《万历十五年》指出道德非万能，不能代替技术，尤不可代替法律。凡能先用法律及技术解决的问题，不要先就扯上了一个道德问题。道德虽高于法律和技术，但是要提出作为争论的根据时，则要在法律及技术只有提出，不能经常提出，也不能细微末节内提出。
—— 摘自《万历十五年》和我的大历史观
《万历十五年》提出了一个衰落趋势的研究，指出：明王朝自中兴走向衰败，主因是以伦理道德而不是法治作为治国理政基础。
万历朝前十年，张居正推行改革，明朝中兴，城市工商业发达，产生资本主义萌芽，但从1587年就走了下坡路，主要是这种体制阻碍了经济社会的发展和进步。
在洪武朝，全国只有官员8千多人，而在220年后的万历朝，已发展到总数达2万多人。他们熟读“四书”，以儒家思想为核心价值观，形成成熟稳定的文官集团。作为统治明王朝的上层机构，文官集团用自身的价值观和技术操作程序做成了一张体制大网，绑架了所有人——上至皇帝下至庶民。
全书6个人物，万历皇帝，他的两任内阁首辅张居正、申时行，恪守祖宗成法的模范官僚海瑞，抗倭英雄、武将戚继光和哲学家李贽，不论身居何职不论贫富，所有人都在这个网中用尽全身力气博弈、斗争。
现代先进的国家以商业的法律作为高层机构和底层机构的联系，落后的国家以旧式农村的习惯及结构作为行政的基础。
1 皇帝也没好办法
皇帝虽贵为天子，仍不能对抗整个文官集团。虽然他自9岁登基坐上龙庭宝座，仍被自己的臣子（张居正）严格教育和督导，要“敬天法祖”，以德行治理天下，稍有差错就被严师质问，甚至太后被“大伴”冯保不利的报告激怒，处罚他长跪数小时。他曾经是个非常上进的大好青年，比如：大旱时一路步行前往天坛求雨，亲自到先农坛出席“亲耕”表演，参加各种繁复的、日复一日的仪式；但依然被无情的打击：小时候有艺术天分，取消了书法课；为母亲装修房子，被要求注意节俭；与红粉知己郑贵妃关系好，还有大臣上书要他雨露均沾；最可恨的是，想立哪个儿子当太子，一班大臣竟然闹了将近20年。
如果诸位大臣与他们自己标榜的仁义道德一致，皇帝也只能自己生闷气。可怕的是，在张居正溘然长逝，随着倒张运动的兴起，万历彻底失去心理约束之后，他发现自己要独自面对这个同时具有“阳”和“阴”双重性格的巨大团体。他们之中有人有牺牲精神，愿为仁民爱物的宗旨拼命，有人满口仁义道德，却是“沽名卖直”。
万历心里憋屈啊。写字要管，吃什么饭穿什么衣要管，每天早朝、每月经筵坐姿都要管，娶个老婆还是要管。关键是只能被管，却不能有效反击，这帮子人吃饱撑的就等着被皇上打屁股出名呢。万历皇帝与正德皇帝的我行我素相比显得性格优柔寡断，所以他想了个“聪明”的办法，除了火上房的急事，所有人我一律不见。想升迁？没门。想退休？不行。干着你们，让你们无聊无趣地过一生。这就是皇帝和体制之间无言的对抗。
在万历执政的前二十多年里，可谓是内忧不止，外患不断，他祖上留传下来的，也只能算是个烂摊子，而蒙古、宁夏、朝鲜、四川，不是叛乱就是入侵，中间连口气都不喘，军费激增，国库难支。
可是二十年了，国家也没出什么大乱子，所有的困难，他都安然度过。
因为前十年，他有张居正，后十年，他有申时行。
——摘自《明朝那些事儿》
2 两个聪明人和体制的不同博弈
万历皇帝初期，牛人张居正是个出色的政治家。他推行考成法，严惩贪官污吏，裁撤政府机构中的冗官冗员，清丈全国土地，推行一条鞭法，增加国库收入，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光驻守长城，使边境安然，启用潘季驯治理黄河，变水患为水利……
虽然取得的成就很多，皇帝对他的信任无以复加，生前得到太师的官衔，可他也有过不去的坎儿，“夺情”是张居正最大的危机。改革已经到了关键时期，但仍然被反对者以“丁忧”制度弹劾。虽然他在各个岗位都安插了得力干将，干将们也跳出来抬轿子，皇帝也动用权力“夺情”，正是皇帝这个动作给了别人攻击的口实，说他贪恋权利。改革的力度越大，落后体制的反扑越厉害。
张居正死后被清算，有皇帝的因素，但他生前强势推行改革，惹恼了一批人，他们是被裁撤的冗员、是求官不成的无用文人、是被改革伤害利益集团。他们祭起道德大旗，以皇帝的忠诚卫士自居，把张居正从棺材里拖出来，还要愤愤然把他抄家。
申时行作为张居正的继任者，他非常明了前任的错误。为了提高行政效率，达到富国强兵的目的，他选择对文官集团能忍则忍，对他们的“阴”选择性地失明，充当起了皇帝和文官集团的调和人。这个和稀泥的人很尽职，虽然皇帝经常以各种无理借口不上朝，但他还是委婉地劝解皇帝，维护了风雨飘摇中帝国的稳定。
