用NAMD轨迹文件算mmpbsa

1. 为安装PyTopol做准备，先安装pip
   要先安装python,以及easy_install，再安装pip

2. 安装PyTopol
   pip install pytopol

3. 安装完PyTopol后，在D:\Python27\Scripts下有psf2top.py，开始转化psf文件。如果只有蛋白，参数可以只用par_all36_prot.prm。

psf2top.py -p pr.psf -c par_all36_na.prm par_all36_prot.prm
或
psf2top.py -p complex2.psf -c Par_all27_prot_na.prm

注意，par_all36_na.prm可能会无法识别“CUTNB 14.0 CTOFNB 12.0 CTONNB 10.0 EPS 1.0 E14FAC 1.0 WMIN 1.5”，将其改为“cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5”，即大写改小写。

4. 采用gromacs脚本读取pdb文件，生成.ndx文件，需要指定计算mmpbsa的两个部分，即rep和lig，具体的原子编号范围可自己根据需要修改。gromacs版本为4.5.5，过程如下：

make_ndx -f pr.pdb -o pro.ndx

a 1486-2970

name 16 rep

a 2971-3094

name 17 lig

v

q 

注意，生成的pro.ndx需要打开核实，看rep和lig的编号是否正确指定了，16,17的序号不是固定的，看不同体系情况，反正必须是新增的，在列表里是最后的两个。

5. 采用gromacs脚本生成md.tpr，在此之前，先简单编辑md.mdp，即md的步骤，包括温度，模拟时间等。注意，输入的pr.pdb在第一行需要有盒子尺寸

grompp -f md.mdp -c pr.pdb -p top.top -o md.tpr

6. 运行g_mmpbsa，在此之前先要安装g_mmpbsa,pbsa1.3等软件。简单编辑pbsa.mdp参数文件作为输入。注意，轨迹文件pr100.trr可以少取一些轨迹帧，这样算得快一些,作业运行时间比较长，需要后台提交。trr，pdb,psf文件均不含水。

echo 16 17 | /home/wfeng/g_mmpbsa/bin/g_mmpbsa -f pr100.trr -s md.tpr -n pro.ndx  -i pbsa.mdp  -pdie 2 -pbsa -decomp > mmpbsa.log 2>&1

注意，echo后面的参数表示选择第4步里面命名的rep和lig的编号。不用pipeline命令也可以，g_mmpbsa会有提示，让你选择序号。

7. 采用python脚本处理数据。

python MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg

python MmPbSaDecomp.py -m contrib_MM.dat -p contrib_pol.dat -a contrib_apol.dat