2019-01-07

20.SIW/SNF主要调控染色质对转录因子的可接近性，而PBAF属于SIW/SNF，因此该研究使用ATAC-seq评估了Pbrm1缺陷型细胞系在有和没有IFNγ处理的情况下，与对照组细胞相比24h的染色质可接近性，并进行了motif分析和靶基因预测。

图A显示了全基因组的染色质可接近性位点的差异，与对照组细胞相比，Pbrm1缺陷型细胞系在IFNγ处理之后，大多数位点都是可接近的。

图B的韦恩图显示在对照组和Pbrm1缺陷型细胞系中染色质可接近性差异的位点的3个簇

图C中的上面的图可以看到，图B的簇1S（648个位点）中，与对照组细胞相比，在没有IFNγ处理的情况下，Pbrm1缺陷型细胞系的染色质更容易接近，表明相应的基因准备应答IFNγ。而簇3（2708个位点）在IFNγ处理之后，表现出染色质可接近性增强。但是在没有IFNγ处理的另外两个组中，对照组和Pbrm1缺陷型细胞系的染色质可接近性相似。

ATAC-seq分析的图A中，与对照组细胞相比，Trim21附近的可接近位点作为干扰素应答位点的示列，其在IFNγ刺激之前在Pbrm1缺陷细胞中更易接近。同样说明了其准备应答IFNγ。图B为簇Ⅲ（Figure5B中定义的）中的Nampt基因作为一个例子表明在IFNγ处理之后，与对照组细胞相比，Nampt基因在Pbrm1缺陷细胞系中的染色质更易接近。

FigureS15 C-E

图C为使用超几何重叠统计来鉴定富集在簇I，II和III位点的附近基因的Hallmark基因组集，显示了在簇Ⅰ和簇III中都具有应答IFNγ和IFNα应答基因集。

图D和E中为motif分析和统计显著性分析结果表明了这些位点高度富集IRF（干扰素调节因子） motif并且与IFN调节基因相关。

这些数据表明了Pbrm1的失活增强了染色质对许多IFNγ诱导基因的启动子/增强子的转录因子的可接近性。