《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam进行SAM/BAM文件处理(1)
Pysam作为一个python模块可以读取与处理SAM/BAM文件,并提供了方便的对象与丰富的操作接口,让我们了解一下。首先,可以通过以下方式安装(官方文档):$pipinstallpysam阅读官方文档并快速定位需要的内容是编写代码必备的技能,这里简单地介绍一下如何使用该模块进行文件的读取与read的遍历。依然以NA12891_CEU_sample.bam文件为例,使用pysam包进行BAM文件