修改IGV基因组浏览器源码，做一个自己需要的浏览器

写在前面

数日前，在生信札记微信群中，有一人问如何画一个略丑的图片

从图片来看，即小RNA的reads展示在染色体上，并用长度做可视化。这个需求，其实拿起任何一门语言，手写一个.svg就可以搞定了。只是读取read alignment数据想想比较辛苦。有比较便捷的方式，那么就是直接使用JBrowser。
我们课题组前面的New Phytologist发表的那个文章，在某次审稿过程中，审稿人要求看数据（正常要求之一，即使我们已经给了accession num）。最终就是直接用JBrowser快快安了一个插件，并返修（然而....，所以后面走到NewP...当然这个跟JBrowser其实没有联系）。

年代久远，早已找不回来那个图了（毕竟感觉一般）。
不过，在这个更早的事情，那会才与现在导师认识，我们便做了一个事情，即直接改IGV的源码，以实现某些功能，其中一个并没有什么意义的功能，事实就是这个。
图中，红色，蓝色，绿色，橙色，灰色分别对应 20-24 nt 的reads

这个区间，怎么说，h是一个21 nt的phasiRNAs 产生区间。

今天推这个帖子，就是想说，其实这个很简单。有基本的编程功底，一下子就实现了。

下载IGV的源码

直接到github下载.zip文件，随后解压
https://github.com/igvteam/igv/
下载IGV源码的主要原因在于...确实方便....

安装IntelliJ IDEA

下载并安装社区版本即可
https://www.jetbrains.com/idea/
安装IntelliJ的主要原因是，从github上来看，IGV开发群体，似乎就是用的IntelliJ（虽然我还是用Netbeans...业余无解）
事实上，写Java多数人都知道，IntelliJ其实是最好的Java开发IDE。

导入IGV项目

解压IGV的源码项目安装包之后，直接从IntelliJ导入Project即可

找到并修改源码

随后稍微看下源码，很快可以找到....

image.png

或许是因为我之前已经尝试自己设计，从零写起两个基因组浏览器，基本是拿不出手，最后先放下。但是失败的经验也是经验，我发现，我的思路和实现逻辑总是跟其他一些软件的实现逻辑是类似的，说明我的设计是没问题的。Anyway，反正很容易就找到了AlignmentReader这个类，加了几行代码。

构建并打包

修改好之后，直接Build（Build的这一步...如果是直接用Netbeans，那么需要解决一些Test类的路径问题，直接用IntelliJ则不会有问题）
<用JDK8的话，exclude java9 相关的码，或者是...删除即可>

基于官网的说明，直接使用gradle在源码主目录，命令行环境打包即可

随后，即可直接得到改造过的IGV

写在后面

总的来说....确实只要一点点编程基础，就可以自己改造出一个自己需要的IGV....
当然，这个或许跟编程学习一样，稍微写写是很简单的，写好了太难。也跟生信分析是一样的，稍微做做，人人都会（做或者教）。但是深入的分析，则完全不同。
接触这个困境，或许对于做生物学问题的人来说，

合作
跑跑流程，从生物学的视角审视结果，解读结果。