取得增值税扣税凭证后，满足抵扣形式（开票规范）和实质（交易真实、合法）要件的扣税凭证要能作
为进项税额抵扣。还需注意后续两个重要的时间点,一是360日认证期（国家税务总局发布《关于纳税信用评价有关事项的公告》规定，自2018年4月1日起，增设M级纳税信用级别，纳税信用级别由A、B、C、D四级变更为A、B、M、C、D五级。对A、B、M、C级纳税人的举措,取消增值税发票认证，可通过网上勾选平台，勾选认证增值税专用发票），二是认证后的申请抵扣期。
（一）超期未认证，逾期增值税扣税凭证抵扣问题
首先，关于认证期问题，国税总局文件曾进行过多次调整。
在2003年至2010年1月1日，国家税务总局对增值税专用发票等扣税凭证陆续实行了90日办理认证；2010年1月1日以后开具的增值税专用发票等扣税凭证，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报抵扣；自2017年7月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票、海关进口增值税专用缴款书等四类值税扣税凭证认证期限为360天。如果超期未认证，称为逾期增值税扣税凭证。
其次，关于逾期增值税扣税凭证能否继续抵扣的问题上。这里国家税务总局文件也发生过变化。
2011年以前一律不得抵扣，2011年后根据公布的《国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）文件规定：“对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。”另，根据国家税务总局2017年10月13日印发《国家税务总局关于进一步优化增值税、消费税有关涉税事项办理程序的公告》（国家税务总局公告2017年第36号）（2018年1月1日生效），增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证未能按照规定期限办理认证，允许纳税人继续抵扣进项税额。该文件又将审批权限由国家税务总局审批下放到省国税局审批。
最后，关于这里的客观情况，是指《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第78号）第二条规定的：
“（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣；
（二）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押、封存纳税人账簿资料，导致纳税人未能按期办理申报手续；
（三）税务机关信息系统、网络故障，导致纳税人未能及时取得认证结果通知书或稽核结果通知书，未能及时办理申报抵扣；
（四）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致未能按期申报抵扣；
（五）国家税务总局规定的其他情形。
除上述原因外，包括工作人员疏忽等，均不能申请继续抵扣，该发票的进项税额只能进入库存商品或主营业务成本冲抵所得税。”
（二）已认证凭证次月忘申请抵扣的问题
根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》（国家税务总局海关总署公告2013年第31号）《国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）等文件规定。认证后的增值税抵扣凭证，一般应在次月申报抵扣。若次月错过了申报抵扣期限，同样只有符合国家税务总局公告2011年第78号文规定的五种客观原因，由省级主管税务机关审核无误后，发送《未按期申报抵扣增值税扣税凭证允许继续抵扣通知单》，企业凭《通知单》方可申报抵扣。否则，均不能申请继续抵扣。
（三）小结
综上，总括而言，2011年之前，逾期认证或者未逾期认证，但于次月忘记申报抵扣的，抵扣凭证不能做进项税额抵扣。但自国家税务总局公告2011年第78号文公布后，增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观五种情形所致逾期认证、申报抵扣的，可以按程序向国家税务总局审批。直到国家税务总局公告2017年第36号文，又将审批权限下放到省税务局。而具体分析五种客观原因，第一、第三两种情况属于不可抗力，非自身原因。第二种情况属于公权力介入，第四种情况为企业人事变动，无过失情况下所导致的。这里的认证期在2017年7月1日后规定为360日。申请抵扣期为已认证凭证的次月。
国家税务总局文件中认证期的延长和认可特殊情况下进项税额逾期认证和逾期申报抵扣，实质体现了国家对税收之债中个人财产权益的逐渐认可。理论上，税收在现代国家认为是一种公法上的债权债务关系。增值税纳税人仅就货物、劳务、不动产、无形资产等增值部分纳税，通过增值税抵扣凭证的取得，进行销项税额抵扣，即纳税人能抵扣部分不属于应负之债。2011年前规定逾期一律不能抵扣，未考虑特殊情形，过大的侵害了纳税人的权益，不符合公法上的比例原则。于是2011年后，税务机关增加了客观原因的考虑。当然,在平衡税收秩序与纳税人财产保护上，此种客观原因的考虑是否过于严苛还有待商榷。