王诗翔
王诗翔

生信笔记收藏汇总

更新日期：2018/3/13

这里汇总一些生信分析和数据可视化相关的推文或笔记，为知笔记里存的东西太杂太乱，花了一天的时间初步整理了下。点击跳转的是为知笔记提供的链接，可能需要刷新，如果刷新不了或者链接内容存在问题请联系我。

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目录：

  • 生信分析

    • 该如何自学入门生物信息学
    • 数据下载
      • 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
      • 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够
      • 解读SRA数据库规律一文就够
      • 用wget下载需要用户名和密码认证的网站或者ftp服务器文件
    • 预处理
      • 如何用bioconductor进行注释
      • 芯片重注释
      • 芯片重注释（二）
      • ID转换大全
      • 多个探针对应一个基因，取平均值或者最大值
      • TCGA ID 转化的小插曲
      • 你真的懂Illumina数据质量控制吗？
      • 使用trimmomatic对illumina数据做质控
      • 用sickle软件来对双端测序数据过滤低质量reads
      • 二代测序数据拼接之原理篇
      • 转录组数据拼接之应用篇
      • 如何使用Pysam处理BAM
      • 转录组的高级分析前该如何标准化数据？
    • 常见组学分析
      • RNA-seq数据分析指南
      • TCGA专用转录组流程代码大放送
      • 使用在线最新的KEGG数据做富集分析
      • GSEA的分析汇总
      • RNA-seq这样画图，国自然必得A
      • ggtree for microbiome data
      • 用NGSCheckMate检查两个测序数据是否来自于同一个样本
      • 转录组高级分析合集
      • 关于multiple mapping我想说的
      • CS8：Genomic coordination的富集性分析（2）
      • CS9: GEO数据挖掘
      • 【PANDA姐的转录组入门】拟南芥实战项目-定量、差异表达、功能分析
      • 拟南芥的差异分析结果注释
      • 基因表达差异筛选中的P值校正
      • GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）
      • 神技能！批量解决哪个转录因子调控你的基因。
      • 一文读懂泛基因组测序
      • Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程
      • 850K甲基化芯片数据的分析
      • 转录组专题-WGCNA分析
      • WGCNA新手入门笔记1（含代码和数据）
      • WGCNA新手入门笔记2（含代码和数据)
      • 甜过初恋！这次是真的批量做TCGA的生存分析
      • 伸出我的小脚，将TCGA轻轻绊倒，然后叉腰哈哈笑
      • 下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB
      • 一文读懂3D基因组之Hi-C及其数据处理
      • 使用STAR-fusion来对转录组数据找融合基因
      • 用deFuse来对转录组数据找融合基因
      • 用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切
      • 转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count
      • Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化
      • ChIP-seq阴阳-正负对照
      • lncRNA数据分析传送门
      • lncRNA实战项目-第二步-了解文章及数据
      • lncRNA实战项目-第三步-了解参考基因组及注释文件
      • lncRNA实战项目-第四步-得到表达矩阵的流程
      • lncRNA实战项目-第五步-差异表达的mRNA和lncRNA
      • lncRNA实战项目-第六步-WGCNA相关性分析
      • 参考基因组没有，经费也没那么多，怎么办？
      • 宏基因组学入门四部曲之初识
      • 宏基因组学入门四部曲之向前一步
      • 宏基因组学入门四部曲之《Assembling the microbial dark matter》阅读笔记
    • 单细胞测序
      • 单细胞转录组数据处理综述
      • 单细胞转录组3大R包之monocle2
      • 单细胞转录组3大R包之Seurat
      • 单细胞转录组3大R包之scater
      • 用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切
      • 比较不同的对单细胞转录组数据normalization方法
      • 比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法
      • 比较不同单细胞转录组数据寻找features方法
      • 空间单细胞DNA测序
      • 10X genomics单细胞数据集探索
      • 10x的单细胞转录组数据就应该这样处理
      • 3500个TNBC单细胞转录组数据重处理
    • 软件与（命令行）工具
      • GOSemSim：GO语义相似性度量
      • 一个要复活的R包和一个404的网站
      • 生信工作者的工具包
      • linux命令行文本操作一文就够
      • bioSyntax:针对生物数据的语法高亮
      • csvtk - 跨平台、高效、实用的CSV/TSV命令行工具
      • Make Enriched Heatmaps
      • RNAseq reads 分别在3'UTR，CDS以及5'UTR区域的分布plotprofile——R包Guitar
      • HiGlass (http://higlass.io) is an exploratory visualization tool for genomic data
      • 学IGV必看的初级教程
      • 可能是个生物信息学数据超市吧
      • 长序列注释工具:Long Read Annotation (LoReAn)
      • 专门分析10x genomic公司的单细胞转录组数据的软件套件
      • List of RNA-Seq bioinformatics tools - Wikipedia
      • 可视化生信分析利器-Galaxy
      • GeenMedical2.0：‘‘引用次数’’排序，我做到了！

