circlize

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circos.points()：在单元格中添加点。
circos.lines()：在单元格中添加行。
circos.segments()：在单元格中添加细分。
circos.rect()：在单元格中添加矩形。
circos.polygon()：在单元格中添加多边形。
circos.text()：在单元格中添加文本。
circos.axis()ands circos.yaxis()：在单元格中添加轴。
circos.initialize()：在圆上分配扇区。
circos.track()：在一条轨道中为单元创建绘图区域。
circos.update()：更新现有的单元格。
circos.par()：图形参数。
circos.info()：打印当前圆图的常规参数。
circos.clear()：重置图形参数和内部变量。

1. circos.par()：图形参数。

start.degree：扇区的起始位置
gap.degree：两个相邻扇区之间的间隙。
gap.after：与相同gap.degree
track.margin：绘图区域之外的空白区域留空，相对于单位圆半径的百分比
cell.padding：单元格的填充。底部，左侧，顶部和右侧
unit.circle.segments：曲线线段数量
track.height： 轨道高度
points.overflow.warning：警告
canvas.xlim：画布中的范围沿x方向坐标。
canvas.ylim：画布中的范围沿y方向坐标。
clock.wise：绘图扇区的顺序。默认值TRUE表示顺时针（图2.5。请注意，在每个单元格内部，x轴的方向始终是顺时针方向，y轴的方向始终是圆的内部到外部。

2. circos.track()：在一条轨道中为单元创建绘图区域。

circos.track(factors, ylim = c(0, 1), track.index = 1, ...) # 修改本单元格
circos.update(sector.index, track.index) # 更新单元格
circos.points(x, y, sector.index, track.index) # 画点图
panel.fun：加入函数
sector.index：扇区名称。
sector.numeric.index：扇区的数字索引。
track.index：轨道的数字索引。
xlim：x轴上的最小值和最大值。
ylim：y轴上的最小值和最大值。
xcenter：的平均值xlim。
ycenter：的平均值ylim。
xrange：定义为xlim[2] - xlim[1]。
yrange：定义为ylim[2] - ylim[1]。
cell.xlim：由单元格填充在x轴上的最小值和最大值。
cell.ylim：y轴上的最小和最大值由单元格填充扩展。
xplot：绘图区域中左右边界的程度。第一个元素对应于x轴上的值的起点，第二个元素对应于x轴上的值的终点。由于单元格中数据坐标中的x轴始终为顺时针，xplot[1]因此大于xplot[2]。
yplot：绘图区域中上下半径的半径。
cell.start.degree：与相同xplot[1]。
cell.end.degree：与相同xplot[2]。
cell.bottom.radius：与相同yplot[1]。
cell.top.radius：与相同yplot[2]。
track.margin：单元格的边距。
cell.padding：单元格的填充。
set.current.cell()：标记为“当前”单元格
reverse.circlize()：从极坐标转换为指定的数据坐标
convert_length():将绝对单位转换为画布坐标。

3. circos.points(),circos.lines(),circos.text(),circos.rect()

circos.trackPoints():将点同时添加到同一轨道的所有扇区。
circos.lines(x, y)
circos.lines(x, y, sector.index, track.index)
circos.lines(x, y, col, lwd, lty, type, straight)
circos.lines(x, y, col, area, baseline, border)
circos.segments(x0, y0, x1, y1)
circos.segments(x0, y0, x1, y1, straight)
circos.text():支持七种这是面临的选择inside，outside，clockwise，reverse.clockwise，downward，bending.inside和bending.outside。请注意bending.inside和bending.outside，目前仅支持单行文本。如果要将弯曲的文本分为两行，则需要将文本分为两行，并分别添加每行circos.text()。
adj在内部传递给text()，因此，它实际上在水平或垂直方向（在画布坐标系中）调整文本位置。
circos.text(x + ux(2, "mm"), y + uy(2, "mm"), labels)
circos.rect()
circos.rect(xleft, ybottom, xright, ytop)
circos.rect(xleft, ybottom, xright, ytop, sector.index, track.index)
circos.rect(xleft, ybottom, xright, ytop, col, border, lty, lwd)
circos.polygon()用绘制平滑线的标准偏差区域

4. circos.axis()

a：主要滴答是自动计算的，其他设置是默认值。
b：刻度线指向圆的内部，刻度标签的朝向设置为outside。
c：x轴的位置bottom在单元格中。
d：刻度线指向圆的内部，刻度线标签的朝向设置为reverse.clockwise。
e：手动设置主要刻度，还设置x轴的位置。
f：将数字标签替换为字符，且不需打勾。
g：主要和次要都没有刻度，刻度标签的朝向设置为reverse.clockwise。
h：两个主要刻度之间的次要刻度数被设置为2。刻度时间更长。刻度标签的对面设置为clockwise。

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