2018-11-16

Anaconda是一个发行包，里面集成打包了很多的软件包，使用conda包管理器来安装软件，比较方便，但是Anaconda软件包太大，个人不太喜欢。Miniconda中只有Conda包管理器，是简化版

1. 下载软件包：

https://conda.io/miniconda.html

这里下载的是linux64位，python3.7的 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 直接安装：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

过程中需要按回车，之后按空格键显示完全license信息，键入 yes等操作

3. 查看并使得conda命令生效

（1）查看：

tail -3 ~/.bashrc

若显示如下，则表示命令已经添加到用户环境变量中：

# added by Miniconda3 installer

export PATH="/PATH/TO/miniconda3/bin:$PATH"

（2）使生效

source ~/.bashrc    # .bashrc文件生效

4. 更换conda源

（1）conda源：

编写配置文件：

vi ~/.condarc# 新建配置文件并打开,输入一下内容

channels:

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r/

  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

  - bioconda

  - r

  - defaults

  - conda-forge

show_channel_urls: true

英文输入法条件下，按i进入输入模式，把上述配置拷贝进去即可。

输入完之后，按esc键，然后按 :wq 保存并退出。

5. 创建python任意版本虚拟环境：

比如：python3.7

conda create --name py2 python=3.7

查看当前conda管理的虚拟环境有哪些：

conda info --envs

6. 进入虚拟环境的命令

此时进入虚拟环境的命令：

source activate

离开虚拟环境的命令：

source deactivate

7. 进入虚拟环境安装软件包：

source activate              # 进入虚拟环境

conda install angsd      # 安装软件包

source deactivate        #退出虚拟环境