《万历十五年》的大历史观不但道出了张居正，海瑞，申时行，戚继光这样有影响力的历史人物，也道出了明朝中晚期重农抑商的保守经济政策，文官武官不平等，重文轻武的政治倾向，更揭示了当时以“四书”中的伦理道德作为一切决策的主宰而替代法律的社会准则。
明朝的中央集权制度让把隐隐兴起的商业发展和资本主义经济的萌芽屡屡扼杀在摇篮里:不准有特行卓识，不准有不合大群的优先发展，不准有摆脱中央控制的迹象。在中央集权下，按照“四书”教条的原则处理一切事物，既没有重点，也没有弹性，更谈不上具有随着形势发展而作调整的能力。加之各种技术的匮乏，政府对民间的经济发展或衰退不能及时的感应，让上层决策和下层实际现象脱节，同时阻拦了沿海国际贸易的发展，这是国家经济上的倒退。
政治上，明朝的文官到万历年间，从初创的七千人增至两万人，文极的程度史无前例，弹劾的热度空前高涨。文官之间形成了无数的集团，集团中地位职位高的人为了不断发展壮大自己的队伍，不断增加在廷臣中的影响力，以强大自己左右朝局和政策的能力，在风云变幻的官场上致对敌于死地，推自己人上位，这种手法早已是常态。比如张居正这位改革大将，生前是权倾朝野的独裁首辅大学士，死后的一切荣誉财产被对立面弹劾殆尽，生前身后境况的反差令人嗟叹！
明朝的文官为何有如此大的权力？因为明朝是不崇尚武功，同级别的文官和武官，文官的地位则在武官之上，并且武官需要服从文官的命令。文官系统的成熟让难以出紫禁城的万历皇帝如被架空了一般，就算万历懒政，不临朝无为而治，内阁也有自己顺利运作的程序，让国家保持着平衡。
皇帝的权威成了带有宗教意义的决策工具，只有不和广大文官的习惯和意志相违背，政策才能执行的下去，这的确防止了皇帝一人的独断专行，但，文官的权势大过天时，皇帝成了一个摆设，建筑之下的黎民百姓会沦为文官集团之间争斗的牺牲品。
《万历十五年》没有一章专门写张居正这位影响力极大的首辅，但张居正的辉煌和凄怆，雷厉风行的改革和壮志未酬身已殁的遗憾，渗透在每个章节中。
张居正在，大刀阔斧的改革在，挺张派和反张派两个极端对立的集团在，丈量全国耕地，支持戚继光抗倭又守住边境吓跑了蒙古来犯，严格了全国文官的考察制度，整顿吏治，打击了徇私舞弊上下贿赂的风气，艰难推行“一条鞭法”的田赋制度；张居正死，改革措施全部被驳回，一夜回到解放前，反张派占据朝政残忍打压所有挺张派的官员，只剩下围着北京林立的护城堡垒拆不掉而成为他永久性的贡献。
反张派在张居正死后，如同被压制极久终于扬眉吐气了一般，开始将张居正若有若无的罪行无限放大并上升到了诛九族的欺君和预谋造反上，把张居正的行为做事风气贴到了道德层面上，将他彻彻底底定为一个恶人。又反复揣摩引导皇帝的心理，最终辅助万历形成“中兴”的老师首辅，变成了人人攻击的千古罪人。
以至于明明有罪而被张居正打压贬官的文官，也被反张派挖掘出来，并重新给予高位，不论当初罪行多大，只要被张居正贬的，都重新启用。文官们用张口闭口的道德幌子来施行着没有道理可言的事，用孔子儒家朱熹的真理替代法律，跃然于金丝帛面的弹劾奏折上，朗朗于诡辩的口才上，控制着皇帝的决策，不准有违背平衡保守的事情发生，就连皇帝出去看自己的陵寝都被严格限制了。
话说回来，为何张居正形成了朝野的两个极端呢？张居正的为政形象类似于《人民的名义》中的达康书记，都是大刀阔斧的改革。张居正有自己鲜明的政治倾向和喜好，他不崇尚保守死板，他的远见卓识已经延伸到了帝国经济政治的未来，他看到了弊端，急求雷厉风行的行动，同时他赞赏和他一样有才能的人，比如戚继光。
