一八四七年四月十九日，司各特占领哈腊帕，四月二十二日，占领佩略第，五月五日抵达距墨西哥城只有八十英里的普艾布腊。
这时，司各特的部队损失了三分之一，只剩下了七千一百人，其中还有一千多伤员。部队缺乏军饷和补给，医药用品也极为缺乏。司各特在普艾布腊休整了三个月。
一八四七年八月六日，三千名美军抵达普艾布腊，司各特的部队增加到了一万零七百人。
这时司各特决心“把这支小小的军队变成一台自行维持的机器”。他作出了一个大胆又明智的决定：放弃补给和交通线。随军远征的惠灵顿公爵说：“司各特输定了，他即攻不下墨西哥城，也无法返回基地。”
战败的墨西哥军队总司令圣安纳集结了三万人保卫首都，他在墨西哥城四周建起了坚固的城防工事。司各特派人侦察了通往墨西哥城的所有通道。然后，司各特故技重演，避开了圣安纳的正面防御工事，由南面向墨西哥城发起攻击。墨西哥军队匆忙调兵遣将，最后在康特雷拉斯和丘鲁布斯科两军展开血战，墨军损失一万多人，美军伤亡不到墨军的十分之一。
一八四七年八月七日，司各特领军进入墨西哥谷地，三天后在那里设立了司令部。这个山谷是一个被沼泽与湖泊覆盖、四周环山的盆地。司各特手下的罗伯特·李上尉对该地区进行了仔细的侦察。李发现圣安纳率二万人驻守康特雷拉斯和丘鲁布斯科。
一八四七年八月十九日至二十二日，三千名美军对康特雷拉斯发起了猛攻，墨军死伤一千五百多人，美军仅伤亡六十人。随即两军又在丘鲁布斯科激战，墨军以教堂和修道院为据点，美军遭到重创，死伤一千多人；墨军死伤七千余人，为其参战部队的三分之一。
圣安纳退入墨西哥城，美军则进驻与墨西哥城仅五英里的地方。
一八四七年八月二十二日，圣安纳建议进行停战谈判，司各特同意了。司各特知道圣安纳只是利用休战的时间来恢复部队的元气。不过，司各特很清楚自己来到墨西哥的目的：他不是来消灭圣安纳及其军队的，他要迫使墨西哥政府与美国进行谈判，从墨西哥政府手中获取北美西部的土地。要是他很快拿下墨西哥城，圣安纳逃跑，无政府状态的墨西哥将无法与美国谈判。
一八四七年九月八日，美军向墨西哥城进军。在莫利诺得雷，美军遭遇墨军顽强抵抗。经过一天激战，美军以八百对二千七百人的伤亡比例，占领了莫利诺得雷。
一八四七年九月十三日，为了最后夺取墨西哥城，在前一天强大的炮火的轰击下，美军仅用一小时就占领了查普尔佩克高地，那里可以控制通向墨西哥城两个城门的公路。
一八四七年十四日上午八点，美军在司各特的指挥下，由约翰·葵特罗和杰迪·皮洛将军率领，冲向通往墨西哥城的大路。美军在云梯和小锄头的帮助下爬上城墙，九点半就登上了制高点，击退了山顶上墨军的激烈反抗，下午一点拿下贝伦城门，然后又夺得圣科斯美城门。美军伤亡八百余人。
司各特以不足七千人的部队占领了墨西哥首都墨西哥城，进入国家宫。墨西哥政府向司各特投降。这时，司各特发现，国家宫已升起了美国国旗。原来，司各特手下一位将军一小时前就赶到了那里。
一八四七年九月十六日，司各特下令对墨西哥军管。
与司各特的远征相比，经常为人所忽视的是美国海军的关键作用。在战争中，美国海军主宰了加勒比海、墨西哥湾及墨西哥与加利福尼亚的西海岸。美国海军负责运送军队，封锁敌方港口，为陆军提供强大的火力支援。
整个战争中美军死亡一万三千人，其中一千七百人阵亡，其他人死于疾病和恶劣的卫生条件。墨西哥军死亡人数为二万五千人。当惠灵顿公爵得知司各特获胜的消息后，称他为“活着的最伟大的军人”。并要求英国军人研究维勒克鲁斯和墨西哥城战役。司各特的大胆出色的指挥，对此当之无愧。战后，司各特被授予金质奖章，同时获中将军衔，这是从华盛顿以来第二位获此殊荣的美国人。
一八四八年，美国特使特里斯特与墨西哥签订了《瓜达卢普—伊达尔戈条约》。按条约，加利福尼亚和新墨西哥划归美国，以格兰德河为德克萨斯南部边界。该条约使美国增加了一百二十万平方英里的领土，墨西哥领土缩小了一半，美国领土则增加了三分之一。墨西哥得到了一千五百万美金。
战争中五万多墨西哥人丧命。美军死亡一万三千人，其中五千九百人是正规军，其余是民兵。美国直接用于战争的费用达一亿美元。经过此次战争，美国的领土一直向西扩展到了太平洋。
合众国增加每寸土地，都浸透了泰勒和司各特将士的鲜血。就在《瓜达卢普—伊达尔戈条约》签订九天后，加州发现了金矿，大量移民涌入加州，淘金热的头十年中，他们挖掘出价值五亿美元的黄金。到一八四九年底，加州人口已达一百二十五万。
战争结束后，波尔克总统于一八四九年病逝。战争英雄泰勒将军在辉格党提名中战胜了司各特，赢得了总统大选。泰勒总统上任没几个月，就死于伤寒；继任者为米拉德·菲尔莫尔。
