫DML语法。一般包含：s

belialxing·2024-02-05 22:14

突然发现基本都是临床医生、医学生在搞纯生信数据挖掘

上搜索meta分析这个关键词会发现大部分相关的文章都是来自国内***医院或者***医科大学；而在2016年之后，来自国内***医院或者***医科大学的meta分析类文章数量明显下降，而在PubMed上输入TCGA

SCI狂人团队·2024-02-05 19:49

数据库学习笔记2024/2/4

随笔1.为什么学?认识数据,熟悉数据,掌握数据。进企业必备技能。2.怎么学?1、MySQL数据库就是存储和管理数据的一个大型软件,这个软件有一个专门的语言叫SQL,主要学的是SQL语言,但想要达到企业用人标准,就还得学会熟练使用MySQL这个软件。2、学习分三阶段:一.基础篇1.MySQL概述1.1数据库相关概念数据库管理系统->MySQL数据库我们通过->SQL->操作数据库管理系统->通过数据

Angus1648·2024-02-05 05:26

TCGA简写对照表

刚接触TCGA时，一看到肿瘤简写名称，总是头大，于是将对照表记录下来，以便随时查阅。

中医封大夫·2024-02-05 02:30

2020-02-25 Day30 利用生物信息学分析鉴定乳腺癌的潜在关键基因和关键通路

方法：使用来自基因表达综合（GEO）和癌症基因组图谱（TCGA）的四个数据集（GSE21422，GSE29431，GSE42568和GSE61304）进行生物信

卅衣·2024-02-01 15:13

别人能发的纯生信，你不一定可以发

很多人都是喜欢模仿别人的纯生信文章，例如看到这样的一篇纯生信文章：TheCancerGenomeAtlas(TCGA)basedm6Amethylation-relatedgenespredictprognosisinhepatocellularcarcinoma

SCI狂人团队·2024-02-01 03:45

TCGA-302-下载数据实战

官网数据存放中心：https://portal.gdc.cancer.gov/image-20190619115407536image-20190619115504685先下载caseimage-20190619115611503image-20190619120123661接下来下载file，现在感兴趣的是miRNAseq的表达量image-20190619120258569image-2019

小梦游仙境·2024-01-31 20:25

TCGA的ID转换可以一步到位了

0.背景知识TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵，行名都是ensambleid，因为TCGA数据的参考基因组版本是genecodeV22，xena重新分析的TCGA+GTEx数据参考基因组版本则是genecodeV23

小洁忘了怎么分身·2024-01-30 22:58

时序数据库TDengine 2.0 和 TDengine 3.0的对比使用

在数据库学习使用过程中，开发者都知道传统的数据处理方式是先收集数据，再去存储数据到数据库里，这种方式是之前很长一段时期内都不过时的操作方式。

咸蛋Superman·2024-01-30 18:41

继续学习TCGA-使用R包TCGA-biolinks下载数据

参考学习资料：还是小洁老师的TCGA-3.R包TCGA-biolinks下载数据下载安装包>BiocManager::install("TCGAbiolinks")Bioconductorversion3.10

程凉皮儿·2024-01-30 06:27

五、生存分析前的数据整理

生存分析只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；GTEX可得到正常样本做补充（xena将GTEX和TCGA数据对应起来了）clinical信息需要进一步整理

白米饭睡不醒·2024-01-29 06:35

2022新版TCGA批量下载表达矩阵及临床信息

#BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")#BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")gdcdata=function(i){library(TCGAbiolinks)projects%as.data.frame()%>%select(proje

科研小徐·2024-01-28 19:35

Oracle数据库（完整版）

Oracle数据库文章目录Oracle数据库学习目标1OracleXE安装2安装客户端3数据库入门DBMSSQL语言SQL的分类4数据库--表表（Table）表结构5SELECT（表查询）1简单查询2部分列

Abysstale·2024-01-27 10:22

数据库学习命令总结（持续更新）

单行注释：以#或--进行单行注释多行注释：使/*注释内容*/进行多行注释使用--时须在最后一个-后添加至少一个控制字符（如空格、制表符、换行符等）防止注释--与减法运算的混淆1、DDL数据定义语言1.1数据库操作1、创建数据库CREATEDATABASE【IFNOTEXISTS】数据库名称【库选项】；2、查看MYSQL服务器下所有数据库SHOWDATABASES；3、查看指定数据库的创建信息SHO

魏大橙·2024-01-26 01:34

数据库学习笔记——22 管理事务处理

1事务处理并非所有引擎都支持事务处理MyISAM和InnoDB是两种最常使用的引擎。前者不支持明确的事务处理管理，而后者支持。事务处理（transactionprocessing）可以用来维护数据库的完整性，它保证成批的SQL操作要么完全执行，要么完全不执行。订单存储在orders和orderitems两个表中：orders存储实际的订单，而orderitems存储订购的各项物品。这两个表使用称为

Love零O·2024-01-24 00:58

Mysql 数据库学习记录之空值查询

关键字：NULL本文是关于mysql的空值查询，即某一列为空值，即值为NULL。语法：SELECT*FROM数据库表名WHERECOLIS[NOT]NULL。举例：列值为NULL列值非NULL备注：空值不等于0，也不等于空字符

qq_39149099·2024-01-23 23:23

TCGA合并GETx数据进行免疫lncRNA提取，代码提问

问题如下：下载TCGA肿瘤样本，但该数据中无正常组织，合并GETx数据进行免疫lncRNA提取，代码部分如下：rm(list=ls())library(limma)corFilter=0.4pvalueFilter

叶间露·2024-01-23 06:11

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