Tsingke
Tsingke

INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS

INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS

 

   这套教程源自Youtube,算得上比较完整的生物信息学领域的视频教程,授课内容完整清晰,专题化的讲座形式,细节讲解比国内的京师大学堂的Mooc教程好过10000倍.下面是视频的快速链接还有文档讲义哦,很好的东东,链接分享给国内的朋友们.

=课程主页:http://ocw.metu.edu.tr/course/view.php?id=37,

 

   Instructor: Tolga CAN

   Added: 18 November 2009

 

 

Topic outline

  •  

    General

     

    INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS


    •  
      Course OverviewPage
    •  
      National Center for Biotechnology Information, USA.URL
    •  
      Protein Data BankURL
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    Topic 1

    Introduction to Bioinformatics
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      Week 1 - Lecture 1 [Video]File
  •  
     

    Topic 2

    Introduction to biology, biological databases, and high-throughput data sources. Overview of bioinformatics problems.

    Pairwise sequence alignment algorithms: Dynamic programming
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      Assignment 1File
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      Reading: Bioinformatics - An Introduction for Computer ScientistsFile
    •  
      Reading: Cells and GenomesFile
    •  
      Reading: How Cells Read the Genome: From DNA to ProteinFile
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      Reading: The Nucleic Acid WorldFile
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      Reading: Producing And Analzying Sequence AlignmentsFile
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      Week 2 - Lecture 1 [Video]File
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      Week 2 - Lecture 2 [Video]File
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      Week 3 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 3 - Lecture 2 [Video]File
    •  
      Week 4 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 4 - Lecture 2 [Video]File
  •  
     

    Topic 3

    Statistical significance of alignments - Part I

    Statistical significance of alignments - Part II
    •  
      Lecture SlidesFile
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      Reading: Pairwise Sequence AlignmentFile
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      Week 5 - Lecture 1 [Video]File
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      Week 5 - Lecture 2 [Video]File
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      Week 5 - Lecture 3 [Video]File
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    Topic 4

    Suffix Trees, Suffix Arrays
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      Week 6 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 6 - Lecture 2 [Video]File
  •  
     

    Topic 5

    Patterns, Profiles, and Multiple Alignments
    •  
      Lecture SlidesFile
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      Assignment 2File
    •  
      Week 6 - Lecture 3 [Video]File
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    Topic 6

    Hidden Markov Models

    Week 5 Lecture Slides Continued
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      Week 7 - Lecture 1 [Video]File
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      Week 7 - Lecture 2 [Video]File
    •  
      Week 7 - Lecture 3 [Video]File
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    Topic 7

    Multiple Sequence Alignment Algorithms

    Week 5 Lecture Slides Continued
    •  
      Week 8 - Lecture 1 [Video]File
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      Week 8 - Lecture 2 [Video]File
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      Week 8 - Lecture 3 [Video]File
  •  
     

    Topic 8

    Midterm Review and Midterm Exam

    •  
      Midterm ExamFile
    •  
      Midterm KeyFile
    •  

      Phylogenetic trees
    •  
      Lecture SlidesFile
  •  
     

    Topic 9

    Introduction to protein structures

    Structure Prediction
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      Assignment 3 for Computer Engineering MajorsFile
    •  
      Assignment 3 for Biology or Genetics MajorsFile
    •  
       Week 9 - Lecture 1 [Video]File
    •  
       Week 9 - Lecture 2 [Video]File
    •  
       Week 9 - Lecture 3 [Video]File
    •  
       Week 9 - Lecture 4 [Video]File
  •  
     

    Topic 10

    Protein Structure Prediction (continued)
    •  
       Week 10 - Lecture 1 [Video]File
    •  
       Week 10 - Lecture 2 [Video]File
    •  
       Week 10 - Lecture 3 [Video]File
  •  
     

    Topic 11

    Protein Structure Prediction (continued)
    •  
      Week 11 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 11 - Lecture 2 [Video]File
    •  
      Week 11 - Lecture 3 [Video]File
  •  
     

    Topic 12

    Structural Alignment of Proteins
    (lecture notes continued)
    •  
      Week 12 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 12 - Lecture 2 [Video]File
    •  
      Week 12 - Lecture 3 [Video]File
  •  
     

    Topic 13

    Microarray data normalization, analysis

    Clustering techniques
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      K-means DemoFile
    •  
      Self Organizing Maps DemoFile
    •  
      Reading: Microarrays Intro Paper - 1File
    •  
      Reading: Microarrays Intro Paper - 2File
    •  
      Reading: Microarrays Intro Paper - 3File
    •  
      Week 13 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 13 - Lecture 2 [Video]File
  •  

    Topic 14

    Introduction to Systems Biology

    Gene regulatory networks
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      Assignment 4File
    •  
      Dataset for Assignment 4File
    •  
      Week 14 - Lecture 1 [Video]File
  •  
     

    Topic 15

    Construction and Analysis of protein networks:
    Monte Carlo Sampling, Random Walks on Graphs
    •  
      Lecture SlidesFile
    •  
      Likelihood Computation ExampleFile
    •  
      Week 15 - Lecture 1 [Video]File
    •  
      Week 15 - Lecture 2 [Video]File
    •  

      Final review

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