一八五二年大选，司各特被提名为辉格党总统候选人，但败给了民主党的富兰克林·皮尔斯，美墨战争中的老部下。
一八六一年四月十二日凌晨四点半，南卡罗莱纳的查尔顿市的宁静被扑天盖地的炮火声打破。在皮埃尔·博瑞加德将军的指挥下，炮兵向塞穆特要塞进行了三十四个小时的炮击。要塞守军指挥官罗伯特·安德森少校克尽职守，最后下令降下国旗，换上白旗，宣告投降。美国内战正式开战。
内战初期，年逾古稀的司各特将军仍是美军总司令。墨西哥战争中司各特指挥过的年轻人，成了南北双方军队的顶梁柱：北军中有尤利西斯·格兰特，约瑟夫·胡克和乔治·麦克拉伦；南军中有罗伯特·李，詹姆斯·朗斯特里特，“石墙”托马斯·杰克逊和博瑞加德。
林肯总统的战略很明确，就是捍卫联邦，目标是要全胜，不留任何妥协的余地。为此，联邦军队总司令司各特制订了一个完整的作战计划——“蟒蛇行动”，要打一场以消耗南方总体实力为目的的消耗战。
“蟒蛇行动”要用海军强行占领南方港口，封锁南方的海上运输，切断南方与欧洲的一切来往。然后，沿密西西比河南下，由东西两路步步紧逼，把南方军队挤入一个三面环水的半岛，最后全歼。
这是一个以逸代劳的作战方案，一旦北方蟒蛇的包围缠住了猎物，就可以坐等它窒息。同时，司各特特别强调“蟒蛇行动”的第二个重点：封锁密西西比河。但是，该方案有一个致命的弱点：就是猎物致死的速度较慢，而选民和政治家们都希望能迅速攻占里士满取得胜利。
一八六一年三月五日，林肯总统正式就职，面对混乱的政治和军事，他需要一个迅速解决的办法，因此他并不欣赏司各特的“蟒蛇行动”计划。对林肯来说，当务之急是进行战争动员。
司各特建议组建一支三十万人的部队，服役期为两到三年。但四月十五日，林肯集结了一支服役期只有九十天的七万五千人的军队。这一仓促举动，使南方四个在摇摆中的州脱离了联邦。其中以盛产军人和名将闻名的弗吉尼亚州的脱离，给后来的战争造成了不可弥补的损失。弗吉尼亚州脱离联邦，使得内战名将罗伯特·李为了保卫家乡弗吉尼亚州，放弃了司各特委以他的北方军队总司令职务，加入了邦联。
同时，内战第一名将“石墙”托马斯·杰克逊也加入了邦联。正是因为这两个人加入了邦联，才使得内战变的残酷而漫长。
一八六一年五月三日，林肯再次招募四万二千多名志愿兵，同时把常备军增加到二万六千人。尽管有了部队，但陆军部即没有作战计划，又缺乏后勤保障。直到七月四日，国会才重新开会，批准征兵五十万，服役期为半年到三年。
最初，林肯只是采取了司各特“蟒蛇行动”计划的一部分，从一八六一年四月十八日起，对南方的港口实行封锁。但没象司各特建议的那样彻底封锁，尽管港口被攻克了，但很多港口还是让舰船自由出入，严重限制了整个计划的执行。
大多数北方将领也希望采取比司各特的“蟒蛇行动”更有效的行动，建议在大战中消灭敌人的有生力量来迅速平息叛乱。林肯也支持这些想法，他敦促将军们“要尽一切可能，消灭叛军。”
司各特已年迈体衰，无法上阵了。内战初期，他负责北军的作战指导。司各特坚持要部队训练好之后再上阵。在舆论和政界的压力下，老将的忠告被看作是怯战。于是，没有训练好的士兵就被投入战争，结果在最初的几次战役中，北军被李和“石墙”杰克逊指挥的南军打的一败涂地，只是因为南方政客的愚蠢，首都华盛顿才没被南军攻下。
在一系列的战败之后，林肯才认识到了司各特的远见，他最终靠的是“蟒蛇行动”计划，赢的了内战的胜利。
司各特将军，这位为美国最初的军队建设作出过杰出贡献的人，于一八六一年十一月退休。司各特将军幸运地活到了北方联邦政府赢得了内战胜利。
一八六六年五月二十九日，司各特将军在纽约州的西点去世，安葬于西点公墓。
司各特将军从军四十七年，历经十四任总统，担任美军总司令二十年，为美国军队的正规化和现代化做出了重要贡献。司各特将军是十九世纪最成功的大规模两栖登陆战的指挥者，英国名将威灵顿公爵称他为“活着的最伟大的军人。”司各特将军在墨西哥战争中大胆成功的指挥直接影响了美国、墨西哥及美洲的历史，使美国成为美洲的霸主。司各特将军在内战中的“蟒蛇行动”计划，为北方赢得内战胜利起到了关键作用。就个人来说，司各特将军的个性极强，耿直坦率，常与上司甚至总统发生冲突。但是，司各特将军的战略眼光、战术才华和领导能力被公认为美国历史上最伟大的军事家。
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2010年7月