  • 资源数据库

      • 癌症相关数据库专题-CheckMate
      • 癌症数据库专题-ICGC
      • 癌症相关数据库专题-TCGA
      • KEGG数据库的rest API(附带R语言小技巧)
      • 癌症相关数据库: Keynote Ontology Clinical Trials
      • GENIE：Hi，世界癌症日，我有19000例公开肿瘤基因检测数据，你要吗？
      • 数据库专题-LncRNASNP
      • LncRNA 数据库专题-LncRNome
      • lncRNA数据库专题-lncRNAdb
      • lncRNA数据库专题-NONCODE
      • 功能数据库专题-GSEA
      • 转录组之GTEx

      ​

  • 数据可视化

    • R技巧学习与探索

      • Top50 ggplot2可视化——含全部代码

      • 用R画meme ;)

      • 使用外部字体画meme

      • 130岁了，祝你快乐

      • 用par设置ggplot2参数

      • 使用ggplot2

      • R的诡异事件

      • 画个小圈圈

      • Y叔的新玩意--yyplot

      • R语言的最好资源，一个就够！

      • 饼图版气泡图

      • ggimage：ggplot2中愉快地使用图片

      • 孙老湿这些年用过的65种R语言包汇总

      • ggplot2给选定的分面加背景

      • 《R语言实战》及其随书代码链接：http://pan.baidu.com/s/1eSzT71o 密码：h2mr

      • ggtree直播PPT第二部分

      • ggtree直播PPT第一部分

        ​

    • 可视化结果

      • 表达矩阵可视化大全
      • 一文解决RT-PCR的统计分析
      • R语言画网络图三部曲
      • 热图最佳实践-pheatmap
      • 【Python版】 极简单方式实现 Circos
      • CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释
      • CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整
      • 不同数据集画出的热图，用同样的颜色区间上色?

