了解GRO-seq

什么是GRO-seq？ 来自灵魂的拷问

GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA（nascent RNA）的方法。

GRO-seq是RNA-seq的衍生品，旨在通过直接检测新生RNA产物来衡量转录本的表达量。其思路如下：

（1） 停止转录，如液氮速冻；

（2） 提取细胞核；

（3） 标记核苷酸并放回；

（4） 重新转录，合成标记的核苷酸；

（5） 提取新生转录本并测序；

从而获取全基因范围内的参与转录的RNA聚合酶的位置、数量和定位，即所有参与DNA聚合酶位置和定向的高分辨率虚拟图谱。

该技术首发于《Nascent RNA Sequencing Reveals Widespread Pausing and Divergent Initiation at Human Promoters》

google学术显示引用量：1533

谷歌学术

材料：人肺成纤维细胞（IMR90），每个样本2个生物学重复

结果：

（1） 大片段的转录激活与抑制展示

激活和抑制区域是明显区分的（红、蓝比对reads），同时绘制Pol II ChIP信号可以侧面验证Pol II的活性。

（2） TSS侧翼reads比对模式

TSS

TSS作为的转录起始位点，其地位非常具有特殊性，呈现一个很窄的峰，reads在正、负链堆积的模式是相反的，其方向与转录方向是一致的。

3`A

而在基因3`末端的模式却又不同，一个非常看宽广的峰中包含了很窄的峰（正式poly-A剪切的位置），同时聚合酶又在3`短延伸了相当多的长度。

（3） 近端启动子转录与基因活性的关系

近端启动子reads密度与表达的关系

近端启动子reads密度与基因表达的关系

TSS signal

ChIP图谱与GRO-seq信号的关系（H3ac and H3K4me2）

AS: antisense

分析GRO-seq数据 ？

目前有现成的工具、方法、软件

请参考Homer软件：

homerrrrrrrrrrrr

http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/groseq/groseq.html

该页面已经写的很详细了，具体分析下期再聊，请自行参考。

参考文献：

1. Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters. Science 2008.

2. A Rapid, Extensive, and Transient Transcriptional Response to Estrogen Signaling in Breast Cancer Cells. Cell 2011.