学习小组Day3笔记--慧美

Linux环境下的软件安装

1 了解conda
2 给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda
3 安装和配置miniconda
4 使用miniconda，查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件
5 不同的生信实战项目，需要定制conda的分身

1. 准备工作：检查有没有bzip2

• 首先输入bzip2，检查有没有这个软件，有的话会显示
• 没有的话，显示报错（这个报错的意思就是没有安装你输入名字的软件或命令）
• 没有的话，输入yum install -y bzip2 安装或者sudo apt-get install bzip2

2. 软件管理Miniconda

• 最方便快捷的软件下载器，作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。
• 日常生信使用——小而精的Miniconda

学习Linux一定要抛弃图形界面的思维! Linux命令行中没有图形，没有窗口，没有双击，有的只是代码!!!

3. 下载miniconda

• 百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）
• linux下面有64-bit、32-bit两种版本
• 安装python3.6对应的版本
• 右键-复制下载链接
• 登陆服务器，进入biosoft目录 mkdir biosoft
  自动补全功能，Tab键，你在root目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐。 cd biosoft
• 用到wget命令, wget 复制的刚才的下载链接

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh—用bash运行这个安装用的脚本，脚本就是你刚才下载的东西
• 一路Enter，输入yes
• 敲回车，等待安装结束后输入yes
• 激活。source ~/.bashrc来激活conda
  命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。不成功就将miniconda这个目录删除
• 添加国内镜像
  conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

4. 开始使用conda

• 查看当前所有软件列表 conda list
• 搜索软件 conda search fastqc
• 安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】
• 卸载软件 conda remove fastqc -y

conda 环境
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的
办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 查看当前conda有哪些环境 conda info --envs
• 处理转录组数据

1. 先建立一个名叫rnaseq的conda环境，
2. 指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
   （ 这两个可以一步完成）
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. 再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs
4. 激活新的conda环境 source activate rna-seq

5. 如何卸载一个环境中的软件

• 卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
• 全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all

最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，不能自己删除自己