但他的妥协依然没能逃脱体制的纠缠，在“立储”一事被内阁二辅无情地出卖，整个文官集团都认为他没有原则，是个软骨头，简直是道德沦丧，使他在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。
3 老实人海瑞
海瑞是受到儒家经典教育的老派人物代表。他实际并不相信按照“四书”所描绘的简单的、抽象的、尽善尽美的道德标准就能治理国家，却能严格遵守国家法律，在法制不健全的地方 又主张要忠实地体会法律的精神。
海瑞的一生经历，就是这种制度的产物。其结果是，个人道德之长，仍不能补救组织和技术之短。
他对抗体制的办法可以说简单粗暴。政府发的工资不够吃饭，他宁可在自己家里种菜，也不去接受各种非法收入。他的清廉名声在外，以至于给母亲过生日买肉吃在官场也成了新闻，死时仅留下白银十余两，还不够殓葬费。
海瑞是矛盾的。1569年向内阁和吏部要官奏折的做法也说明他懂得“阴阳”变通之道，而且运用很成功。他执行法律的精神是按照“四书”的要求，“凡讼之可疑者，与其屈兄，宁屈其弟；与其屈叔伯，宁屈其侄。与其屈贫民，宁屈富民；与其屈愚直，宁屈刁顽。事在争产业，与其屈小民，宁屈乡宦，以救弊也。事在争言貌，与其屈乡宦，宁屈小民，以存体也。”
虽然他豪不迟疑的以“四书”精神为指引按法律办事，但仍不兼容于文官集团，也没有推动经济社会进步，反而威胁到了社会的稳定。到南直隶任巡抚，海瑞以一己之力阻止大地主兼并土地，希望领导社会回复到历史上和理想中的单纯。他的执政理念和施政方针违背了社会规律，遭到参劾被迫退休。
15年后虽被起复，但已不被重用。海瑞的安贫乐道是来自自身成长的经历，是通过艰苦的自我修养，加强了道德责任。如果没有为国尽忠、为百姓请命的机会，他出仕做官也就没有意义。1587年岁末，海瑞终于得到了解脱，而他的死讯仅仅让吏部官员松了口气。
4 武将戚继光
文官集团的兴起，严重压抑了武将。他们没有基础，不被重视，留给别人的印象永远是“傻大黑粗”。
戚继光无疑是个例外，不但是军事天才，还会做官。他在浙江设计了“鸳鸯阵”，对付倭寇简单有效，而且不需要改变原有的卫所供给制度，也不需要大量的银子配置现代化的火器。同事俞大猷就没有这个觉悟，要搞高大上的海军舰队，去消灭兵力不占优势的倭寇。看不清政治形势，自然成不了大气候。
当然，戚继光不会两下子就没有后来的戚家军，也就没有抗倭大业的成就。没有军事上的三分成绩，也就不会搭上张居正这条大船。
蓟州军镇的军备改革方案得到张居正的全面支持，还企图授予他"总理蓟州军务”的官衔。不论文武官员，只要与戚继光为难都被陆续迁调。
搭上大船的戚继光，脑子不是一般的活。张居正返回江陵葬父，他派出了一整连的鸟铳手作为护卫；花重金购买美女送给张居正。
简单说，戚继光是个很复杂的人。他顺应了这个时代，创造了属于他的丰功伟绩。
戚继光的复杂来自环境的复杂，如果指望他简单得如同海瑞，无疑是不近清理。写历史的人既知道戚继光是一代卓越的将领，一位极端刚毅果敢的军人，也是一位第一流的经理、组织家、工程建筑师和操典的作者，则自然应当联想到假如他不精通政治间的奥妙，就决不可能同时做好这么多的事情。
戚继光的不幸遭遇是因为他在一镇中推行的整套措施业已在事实上打破了文官集团所力图保持的平衡。所以，最后被无情的抛弃了。
5 矛盾文人李贽
李贽是文官集团的普通一员。他想站到儒家经典的对面，一心想要创造独立的思想和人格。
他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。
“试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自有知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而观，所讲者未必公之所行，所行者又公之所不讲，算与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意者便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦怠。”
他批判了这些人，却又倚靠他们生活。
矛盾的人生，分裂的人格。