openblas+lapack numpy scipy

1,首先编译安装openblas

2,编译cblas

3,编译安装lapack

注:1~3可以一步完成,参考1,2


$ sudo vim /etc/ld.so.conf.d/libc.conf
/usr/local/lib
$ sudo ldconfig


4,编译安装numpy-1.8.0

目前已知2个问题

4-1独立编译lapack会导致numpy在openblas里找lapack但会找不到,解决方法参考numpy issue#4192

其中如果按照4192的方法numpy可以编译通过,但安装scipy时会出错,需要把第一部分全部注释

4-2numpy的配置中需要另外指定lapack的位置,否则安装scipy时会报错找不到lapack(引用site.cfg),即使设置环境变量LAPACK也不行

4-3编译numpy时要单独制定cblas的位置

python setup.py build_ext -lcblas -L/usr/local/lib

4-4编译完成


5,编译安装scipy0.13.3

5-1 python setup.py build_ext -lcblas -L/usr/local/lib

5-2 fedora20下面sudo python setup.py install 会提示找不到lapack,不用sudo可以执行但不能写,chmod解决,但不知道为什么,应该是路径的问题


ref1:Numpy/Scipy with OpenBLAS for Ubuntu 12.04

ref2:Numpy/Scipy with OpenBLAS for Ubuntu 12.04 - Second try

ref3openblas configuration assumes lapack is embeddedref3

ref4OpenBLAS を使った Numpy/Scipy のビルド

ref5ATLAS + NumPy + SciPy + Theano 的python科学计算环境搭建

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