在R中用ggplot2绘制带bar的线图

  在医学研究中经常会遇到这样的数据：两组人群，一组为对照组，一组为处理组。两组在不同时间点检测了某一指标。这个数据的标准名称应该是重复测量数据。这时需要绘制类似下面的图来展示

未命名图片.png

  上图是很丑的，可美化的地方非常多。这里主要是想介绍一下我应用ggplot2绘制的方法。
  另外，大家会有疑问这个数据不是重复测量数据呀？是的，这个数据的类型可能并不合适这个图，大家暂且将dose变量理解为重复测量变量。我相信大家很容易举一反三的

library(ggplot2)
library(ggpubr)

其中ggpubr包是用来提供计算用到的函数的，后面会提到。
然后是绘图

df <- ToothGrowth
ggplot(data = df, aes(x = dose, y = len)) + 
  stat_summary(geom = "errorbar", width = 0.1,   # width控制errorbar的宽度
               fun.data = "mean_sdl", fun.args = list(mult = 1),   
              # fun.data 可选 median_iqr等，这些可能不需要fun.args再输入参数 
              # list(mult = 1)控制的mean+/- 1*sd， 默认 = 2， 即2 *sd
               position = position_dodge(0), aes(color = supp)) + 
  stat_summary(geom = "line", fun.y = mean, aes(color = supp)) + 
  stat_summary(geom = "point", fun.y = mean, aes(color = supp))

上述代码的运行结果就是文章开头的那个图。
简单解释一下，

1. fun.data参数是一个fun()，可以是自定义函数。但是我发现ggpubr包中提供的一些函数是可以用的，例如median_ipr等。需要注意的是如果是mean_sdl时，要用到fun.args传递mult = 1这个参数给mean_sdl，使得最后显示的是mean+/-sd而不是mean+/-2*sd。
2. 另外如果是这种多组的情况，分组的变量要放在stat_summary中，如代码所示。
     我为什么会很想学习这个方法呢？熟悉ggpubr的朋友可能会问了，ggpubr直接就能做这个图，费个劲干啥？
     我的理由是觉得这个可以帮助初学者（比如我）再次理解ggplot的绘图逻辑之一，统计变换stat_和geom_的关系。ggpubr包的代码逻辑很可能也是这样的（我还是小白，不会看人家包装起来的东西），因为作者写了一系列的统计变化的function。如果纯用ggplot2做的话，需要首先做出来一个统计变换后的数据框，然后在这个数据框的基础上用geom_errorbar函数来作图。
     另外理解了这个逻辑和stat_summary这个函数，上述方法是可以推广的，比如给bar图增加errorbar其实原理是一样的。