明朝的军人长期处在文官的压制之下，他们的部署同时接受知府，知县等地方官的指挥，而且不让他们经手供给供养，即使卓越的高级将领也无法展布其统筹全局的能力。但有张居正在文官集团中间力保他，给他不受地方文官制约的权力官职，才有戚继光心无旁骛的练兵抗战倭寇。然而保守和改革总是水火不相容，张居正也在一直以各种明暗的手段排斥反对他的人，以权倾朝野的首辅和皇帝老师的身份，将反对者或降级或罢黜。
张居正的鲜明和排除异己的彻底手段，已经到了令人忌惮而引发怨恨的地步，有人说他倡导皇帝百官简洁，而自己却家缠万贯，言行不一；他势权自负，默认别人称道他为商代贤相伊尹；他左右朝局，暗箱操作将自己的意志融进皇帝的决策中……种种罪行真实与否不用细细考究，总之这些，已经令久在张居正影响下的，并内心苦闷的皇帝赫然震怒。他的成绩只能记在历史的传记里，记在带着负面评论色彩的《张公居正传》里，身后了无痕迹。是非对错又怎能简单道来，不过张居正的一切是有着明朝时代背景为前提的，有他的辛苦和无奈，他接收这样的现实:以尽其在我的精神把事情办好，同时也在可能的情况下，使自己得到适当的享受。
与张居正行事作风完全两端的首辅是申时行，他是张身后的第三任。申时行以张居正为教训，他知道，道德不过是借口，廷臣的安全感是问题的症结，张居正的存在正是让文官集团没有了安全感而产生忌惮和怨恨。他同时也明白皇帝和文官集团的隔阂关系，他洞察人事，于张居正反其道而行之，以他忠厚老实的一面维护着皇帝和内阁的关系，“从中调剂，就事匡维”，顾全大局让政策能顺利通过，而这夹缝间的生存令申时行倍感疲惫，最后被迫提前退休，和张居正相比，首辅大学士这样的高位，他算是少有的善终。
在张居正所不喜的文官中，有海瑞。在张居正的眼里海瑞的清廉苛细到了令人头痛的地步，海瑞的行事铢锱必较，爱民清政是个典范又是极端，有人崇拜他，却没有人追随他。
明朝的官员俸禄微薄，大多数人觉得在似合法又似非法之间取得一部分额外收入，补助官俸的不足，以保持他们士大夫阶级的生活水准，于清操无损，这已成为了明代官员的常态，收赋税时顺带收取自己的“常例”。贪的还有更多的额外收入，皇帝都睁一只眼闭一只眼，因为官俸太少大家都如此。而清官海瑞所任之处无不引起富绅地主的忌惮和官员接踵而来的参劾，引起了当地的混乱。好心的海瑞想要用一时的政治力量去解决这些财政和经济政策而导致的实际问题，无疑是舍本逐末，其结果必然事与愿违，海瑞没有看清问题的本质。在文官的职位任用上，他来到哪里，哪里就会提前引起轩然大波，清廉的海瑞竟成了内阁任用上的烫手山芋。
从洪武皇帝初创开始，到明朝两百年后的万历皇帝，遏制了法律的成长，而用抽象的道德取代了法律，从官僚到农民，其判断是非的标准是“善”和“恶”，而不是“合法”或“非法”。在道德的旗帜下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分。张居正在政治上找不到出口，上下求索的张居正和海瑞，虽政治殊途却同归，不被这个忌惮改革发展的时代所容。想要安安稳稳善始善终，就要同流合污于，合法与非法间游离的广大官僚中来。
《万历十五年》是黄仁宇大历史观的代表作，每个人物和事件都不是脱离时代背景而存在的，单单对于人物的皮相之谈实在浅薄，就如张居正的鲜明，海瑞的挣扎，都离不开人的“阴”，“阳”两面，作者深刻的指出了无奈的时代背景根源，有为之人在明朝落后的经济和道德法律中踟蹰难行。