  • 软件与工具配置

    • 更新R包

    • R包安装大全-番外篇一

    • 我的第一R包- 生信配置文件大全

    • 用集成了anaconda的docker快速布置生信分析平台

    • 四步把实验室服务器搬回家

    • 利用conda布署生物信息分析环境

      ​

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  • bat调用jar包并传入多个参数 aijuans
    下面的主程序是通过eclipse写的： 1.在Main函数接收bat文件传递的参数（String[] args）  如：   String ip =args[0];          String user=args[1];       &nbs
  • Java中对类的主动引用和被动引用 ayaoxinchao java主动引用对类的引用被动引用类初始化
      在Java代码中，有些类看上去初始化了，但其实没有。例如定义一定长度某一类型的数组，看上去数组中所有的元素已经被初始化，实际上一个都没有。对于类的初始化，虚拟机规范严格规定了只有对该类进行主动引用时，才会触发。而除此之外的所有引用方式称之为对类的被动引用，不会触发类的初始化。虚拟机规范严格地规定了有且仅有四种情况是对类的主动引用，即必须立即对类进行初始化。四种情况如下：1.遇到ne
  • 导出数据库 提示 outfile disabled BigBird2012 mysql
    在windows控制台下，登陆mysql，备份数据库：   mysql>mysqldump -u root -p test test > D:\test.sql 使用命令 mysqldump 格式如下： mysqldump -u root -p *** DBNAME > E:\\test.sql。 注意：执行该命令的时候不要进入mysql的控制台再使用，这样会报
  • Javascript 中的 && 和 || bijian1013 JavaScript&&||
            准备两个对象用于下面的讨论 var alice = { name: "alice", toString: function () { return this.name; } } var smith = { name: "smith",
  • [Zookeeper学习笔记之四]Zookeeper Client Library会话重建 bit1129 zookeeper
    为了说明问题，先来看个简单的示例代码：   package com.tom.zookeeper.book; import com.tom.Host; import org.apache.zookeeper.WatchedEvent; import org.apache.zookeeper.ZooKeeper; import org.apache.zookeeper.Wat
  • 【Scala十一】Scala核心五：case模式匹配 bit1129 scala
    package spark.examples.scala.grammars.caseclasses object CaseClass_Test00 { def simpleMatch(arg: Any) = arg match { case v: Int => "This is an Int" case v: (Int, String)
  • 运维的一些面试题 yuxianhua linux
    1、Linux挂载Winodws共享文件夹   mount -t cifs //1.1.1.254/ok /var/tmp/share/ -o username=administrator,password=yourpass 或 mount -t cifs -o username=xxx,password=xxxx //1.1.1.1/a /win    
  • Java lang包-Boolean BrokenDreams boolean
             Boolean类是Java中基本类型boolean的包装类。这个类比较简单，直接看源代码吧。 public final class Boolean implements java.io.Serializable,
  • 读《研磨设计模式》-代码笔记-命令模式-Command bylijinnan java设计模式
    声明： 本文只为方便我个人查阅和理解，详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/ import java.util.ArrayList; import java.util.Collection; import java.util.List; /** * GOF 在《设计模式》一书中阐述命令模式的意图：“将一个请求封装
  • matlab下GPU编程笔记 cherishLC matlab
    不多说，直接上代码 gpuDevice % 查看系统中的gpu,,其中的DeviceSupported会给出matlab支持的GPU个数。 g=gpuDevice(1); %会清空 GPU 1中的所有数据,,将GPU1 设为当前GPU reset(g) %也可以清空GPU中数据。 a=1; a=gpuArray(a); %将a从CPU移到GPU中 onGP
  • SVN安装过程 crabdave SVN
    SVN安装过程   subversion-1.6.12   ./configure --prefix=/usr/local/subversion --with-apxs=/usr/local/apache2/bin/apxs --with-apr=/usr/local/apr --with-apr-util=/usr/local/apr --with-openssl=/
  • sql　行列转换 daizj sql行列转换行转列列转行
    行转列的思想是通过case when 来实现 列转行的思想是通过union all 来实现 下面具体例子： 假设有张学生成绩表(tb)如下: Name Subject Result 张三 语文　　74 张三 数学　　83 张三 物理　　93 李四 语文　　74 李四 数学　　84 李四 物理　　94 */ /* 想变成 姓名   &
  • MySQL--主从配置 dcj3sjt126com mysql
    linux下的mysql主从配置： 说明：由于MySQL不同版本之间的(二进制日志)binlog格式可能会不一样，因此最好的搭配组合是Master的MySQL版本和Slave的版本相同或者更低， Master的版本肯定不能高于Slave版本。（版本向下兼容） mysql1  : 192.168.100.1    //master mysq
  • 关于yii 数据库添加新字段之后model类的修改 dcj3sjt126com Model
    rules: array('新字段','safe','on'=>'search') 1、array('新字段', 'safe')//这个如果是要用户输入的话，要加一下， 2、array('新字段', 'numerical'),//如果是数字的话 3、array('新字段', 'length', 'max'=>100),//如果是文本 1、2、3适当的最少要加一条，新字段才会被
  • sublime text3 中文乱码解决 dyy_gusi Sublime Text
    sublime text3中文乱码解决 原因：缺少转换为UTF-8的插件 目的：安装ConvertToUTF8插件包 第一步：安装能自动安装插件的插件，百度“Codecs33”，然后按照步骤可以得到以下一段代码： import urllib.request,os,hashlib; h = 'eb2297e1a458f27d836c04bb0cbaf282' + 'd0e7a30980927
  • 概念了解：CGI，FastCGI，PHP-CGI与PHP-FPM geeksun PHP
    CGI CGI全称是“公共网关接口”(Common Gateway Interface)，HTTP服务器与你的或其它机器上的程序进行“交谈”的一种工具，其程序须运行在网络服务器上。 CGI可以用任何一种语言编写，只要这种语言具有标准输入、输出和环境变量。如php,perl,tcl等。 FastCGI FastCGI像是一个常驻(long-live)型的CGI，它可以一直执行着，只要激活后，不
  • Git push 报错 "error: failed to push some refs to " 解决 hongtoushizi git
    Git push 报错 "error: failed to push some refs to " . 此问题出现的原因是：由于远程仓库中代码版本与本地不一致冲突导致的。 由于我在第一次git pull --rebase 代码后，准备push的时候，有别人往线上又提交了代码。所以出现此问题。 解决方案： 1： git pull    2：
  • 第四章 Lua模块开发 jinnianshilongnian nginxlua
    在实际开发中，不可能把所有代码写到一个大而全的lua文件中，需要进行分模块开发；而且模块化是高性能Lua应用的关键。使用require第一次导入模块后，所有Nginx 进程全局共享模块的数据和代码，每个Worker进程需要时会得到此模块的一个副本（Copy-On-Write），即模块可以认为是每Worker进程共享而不是每Nginx Server共享；另外注意之前我们使用init_by_lua中初
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      1.简介   Proxy 提供用于创建动态代理类和实例的静态方法 （1）动态代理类的属性 代理类是公共的、最终的，而不是抽象的 未指定代理类的非限定名称。但是，以字符串 "$Proxy" 开头的类名空间应该为代理类保留 代理类扩展 java.lang.reflect.Proxy 代理类会按同一顺序准确地实现其创建时指定的接口
  • Java中getResourceAsStream的用法 pda158 java
    1.Java中的getResourceAsStream有以下几种： 1. Class.getResourceAsStream(String path) ： path 不以’/'开头时默认是从此类所在的包下取资源，以’/'开头则是从ClassPath根下获取。其只是通过path构造一个绝对路径，最终还是由ClassLoader获取资源。 　　2. Class.getClassLoader.get
  • spring 包官方下载地址（非maven） sinnk spring
    SPRING官方网站改版后，建议都是通过 Maven和Gradle下载，对不使用Maven和Gradle开发项目的，下载就非常麻烦，下给出Spring Framework jar官方直接下载路径:   http://repo.springsource.org/libs-release-local/org/springframework/spring/   s
  • Oracle学习笔记(7) 开发PLSQL子程序和包 vipbooks oraclesql编程
        哈哈，清明节放假回去了一下，真是太好了，回家的感觉真好啊！现在又开始出差之旅了，又好久没有来了，今天继续Oracle的学习！      这是第七章的学习笔记，学习完第六章的动态SQL之后，开始要学习子程序和包的使用了……，希望大家能多给俺一些支持啊！     编程时使用的工具是PLSQL
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