基于Hadoop的基因组测序大数据分析平台研究

声明：基于Hadoop的基因组测序大数据分析平台研究是本人2018年的本科毕业设计课题，根据网络资源和自己的专业知识，独立完成整个流程设计、平台搭建和单元测试等工作。本系列文章是对该项目的一个整理总结和分享记录。该目录提及的系列文章可供转载，并无需通知作者，但需要在明显地方标注文章出处

开发环境介绍：通过个人便携式笔记本ThinkPad开发，内存是8GB。

• 操作系统：Ubuntu16
• 开发平台：IDEA
• 开发时间：2018年2月~5月

项目源码GitHub托管：https://github.com/longshilin/wgs

【目录】

摘要

1 绪论

1.1 论文的研究背景及意义

1.2 国内外研究现状

1.3 论文的主要研究内容

1.4 章节安排

2 相关技术及原理

2.1 Hadoop相关技术和原理

2.2 全基因组测序相关技术和处理流程

2.3 本章小结

3 基于Hadoop基因测序数据处理关键技术的研究

3.1 测序处理流程与MapReduce结合

3.2 不同格式数据的访问与存储

3.3 分析流程的完整性

3.4 FreeMarker引擎与测序流程的模版化

3.5 本章小结

4 基于Hadoop的平台搭建与MapReduce作业设计

4.1 基于Hadoop的伪分布式平台搭建

4.2 伪分布式环境的MapReduce作业构建

4.3 基于Hadoop分布式环境搭建

4.4 分布式环境下MapReduce作业构建

4.5 Shell脚本执行引擎的构建

4.6 MapReduce作业编写与整体调度

4.7 本章小结

5 系统的测试与扩展

5.1 MRUnit测试类编写

5.2 Hadoop测序平台的测试

5.3 测序平台的分析与优化

5.4 基于Hadoop基因测序平台的扩展

5.5 本章小结

结 论
致 谢
参 考 文 献