第一章 介绍

介绍

本手册介绍了用于图像配准的软件包：elastix。该软件由通常用于解决医学图像配准问题的算法集合组成。大部分代码是基于the Insight Toolkit(ITK)。elastix的模块化设计允许用户为他的特定应用快速测试和比较不同的配准方法。命令行使用脚本简化了大量数据集的处理。

1.1 手册概要

在第二章中，对一些通用的图像配准理论做了宽泛的介绍。也介绍了配准方法包含的不同组件。在第三章中，介绍说明了elastix用法。第四章介绍tansformix，一个伴随elastix的程序。第五章给出了一个教程，包括基于作者经验的许多建议。第六章介绍更高级的配准主题。最后一章提供了有关设置源代码的人的更多细节，提供了有关如何实现自己对elastix的添加的信息，并描述了将elastix用作库而不是 一个命令行程序。在附录A和B中给出了示例（变换）参数文件。 附录D包含软件许可证和免责声明，其中elastix目前正在分发。

1.2 快速开始

• 从http://elastix.isi.uu.nl/download.php 下载elastix。 有关安装的详细信息，请参见第3.2节。 不要忘记订阅弹性邮件列表，这是问题和公告的主要论坛。
• 请阅读http://elastix.isi.uu.nl/about.php 和本手册中有关该程序的一些基础知识。
• 尝试使用的例子。 它可以在网站的“关于”部分找到。 如果您没有在计算机上运行示例，请查看常规部分中的常见问题解答：http://elastix.isi.uu.nl/FAQ.php
• 如果您是第一个想知道的人的类型，请阅读完整的手册。
• 开始使用您自己的应用程序。 如果您现在需要更多信息，现在可以开始阅读本手册。 您可以在第5章中找到有关调整参数的更多信息。所有可用参数的列表可以在http://elastix.isi.uu.nl/doxygen/pages.html 找到。还可以参考http://elastix.isi.uu.nl/wiki.php 中 的参数文件数据库，了解许多示例参数文件。
• 当您卡住时，请不要错过本手册第5章的教程。 另外，再次看一下常见问题的FAQ。
• 当您仍然卡住时，请不要犹豫，发送电子邮件到弹性邮件列表。 一般来说，你很快会得到一个答案。 要订阅，请访问http://lists.bigr.nl/mailman/listinfo/elastix。

1.3 致谢

本手册的第一个版本是在作者在荷兰乌得勒支的图像科学研究所（ISI，http://www.isi.uu.nl） 工作时撰写的。 我们感谢elastix的用户，他们的问题和评论有助于改进弹性的可用性和文档。 具体来说，当我们构建第一个版本时，我们要感谢以下人员对本手册进行校对（部分）：Josien Pluim, Keelin Murphy, Martijn van der Bom, Sascha M¨unzing, Jeroen de Bresser, Bram van Ginneken, Kajo van der Marel, Adri¨enne Mendrik（没有特定的顺序）。 多年来，几个用户将他们的工作作为弹性材料的新组件，参见网站列表。