1.2fastqc相关语句（理解find和ls的联合使用）

理解下列语句

ls *.gz|while read id;do(fastqc $id -o 1_FastQC_Raw_Data -t 3);done

代码	意义
ls *.gz	列出.gz后缀的文件
while do; done	循环
read ID	while后读取ID，可读取line，或者（放置进）各种变量
fastqc $id 1_FastQC_Raw_Data	fastqc源文件 目的文件夹
-f	指定输入文件的类型，支持多种格式,可省略
-o	--outdir用来指定输出文件的所在目录，注意是不能自动新建目录的。
-t 3	--threads 选择程序运行的线程数 本次为3线程
-q	--quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况

活学活用，寻找目录下所有md5文件并进行QC

find ../../chem/ -name "*.gz" -print| xargs ls |while read id;do(/mnt/hgfs/linuxshare/biosoft/FastQC/fastqc $id  -o /mnt/hgfs/linuxshare/chem/qc  -t  3);done

tips

1. win挂载在mnt的共享文件，在linux中无法增加软连接（Operation not supported），解决办法需添加samba账户。虽然可以一劳永逸，但在本次处理中，通过find仍然可以实现子目录下多个相同类型文件的处理。
2. find后是否能够直接使用|read id未测序，中间是否需要ls有待确认。

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参考文献

ls命令详解https://blog.csdn.net/kingboyworld/article/details/78260183
ls命令详解2https://blog.csdn.net/qq_24336773/article/details/80503427
ln命令五例https://www.howtoforge.com/linux-ln-command/
ln-s Operation not supported问题https://blog.csdn.net/rich_baba/article/details/5515922
vmware ubuntu搭建samba用于和windows共享https://blog.csdn.net/lee244868149/article/details/80632112
while read 简介https://blog.51cto.com/zkxfoo/1750925
fastqc 参数https://www.plob.org/article/5987.html
fastqc 介绍https://www.jianshu.com/p/fe6af418a8bc