Hi-C: Compartment, TAD, Loops

Hi-C 数据分析主要是来研究染色体的结构的，常见的三个空间单位有 Compartment, TAD, Loop 。

Chromosome compartment

TAD

Loop

如上图所示，loop既为一个环状结构，环的入口处在空间上接近。不同与其他的随机接近，此处的接近频率是其他的多倍，所以会形成峰。基于这一点，就可以通过算法(HiCCUPS)将其与背景（随机连接）区分开，就是所谓的 call-peak。并且此处往往是CTCF 的作用位点，也是其他调控原件（增强子等）的作用位点。