专利诉讼是指当事人和其他诉讼参与人在人民法院进行的涉及与专利权及相关权益有关的各种诉讼的总称，专利诉讼分为专利民事诉讼、刑事诉讼和行政诉讼。从大的分类而言，专利行政诉讼主要包括五类，本文进行详细介绍。
专利诉讼种类
根据《行政诉讼法》的规定，行政诉讼的被告应该是作出行政行为的行政机关。在我国，作出专利行政行为的行政机关主要有国务院专利行政部门、专利复审委员会、管理专利工作的部门以及海关知识产权执法机构。因此，从大的分类而言，专利行政诉讼主要包括五类：
（1）以国务院专利行政部门为被告的专利行政诉讼；
（2）以专利复审委员会为被告的专利行政诉讼；
（3）以管理专利工作的部门为被告的专利行政诉讼；
（4）以管理专利工作的部门所属的地方政府为被告的专利行政诉讼；
（5）以海关知识产权执法机构为被告的专利行政诉讼。
专利复审委员会为被告
根据《专利法》第41条、46条的规定，对专利复审委员会的复审决定不服，以及对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权有效的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。因此，以专利复审委员会为被告的专利行政诉讼最主要的类别即是：对专利复审委员会作出的维持驳回决定的复审决定不服提起的行政诉讼，以及对专利复审委员会作出的宣告专利权全部无效、宣告专利权部分无效、维持专利权有效的决定不服提起的行政诉讼。
理论上讲，除了上述两类最为基本的以专利复审委员会为被告的专利行政诉讼外，根据《专利法实施细则》第60条、第63条、第67条以及第70条的规定，还可能包括对专利复审委员会在复审程序、无效宣告程序中作出的其他行政决定不服提起的专利行政诉讼，比如：不予受理、视为未提出、视为撤回通知等。但在实务中，几乎未发生该类专利行政诉讼。需要注意的是：对于这些由专利复审委员会作出的有关专利复审、无效的程序性决定不服的，除提起专利行政诉讼外，还可以提起行政复议。
归纳而言，以专利复审委员会为被告的专利行政诉讼包括如下几种情形：
（1）专利复审请求人针对专利复审委员会作出的维持国务院专利行政部门驳回决定的复审决定提起的专利行政诉讼；
（2）专利无效宣告请求人针对专利复审委员会作出的宣告专利权部分无效、维持专利权有效的决定提起的专利行政诉讼；
（3）专利权人针对专利复审委员会作出的宣告专利部分无效、全部无效的决定提起的专利行政诉讼；
（4）专利复审请求人针对专利复审委员会在专利复审程序中作出的有关专利复审的程序性决定提起的专利行政诉讼；
（5）无效宣告请求人、专利权人针对专利复审委员会在专利无效程序中作出的有关专利无效的程序性决定提起的专利行政诉讼。
国务院专利行政部门为被告
国务院专利行政部门指国家知识产权局，国家知识产权局作出的行政行为主要包括四类：国家知识产权局作出的有关专利申请、专利权的具体行政行为；国家知识产权局作出的有关强制许可的具体行政行为；国家知识产权局作出的有关专利代理管理的具体行政行为；国家知识产权局作出的其他具体行政行为。
具体而言，对国家知识产权局作出的有关专利申请、专利权的具体行政行为不服提起行政诉讼的，主要包括：
（1）专利申请人对不予受理其申请不服的；
（2）专利申请人对申请日的确定有争议的；
（3）专利申请人对视为未要求优先权不服的；
（4）专利申请人对其专利申请按保密专利申请处理或者不按保密专利申请处理不服的；
（5）专利申请人对专利申请视为撤回不服的；
（6）专利申请人对视为放弃取得专利权的权利不服的；
（7）专利权人对专利权终止不服的；
（8）专利申请人、专利权人因耽误有关期限导致其权利丧失，请求恢复权利而不予恢复的；
（9）专利申请人对分案申请视为未提出不服的；
（10）国际申请的申请人对国家知识产权局根据专利法实施细则第102条终止其国际专利申请不服的；
（11）国际申请的申请人对国家知识产权局根据专利法实施细则第115条所作复查决定不服的。
对国家知识产权局作出的有关强制许可的具体行政行为不服提起行政诉讼的，主要包括：
（1）专利权人对给予实施强制许可的决定不服的、强制许可请求人对驳回实施强制许可请求的决定不服的；
（2）专利权人和取得实施强制许可的单位或者个人对实施强制许可的使用费的裁决不服的；
（3）专利权人对驳回终止实施强制许可请求的决定不服的、取得强制许可的单位或个人对终止实施强制许可的决定不服的。
对国家知识产权局作出的有关专利代理机构管理的具体行政行为不服提起行政诉讼的，主要包括：
（1）专利代理机构对撤销其机构的处罚不服的；
（2）专利代理人对吊销其《专利代理人资格证书》的处罚不服的。
国家知识产权局作出的其他具体行政行为，主要包括经过国家知识产权局行政复议的决定、赔偿决定等。
管理专利工作的部门为被告
管理专利工作的部门指由省、自治区、直辖市人民政府以及专利管理工作量大又有实际处理能力的设区的市人民政府设立的管理专利工作的部门，即管理管理工作的部分划分为两级：省级管理专利工作的部门和市（地级市）级管理专利工作的部门。
以管理专利工作的部门为被告的专利行政诉讼主要包括：
（1）专利侵权纠纷处理请求人对管理专利工作的部门作出的不予受理不服；
（2）当事人对管理专利工作的部门作出的侵权行为成立与否的决定不服的；
（3）当事人对管理专利工作的部门针对假冒专利行为作出的处罚决定不服的；
（4）当事人对管理专利工作的部门采取查封、扣押涉嫌假冒专利产品的强制措施不服的；
（5）当事人对省级管理专利工作的部门对专利代理机构或专利代理人作出的除撤销专利代理机构和吊销专利代理人资格之外的决定不服的。
需要注意的是，不设区的市或者县的人民政府设立的管理专利工作的部门，尽管可以进行诸如制定本区域专利工作规划、促进专利实施应用、传播专利信息等与专利有关的管理工作，但是其不具有单独进行专利行政执法的职能，即不能单独对侵犯专利权的纠纷进行处理以及对假冒专利行为进行处罚，只能接受地级市管理专利工作的部门执行假冒专利行为的查处和专利纠纷的调解工作（注意，不能接受对专利侵权纠纷的处理的委托）。在接收委托进行假冒专利行为的查处过程中，承担法律责任的仍然为地级市管理专利工作的部门，即当事人如果对处理结果不服提起专利行政诉讼，应当以该地级市管理专利工作的部门为被告，而不能以县级市或县的管理专利工作的部门为被告。
地方政府管理专利工作的部门为被告
地方政府通常不会成为专利行政诉讼的被告，但是，在管理专利工作的部门作出具体行政行为后，当事人向该管理专利工作的部门所属的人民政府申请行政复议，而该人民政府作出的决定改变了管理专利工作的部门作出的决定，当事人对其不服的，则以该地方政府为被告提起行政诉讼。
以海关知识产权执法机构为被告
以海关知识产权执法机构为被告的专利行政诉讼主要包括：
（1）知识产权权利人对海关总署不予知识产权海关备案不服的；
（2）知识产权权利人对海关总署撤销知识产权海关备案不服的；
（3）知识产权权利人对海关驳回扣留侵权嫌疑货物的申请不服的；
（4）当事人对海关认定扣留货物侵权成立与否不服的；
（5）当事人对海关作出的没收扣留货物的决定不服的。