朱元璋当上了红巾军的大主帅后，面临着更多、更难、更复杂的问题。
一是他驻守的安徽和州虽然临近长江，但物产和资源并不丰富，军队供给不充足，而且在地势上也没有什么屏障，假若以它来作为根据地，向四面八方扩展，夺取天下的可能性较小。因而在他深思谋虑之后，开始琢磨怎样攻取曾经的龙都金陵（江苏南京），正在他发愁没有水师天堑难渡之时，巢湖水寨1万多名红巾军在军师俞通海（明朝开国将领，朱元璋老乡祖籍安徽凤阳）父子和廖永安、廖永忠（巢湖水军将领）兄弟率领下，驾驶千艘船只，前来投奔朱元璋的红巾军。朱元璋如鱼得水，就命令红巾军利用这些船只，借用老天大风的威力，顺长江漂行，顺利地到达金陵南京彼岸。由于将士们的士气十分高涨，胜仗一个接着一个，吓得对方不是放下武器归顺投降，就是抱头鼠窜逃跑。
朱元璋攻下金陵南京后，真是如虎添翼，既有了丰富的物产资源，也向外拓展了根据地，同时，也有了水陆两支素质较高的队伍，手下谋士数人，战将千员，一下子成了群雄中的佼佼者。
这些最根本的问题得到了解决后，但反元的各路红巾军仍旧割据一方，死守着各自的地盘。对于雄心勃勃的朱元璋来说，合并收拢其它义军便成了他首当其冲的目标。
1356年，被诸将奉为吴王的朱元璋看到天下形势十分的糟糕，他就先来了个坐山观虎斗，然后，再以应天（南京）为中心，向四周发展，以便谋取天下。
当时，在北方以刘福通为首的红巾军，正在与元军进行死命拼杀。在南方，又有军阀张士诚、陈友谅等割地称王，雄据一方，开始了你抢我夺兼并战争。毕竟由于农民阶级局限性是有所限制的，在农民义军的内部中开始出现新的斗争和权利争夺，相互削弱着自己的力量。
此时，元朝官吏中也在为争夺权利相互争战。
1363年秋天，在安徽马鞍山采石五通庙登基自立为汉王的军阀陈友谅，率领号称60万大军进攻洪都（江西南昌）。朱元璋亲自率领20万大军，与陈友谅在鄱阳湖展开了一场你死我活的大决战。经过36天的浴血奋战，陈友谅战败身死，全军土崩瓦解，朱元璋乘胜夺取了湖北武昌。
朱元璋消灭了陈友谅之后，南方群雄中再也没有敢和朱元璋对抗的了。于是，他就命令大将军徐达带兵20万，去消灭南方其他割据势力。
江南雄厚的实力，为朱元璋将来完成帝业大统奠定了有利的基础。
从此，朱元璋倚仗着得天独厚的有利地势，依靠军纪严明、训练有素的军队，凭着深谋远虑、至诚至忠的军师贤臣，开始了大规模的南征北战，一次次节节胜利，此时的天下已非朱元璋莫属了。
1368年，和尚出身的乱世英雄朱元璋，在众文武官员的簇拥下在应天府（江苏南京）登上了天子的宝座，建立了大明王朝。
这位地地道道农民的儿子，终于实现了自己的远大抱负。从此，他再也不用穿着破袈裟，拿着木鱼木钵沿门化缘了，也不用千辛万苦亲自率领军队一线搏杀。
有人认为，朱元璋登上皇帝宝座之后，定国号为明，可能就是希望国家清明，社会清明，是的，毕竟他40多岁才做了天子。在这40多年间，朱重八朱元璋饱尝了元朝末期社会混乱的苦难，让他也深刻地懂得了元末国家统治者腐败的危害。他希望自己建立的国家是世世代代，清清明明，像水一样一透到底，永保朱家天下。
不管朱元璋原来怎样，或者后期如何，仅从他的创业过程来看，他是付出了一定的劳动代价，这个皇位是来之不易的，是靠他几十年的奋斗得来的。也许正是他奋斗的如此艰苦，大明王朝在前期才会出现兴盛的时期。